专利指令和软件

3.5.1版专利：Windows XP/Windows Vista/Windows7

PatentIn 3.5.1版本通过最新的Microsoft进行了增强。NET技术提供更好的软件性能、可访问性和可靠性。此外，已更新了PatentIn 3.5.1版，以提供氨基酸残基的正确编号。

PatentIn 3.5版通过最新的Microsoft增强。NET技术提供更好的软件性能、可访问性和可靠性。现在，可以将PatentIn生成的ST.25序列列表文件导入PatentIns系统，以进一步修改序列数据，并可以重新生成以生成新的序列列表。它还可以处理一个大小为12MB的序列，并生成一个大小不超过12MB的顺序列表。除了发布PatentIn 3.5之外，USPTO还选择删除与PatentIn3.3的链接。

Microsoft增强了PatentIn 3.4版。NET技术提供更好的软件性能、可访问性和可靠性。通过更多的有效性检查，序列列表生成也得到了加强。

PatentIn版本3.3增强了PatentIn版本3.2，使用起来更友好。

专利In 3.2是专利In 3.1的增强版本，包含一些旨在简化序列列表创作的附加功能。

PatentIn 3.1是一个计算机程序，旨在加快包含核酸和氨基酸序列的专利申请的准备。专利in 3.1生成的序列列表符合世界知识产权组织（WIPO）标准ST.25和相关美国最终规则“含有核苷酸序列和/或氨基酸披露的专利申请要求”37 CFR§§1.821-1.825中规定的所有格式要求，自1998年7月1日起生效。它已经在Windows 95、Windows 98、Windows NT和Windows 2000上进行了测试。预计它也将在Windows Me上运行，但尚未在该操作系统上进行测试。

PatentIn 3.1以PatentIn3.0的进步为基础，创建了一个更有用的序列列表创作工具。PatentIn 3.1旨在取代PatentIn3.0。由于PatentIn 3.1可以导入PatentIn2.1文件，因此它还打算取代PatentIn1。有关PatentIn 2.1的问题可以向PatentIn3.1的帮助人员咨询。

USPTO不时提供如何使用该软件的培训。如果事先安排并经USPTO批准，也可以在场外提供培训。有关更多信息，请致电（571）272-0623与Robert Wax先生联系。

与PatentIn 3.5.1中的PatentIn3.5相比的主要增强功能：

• PatentIn 3.5.1版通过最新的Microsoft进行了增强。NET技术提供更好的软件性能、可访问性和可靠性。它为下一波计算机技术奠定了基础。
• PatentIn现在正确地对残留氨基酸进行了编号。

PatentIn 3.5中包含的对PatentIn3.4的关键增强：

• PatentIn 3.5版通过最新的Microsoft增强。NET技术提供更好的软件性能、可访问性和可靠性。它为下一波计算机技术奠定了基础。
• PatentIn生成的ST.25序列列表文件现在可以导入到PatentIns系统中，以进一步修改序列数据，并且可以重新生成，以基于增强的序列数据生成新的序列列表。（注：PatentIn用户有必要验证导入的序列信息在导入过程后是否如预期的那样被解释并存储在专利in系统中，因为数据可能会或可能不会被转换为100%符合导入的ST.25序列列表。）
• PatentIn 3.5能够处理12MB大小的单个序列，并生成ST.25序列列表，最大列示12MB，但不限于12MB。
• 除了Windows XP之外，PatentIn 3.5.1还可以在Windows Vista上运行。
• PatentIn 3.5由最新升级的数据压缩软件提供支持，以增强“拷贝到磁盘”操作。
• PatentIn 3.5使用最新的Windows Installer技术来提供更简单、更安全、更可靠的PatentIn3.5.1安装和卸载
• PatentIn 3.5已在Windows XP、Windows Vista Ultimate、Windows Vista Home Basic和Windows Vista HomePremium上进行了测试。它可能在Microsoft不再支持的任何早期版本的Windows上运行，也可能不运行。

PatentIn 3.4中包含的对PatentIn3.3的关键增强：

• PatentIn 3.4迁移到Microsoft。NET技术。它提供了更好的软件性能、可访问性和可靠性。它为下一波计算机技术奠定了基础。
• 新规则使序列验证更加严格。对于任何含有少于10个核苷酸或4个氨基酸的一级序列，PatentIn 3.4将生成新的警告信息。
• PatentIn 3.4经过增强，符合第508条的规定。除了PatentIn菜单外，还对访问键（快捷键）进行了编程，以激活所有“专利输入”屏幕按钮和复选框。tab键还可用于浏览所有PatentIn屏幕。此增强功能不仅可以更好地访问PatentIn软件，还可以提高用户在使用PatentIns时的速度和效率。有关如何使用PatentIn访问密钥的帮助，可以从PatentIn-联机帮助菜单中找到。请注意，PatenIn菜单的一些访问键已从PatentIn 3.3更改。
• PatentIn 3.4由升级的数据压缩软件提供支持，以增强“拷贝到磁盘”操作。
• PatentIn 3.4使用Windows Installer技术提供更简单、更安全、更可靠的PatentIn3.4安装和卸载。如果检测到运行PatentIn 3.4所需的文件丢失或损坏，它也会进行自我配对。
• 所有PatentIn 3.4生成的输出文件名都已更改，以适应常用的文件命名约定。这些文件名的新格式如下所示：

