丁戈 swMATH编号： 29317 软件作者： Ha MJ、Baladadayuthapani V、Do K-A 描述： 丁戈：基因组学中的差异网络分析。动机：癌症的进展和发展是由多种分子网络中的异常通过跨多个基因和通路的协调变化而启动的。了解这些网络在不同压力条件和/或患者特定群体下是如何变化的，以推断不同的激活和抑制模式非常重要。现有的方法仅限于从单独的群体特定数据独立估计的相关网络，而没有适当考虑跨多个群体保守的关系。方法：我们提出了一种基于通路的基因组学差异网络分析（DINGO）模型，用于估计群体特异性网络并对差异网络进行推断。DINGO通过将特定组的条件依赖分解为全局和特定组的组件来联合估计它们。通过对这些组成部分的描述，可以更精细地描述主要的驾驶员和乘客事件，以阐明癌症的进展和发展。结果：模拟研究表明，DINGO提供了比使用单独估计方法更准确的组特定条件依赖。我们将DINGO应用于胶质母细胞瘤的关键信号通路，以在癌症基因组图谱中为长期幸存者和短期幸存者建立差异网络。通过mRNA表达、DNA拷贝数、甲基化和microRNA表达发现的hub基因揭示了在胶质母细胞瘤进展中的几个重要作用。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4751246/ 依赖项： R（右） 相关软件： 玻璃制品；阿拉伯国家石油公司；矩阵eQTL；DEseq公司；GeNGe公司；同步TReN；GeneNetWeaver；RegulonDB公司；R（右）；KEGG公司；小型摩托车；风景；WGCNA公司；JIVE公司；softImpute软件；GSNCA公司；OnPLS上；含羞草；CoXpress公司；混合CCA 引用于： 4文件 全部的 前5名12位作者引用 1 托尼·达维尔 1 黄海燕 1 Huynh Thu，维安 1 李静怡杰西卡 1 李乐信 1 李克峰 1 刘宇通 1 麦青 1 潘玉清 1 Rachel Wang，Y.X。 1 吉多·桑吉内蒂 1 郑晓静 4篇连载文章中引用 1 生物识别 1 统计科学 1 计算统计与数据分析 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 三 统计学（62-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文