常规数据库

RegulonDB(6.0版):大肠杆菌K-12超转录的基因调控模型、活性(实验)注释启动子和Textpresso导航。常规数据库(http://regulondb.ccg.una.mx/)是提供大肠杆菌K12转录调控网络的主要参考数据库,该数据库目前是最著名的任何自由生命有机体基因调控网络的电子编码数据库。本文总结了版本6.0中的改进、新生物学和新特性。从现在起,每一个新版本的原始文献都是最新的。所有的对象都有相应的证据支持,现在分为强或弱。转录因子按其效应器的来源和基因本体分类。我们现在有了σ54和σ70家族的五种不同启动子类型的计算预测,以及它们对应的10和35盒。除了那些从文献中获得的,我们添加了大约300个来自我们自己的高通量映射工作的实验性映射启动子。RegulonDBV.6.0现在扩展到了转录起始之外,包括RNA调节元件,特别是核糖开关、衰减器和小RNA,以及它们已知的相关靶点。这些数据可以通过对基因调控相关关系的综述来获取。RegulonDB相关的原始文献,以及4000多篇策展笔记,现在可以用Textpresso文本挖掘引擎进行搜索


zbMATH中的参考文献(参考文献53条)

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按年份排序(引用)
  1. Tyler Grimes,Somnath Datta:SeqNet:用于生成基因-基因网络和模拟RNA序列数据的R包(2021年)不是zbMATH
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  3. Tan,琳达S.L。;Friel,Nial:指数随机图模型的贝叶斯变分推断(2020)
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  9. 罗森,约纳坦;Louzoun,Yoram:根据有向图和无向图中路径长度预测的现实世界网络的方向性(2014)
  10. 孙一祥;杜海峰;龚茂国;马丽嘉;王善峰:基于模因算法的符号网络全局结构平衡快速计算(2014)
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  12. 博达克,马坦;卢佐恩,约兰;Mitrani,Eduardo:成年细胞诱导细胞分化和反式分化的数学条件(2013)
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  19. 去尼莫雷诺,安琪尔;雷东多·涅托,米格尔;阿罗约,费尔南多;卡斯特拉诺斯,胡安:通过工程细菌逻辑门设计生物电路(2011)ioport公司
  20. 马布罗基,姆巴卡;艾奎尔,马克;彗星,让保罗;勒加尔,帕斯卡尔;理查德,阿德里安:生物调控网络的嵌入和财产保护(2011)