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GSNCA公司

swMATH ID: 25309
软件作者: 拉赫马塔拉,Y。;Emmert-Streib,F。;格拉兹科,G。,
描述: 基因集净相关分析(GSNCA):基因集的多元差异共表达测试。动机:迄今为止,基因集分析方法主要侧重于识别差异表达的基因集(途径)。识别差异共表达途径的方法也存在,但大多基于聚集的两两相关性或其他两两共表达度量。相反,我们提出了基因集净相关分析(GSNCA),这是一种多元差异共表达测试,可以解释基因之间的完整相关性结构。结果:在GSNCA中,权重因子按照基因的相互关联(基因间关联)的比例分配给基因。找到权重向量的问题被表示为具有唯一解的特征向量问题。GSNCA测试了一个无效假设,即对于一个基因集,两种条件下的基因权重向量没有差异。在模拟研究和实验数据分析中,我们证明GSNCA捕获的是基因互相关结构的变化,而不是平均成对相关性的差异。因此,GSNCA推断出共表达网络中的差异,但绕过了依赖于方法的网络推理步骤。GSNCA的另一个结果是,我们将中心基因定义为权重最大的基因,并表明这些基因经常对应于主要和特定的通路调节器,以及受两种条件之间生物差异影响最大的基因。总之,GSNCA是一种分析差异共表达通路的新方法,它还评估了通路中基因的重要性,从而提供了可能导致产生新的生物学假设的独特信息。可用性和实施:应作者要求,可在R中实施GSNCA测试。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24292935
依赖项: R(右)
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引用于: 5文件

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