结晶学报D辑
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结构
生物学
第71卷
|
第8部分
国际标准编号:2059-7983
2015年8月发布
封面插图:
人类乳腺癌耐药蛋白ABCG2同型二聚体的亚谱平均侧视图。
两个ABCG2单体形成V形二聚体,长轴之间的夹角约为60°(
罗森博格
等。
第1725页
).
研究论文
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1582-1592
https://doi.org/10.107/S1399004715010585
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转甲状腺素不对称配体结合的结构证据
M.Cianci先生
,
C.福利
,
F.宗塔
,
P.弗洛里奥
,
R.伯尼
和
G.扎诺蒂
转甲状腺素是淀粉样蛋白的一个显著例子,它会发生错误折叠,导致淀粉样变性疾病。
有证据表明溶液中两个甲状腺素结合位点之间存在显著的构象差异,这与不对称配体结合模式一致。
将观察到的不对称性的结构基础合理化,将有助于设计作为转甲状腺素稳定剂有效的新药,并展望其在转甲状旁腺淀粉样变性的药物治疗中的应用前景。
PDB参考
:
TTR–芹菜素复合物,4wo0
;
TTR–翼手龙复合体,4wns
;
TTR–槲皮素复合物,4wnj
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1593年至1603年
https://doi.org/10.107/S1399004715009402
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结构基础
鹿痘病毒
-介导的细胞凋亡抑制
D.R.伯顿
,
圣卡里亚
,
B.马歇尔
,
巴里先生
和
M.Kvansakul先生
鹿痘病毒
使用细胞死亡抑制剂DPV022通过结合促死亡Bcl-2蛋白防止宿主细胞过早死亡
通过
两个独立的配体结合位点作为域摆动Bcl-2折叠的一部分。
PDB参考
:
鹿痘病毒
DPV022,与Bak BH3、4uf1复合
;
与Bax BH3、4uf2复合
;
与Bim BH3、4uf3复合
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《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1604-1614
https://doi.org/10.107/S1399004715008263
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反式
–
顺式
蛋白质结构中的翻转和肽-平面翻转
W.G.Touw公司
,
R.P.Joosten先生
和
G.弗里德
提出了一种检测肽键的方法,它需要
反式
–
顺式
翻转或肽板翻转。
阅读文章
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(2015).
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71
,
1615-1626
https://doi.org/10.107/S1399004715009803
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黏附无创性长极性菌毛蛋白LpfD的结构和黏附性能
大肠杆菌
F.Coppens公司
,
J.伊亚图拉伊
,
S.Ruer公司
,
A.菲奥拉万蒂
,
J.塔加纳
,
L.Vereecke公司
,
H.德格雷夫
和
H.重制版
LpfD蛋白代表肠杆菌长极性菌毛(LPF)的尖端粘连蛋白,以及粘附侵袭的LpfD
大肠杆菌
LF82菌株将LPF导向肠上皮和下层组织。
PDB参考
:
LpfD,5afo
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(2015).
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71
,
1627-1639
https://doi.org/10.107/S1399004715007968
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将PEG涂片定义为一种替代方法,以加强对结晶条件的搜索和减少筛网中结晶质量的改善
A.柴库德
,
S.Knapp公司
和
F.冯·德尔夫特
通过使用四种新定义的PEG涂片,提出了另一种PEG采样策略,以增强缩小屏幕中的化学空间,有利于蛋白质结晶。
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1640-1648
https://doi.org/10.107/S1399004715009992
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底物和核苷酸结合的丙酸激酶的结构
鼠伤寒沙门菌
:底物特异性和磷酸盐转移机制
A.M.V.穆西
,
S.马蒂瓦南
,
S.Chittori公司
,
H.S.萨维提里
和
M.R.N.Murthy先生
底物和核苷酸结合的丙酸激酶及其定点突变体的晶体结构,分辨率为1.8–2.0
这里显示的是。
提出了一种可能的催化机理,它可能适用于丙酮激酶家族成员。
PDB参考
:
丙酸激酶,与丙酸和AMPPNP复合物,4xh1
;
A88V突变株,与丙酸盐和AMPPNP的复合物,4xh4
;
A88G突变体,与丙酸盐和AMPPNP的复合物,4xh5
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1649-1656
https://doi.org/10.107/S1399004715010457
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真核生物DNA复制蛋白Sld7和Sld3的四级结构
H.伊图
,
Y.Shirakihara先生
和
H.荒木
测定了真核DNA复制起始剂Sld7与酵母菌Sld3复合体的晶体结构。
Sld3–Sld7复合物的四元结构似乎适合以头对头的方式激活两个装载到复制源上的解旋酶分子。
PDB参考
:
Sld7,3x38的C端域
;
与Sld3,3x37复合的Sld7的N-末端结构域
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1657-1667
