1.Microsoft Word中使用的宏激活行号,以便在序列列表中查看行号,该宏包含在Checker分发文件中,并自动复制到Checker安装文件夹中。文件名为CrfMacros.doc。要访问它,请打开MSWord,选择打开的文件图标,导航到Checker安装文件夹,然后选择宏。另外,用户可以下载具有行号显示功能的文本编辑器或查看器。
2.检查器未验证“其他信息”字段的内容(即<223>),仅存在必需的注释。这些注释包括序列列表中出现的任何“n”或“Xaa”的定义,以及关于选择生物体的人工序列或未知的注释。因此,用户应该仔细注意这些字段的内容。
3.检查员未验证生物体字段的内容(即<213>)是学名(属种)或文本“人工序列”或“未知”。不允许将其他类型的条目作为生物体名称。因此,用户应该仔细注意这些字段的内容。
4.检查器未指示序列列表末尾是否存在无关文本。序列列表的末尾应该是最后一个序列记录的实际序列。当非ASCII格式的序列列表文件(例如*.doc文件)转换为ASCII文件格式时,序列列表末尾可能会引入外来文本。例如,如果非ASCII文件中存在页码或页脚,则会在文件末尾插入页码或页尾。因此,用户应该验证在序列列表的末尾是否没有多余的文本。
5.由于在核苷酸序列的一行和相应编码的氨基酸序列的一行之间或在氨基酸序列的一行和相应氨基酸残基编号的一行之间引入的外来空白行的存在,Checker不指示错误。当非ASCII格式的序列列表文件转换为ASCII文件格式时,可能会引入额外的空行。例如,当文件转换为ASCII文本文件时,非ASCII文件格式的软分页符和硬分页符将转换为空行。因此,用户应验证序列列表的序列部分中不存在无关行。
6.检查员没有验证核苷酸或氨基酸序列中核苷酸或氨基酸残基缩写中的单个字母大小写是否正确。三个字母的氨基酸缩写必须大写第一个字母,小写其余字母。在当前规则下,核苷酸缩写必须是小写,在原始规则下必须是大写。因此,用户应注意核苷酸和氨基酸残基缩写中字母的大小写。
7.当终止符号出现在核苷酸序列中终止密码子对面的氨基酸序列线中时,检查器不会指示错误。氨基酸序列线不能包含符号,例如.“*”或“Ter”,表示相应核苷酸序列中的终止序列或终止密码子。氨基酸序列行中唯一允许的文本是氨基酸缩写。因此,用户应验证氨基酸序列线不包含表示终止序列或终止密码子的字符。
8.由于分子类型,即“DNA”、“RNA”或“PRT”是按要求大写的,所以检查员没有验证在<212>标识符后面输入的术语。因此,用户应注意,这些分子类型术语中的所有字母都是大写的。