https://doi.org/10.107/S1399004715007415
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预测平移-平动-螺旋结构系综的X射线散射
A.H.Van Benschoten先生
,
P.V.Afonine公司
,
T.C.特威利格
,
M.E.墙
,
C.J.杰克逊
,
N.K.绍特
,
P.D.亚当斯
,
A.乌尔朱姆采夫
和
J.S.弗雷泽
提出了一种从多模型PDB文件中模拟X射线漫散射的方法。
尽管与布拉格数据有类似的一致性,但不同的平移-平动-螺旋优化策略会产生独特的扩散强度模式。
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1668-1683
https://doi.org/10.107/S1399004715011426
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从深度TLS验证到基于元素运动构建的原子模型集合
A.乌尔朱姆采夫
,
P.V.Afonine公司
,
A.H.Van Benschoten先生
,
J.S.弗雷泽
和
P.D.亚当斯
描述了提取与给定TLS矩阵集相对应的振动和平动参数及其同时验证的程序。
了解这些参数可以生成与这些矩阵对应的结构集合。
阅读文章
更正
《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1684-1698
https://doi.org/10.107/S1399004715007683
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中的绑定热点
克鲁兹锥虫
基于片段的晶体鸡尾酒会筛选揭示组氨酸-tRNA合成酶
C.Y.Koh先生
,
L.Kallur Siddaramaiah公司
,
R.M.牧场
,
J.阮
,
T.Jian先生
,
Z.Zhang先生
,
J.R.吉莱斯皮
,
F.S.巴克纳
,
C.L.M.J.维尔林德
,
E.风扇
和
W.G.J.霍尔
一项针对680个碎片的晶体鸡尾酒筛选活动显示
T.cruzi公司
组氨酸-tRNA合成酶。
PDB参考
:
克鲁兹锥虫
HisRS,与Chem 79,4yp0复合
;
与化学84,4ypf的复合物
;
与化学试剂89复合,4年
;
与化学物质145、4yre的络合物
;
与化学试剂148的络合物,4yrf
;
含化学物质149的复合物,4年
;
与化学试剂166、4yri的络合物
;
含化学物质256,4年
;
与化学试剂262的络合物,4年
;
与化学试剂260复合,4年
;
与化学试剂443的络合物,4yrm
;
与化学475复合物,4年
;
与化学试剂491,4yro的复合物
;
与化学品707复合,4yrp
;
与化学试剂744复合,4yrq
;
配合化学1691,4年
;
配合化学1698,4年
;
与化学1781复合,4年
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1699-1707
https://doi.org/10.107/S1399004715010159
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带有阴离子色氨酸基色团的绿色荧光蛋白NowGFP的结构
V.Z.普列特涅夫
,
N.V.普列特涅娃
,
K.S.Sarkisyan公司
,
A.S.米申
,
K.A.卢基亚诺夫
,
E.A.戈里亚切娃
,
R.H.Ziganshin先生
,
Z.道特
和
S.普列特涅夫
报道了绿色荧光蛋白NowGFP(Cerulean的继承者)与阴离子色氨酸基生色团的三维结构以及光转换形式NowGFP_conv的三维结构。
研究了结构与光物理特性之间的关系。
PDB参考
:
NowGFP,pH 4.8,4小时
;
pH 9.0,4rtc
;
NowGFP_conv,4ryw公司
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《水晶学报》。
(2015).
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71
,
1708-1713
https://doi.org/10.107/S1399004715010706
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P的意外反应性
460
羟胺氧化还原酶中的辅因子
A.迪特尔
,
W.Maalcke公司
和
T.R.M.巴伦兹
在与氧化酶共价结合的独特血红素部分中发现了意想不到的反应性。
PDB参考
:
羟胺氧化还原酶,4rwm
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1714-1724
https://doi.org/10.107/S1399004715011037
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糖苷水解酶家族17β-1,3-葡聚糖转移酶的第一个晶体结构显示出独特的催化分裂
Z.秦
,
问燕
,
J.雷
,
S.杨
,
Z.Jiang先生
和
吴圣美(S.Wu)
新型糖苷水解酶(GH)家族17β-1,3-葡聚糖转移酶的晶体结构
R.米埃伊
(
房间
Bgt17A)和两种不同的底物络合物的分辨率分别为1.30、2.30和2.27
分别为:。
GH家族17β-1,3-葡聚糖基转移酶的第一个晶体结构可能有助于研究GH家族17-蛋白的催化机制,并为进一步酶工程或抗真菌药物筛选提供基础。
PDB参考
:
房间
Bgt17SA,4重量
;
房间
Bgt17A/E189A,与海带核糖复合物,4重量
;
与海带成熟糖复合物,4wts
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1725-1735
https://doi.org/10.107/S1399004715010676
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人乳腺癌耐药蛋白(BCRP/ABCG2)的三维结构
M.F.罗森博格
,
Z.比卡迪
,
E.哈扎伊
,
T.Starborg公司
,
L.凯利
,
N.E.Chayen公司
,
R.C.福特
和
Q.毛
在没有核苷酸和转运底物的情况下,人类ABCG2的第一个三维结构已在2.0
nm分辨率。
在这种状态下,ABCG2处于向内构象。
阅读文章
《水晶学报》。
(2015).
D类
71
,
1736-1744
https://doi.org/10.107/S139900471501189X
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莽草酸激酶的结构
体内
医院病原体中的必需代谢酶
鲍曼不动杆菌
与莽草属复杂
K.A.萨顿
,
J.布伦
,
美国麦克唐纳
,
J.M.比南
,
R.奥尔森
,
T.A.Russo公司
,
L.W.舒尔茨
和
T.C.乌兰
莽草酸激酶被确定为对
鲍曼氏杆菌
在大鼠软组织感染模型中。
该酶在莽草酸盐和硫酸根离子络合物中的晶体结构测定为1.91
欧分辨率,揭示了配体诱导的关键基序构象变化。
PDB参考
:
莽草酸激酶,与莽草酸盐和硫酸根离子的复合物,4y0a
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(2015).
D类
71
,
1745-1756
https://doi.org/10.107/S1399004715012183
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γ蛋白杆菌α-碳酸酐酶的结构和生物物理特性
克氏硫微螺旋体
XCL-2:一氧化碳工程耐热酶的见解
2
扣押
N.A.迪亚斯·托雷斯
,
B.P.马洪
,
C.D.布恩
,
M.A.皮纳德
,
C.图
,
R.Ng公司
,
M.Agbandje-McKenna先生
,
D.西尔弗曼
,
K.斯科特
和
R.麦肯纳
γ蛋白杆菌α-碳酸酐酶(α-CA)的晶体结构
克氏锥虫
XCL-2已确定为2.6
光学分辨率,揭示了为其提供人类α-CA中未见的热稳定性和pH稳定性的特征。
PDB参考
:
α-碳酸酐酶,4xz5
阅读文章
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(2015).
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71
,
1757-1767
https://doi.org/10.107/S1399004715011918
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生物大分子晶体的全自动表征和数据采集
O.斯文森
,
S.马尔贝特·莫纳科
,
A.波波夫
,
D.努里佐
和
M.W.鲍勒
已开发出一种全自动系统,可在无需人工干预的情况下,对大量低温晶体进行X射线定心、表征和数据采集。
阅读文章
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(2015).
D类
71
,
1768-1776
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反应调节器SaeR的DNA-结合域的结构
金黄色葡萄球菌
十、风机
,
十、张
,
Y.Zhu先生
,
L.Niu(牛)
,
M.滕
,
B.太阳
和
十、李
SaeR可以使用典型的带翼螺旋-转弯-螺旋模块与P1启动子DNA结合。
PDB参考
:
SaeR的DNA结合域,4qwq
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(2015).
D类
71
,
1777-1787
https://doi.org/10.107/S1399004715010342
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结合“干”共结晶和
就地
衍射促进X射线晶体学配体筛选
M.杰林
,
V.德尔佛斯
,
F.过敏原
,
F.胡
,
Y.Sallaz-Damaz公司
,
M.Pirocchi先生
,
W.布尔盖
,
J.-L.费雷尔
,
G.拉巴斯
和
J.-F.Guichou先生
为了加速使用X射线晶体学进行配体筛选
就地
提出了在进行蛋白质结晶之前,使用假定配体的DMSO储备溶液对96 well结晶板进行预涂层衍射。
PDB参考
:
人核受体PPARγ,与罗格列酮复合物,4xld
;
鸡蛋白溶菌酶,与苯甲脒复合物,4xn6
;
人亲环素D与2-({[(4-氨基苯基)甲基]氨甲酰基}氨基)乙酸乙酯的配合物,室温,4xnc
;
4兹斯克
;
100
K、 第三代
;
1-(4-氨基苄基)-3-[4-(甲硫基)-1-{2-[2-(甲硫)]苯基}吡咯烷-1-基)-1-氧代丁烷-2-基]脲的配合物,100
K、 4j5c型
;
室温,4zsd
;
Erk-2,与1-苯基-1的络合物
H(H)
-1,2,4-三唑-3,5-二胺,室温,4xne
;
100
K、 4个2
;
2-氨基-6-硫嘌呤配合物,室温,4xoy
;
100
K、 4个3
;
带1的复数-
N个
-{[3-(苄氧基)苯基]甲基}-2
H(H)
-1,2,3,4-四唑-1,5-二胺,室温,4xrj
;
100
K、 4盎司
;
3-氰基-7-氮杂吲哚配合物,室温,4xrl
;
100
K、 4xp0像素
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