序列列表文件：_ST25.txt
错误日志文件：_ErrorLog.txt
工作进度文件：_WorkFile.txt

• 在此版本下，PatentIn 3.4不再将PatentIn2.1数据格式转换为PatentIn3.X数据格式。因此，无需安装不再受Microsoft支持的Microsoft Access 97即可运行PatentIn 3.4提供的所有功能。如果用户希望导入PatentIn 2.1文件，则仍可通过本页底部提供的链接下载以前的版本（PatentIn 3.3）。请注意，此支持仅在有限的时间内可用。
• PatentIn 3.4在Windows XP上进行了测试。它可能在Microsoft不再支持的任何早期版本的Windows上运行，也可能不运行。

与PatentIn 3.2相比的主要增强功能包括在PatentIn3.3中：

• 用户无需从序列编辑器中删除序列基，然后删除相关功能和发布信息，即可在序列列表生成过程中跳过序列。序列窗口中添加了一个复选框，以指示是否应跳过序列。如果选中该框，则会跳过该序列，并且在序列列表生成期间，与跳过序列相关的所有数据都可以保留在PatentIn 3.3项目中。
• PatentIn 3.3通过点击序列窗口上的新AlterSeqType按钮，允许在非蛋白型序列之间进行序列类型转换。
• 专利in 3.3中提供了从主窗口到数据库窗口而不是日志窗口的直接访问。该系统还提供从任何发布窗口到任何其他发布窗口的直接访问。
• 更多的日期验证被添加到专利3.3中。例如：输入序列列表的所有日期必须早于当前日期；当前申请日期必须晚于之前的申请申请日期；并且，公布日期必须晚于申请日期。

注：由于对PatentIn 3.3中存储的数据进行了序列化更改，从Patent in 3.3创建的PatentIns数据不能被PatentIn3.3之前的3.x版本读取或带入该版本。然而，PatentIn 3.3可以读取任何PatentIn3.x创建的所有数据。

与PatentIn 3.2版本3.2.2相比的主要增强功能包括在PatentIn3.2版本3.2.3中：

• PatentIn 3.2版本3.2.3允许用户在Windows NT 4.0系统上运行PatentIn4.71之前版本的系统shell32.dll。它解决了这个特殊情况下缺少入口点的问题。
• 专利在3.2版本3.2.3中，为从核苷酸序列中的任何编码区生成的蛋白质序列中的数字标识符<223>生成“合成结构”，其中人工或未知被用作生物体。
• 专利3.2版本3.2.3在生成DNA或RNA序列的蛋白质时，如果生物体名称通过生物体选择表从“人工”或“未知”更改为其他名称，则删除数字标识符<220>和<223>条目。
• 在专利文献3.2版本3.2.3中生成的序列列表中，在包含发布信息的序列的200个数字标识符之后显示发布信息的300个数字标识符。
• 对于任何跳过的序列，从PatentIn 3.2版本3.2.3中生成的序列列表中删除数字标识符<210>和<400>之间的所有内容。
• 在PatentIn 3.2版本3.2.3中，分隔符从“and”更改为“+”，以在单个导入中分隔多个文件。如果用户在中键入，加号两边的空格是必需的（大多数用户将使用“导入”对话框中的多个选项来实现此目的，并且不会注意到更改）。
• PatentIn 3.2版本3.2.3在导入文件时接受带有嵌入空格的路径名。
• 在PatentIn 3.2版本3.2.3中，对于Windows XP之后的操作系统，默认文件夹设置为用户的个人文件夹。
• PatentIn 3.2的用户手册已经更新，以反映PatentIn3.1中添加的新功能。

PatentIn 3.2版本3.2.2中包含的对PatentIn3.1的关键增强：

• PatentIn 3.2可以为序列列表中没有用户提供解释的“n”和“Xaa”创建默认解释。默认的解释采用错误特征的形式，包含变量字符的位置，对于核酸序列，消息为“n是a、c、g或t”，对于蛋白质序列，消息是“Xaa可以是任何自然出现的氨基酸”。主屏幕上有一个名为“检查缺少的misc_feature”的复选框，可用于打开或关闭此功能。用户可能希望选中该复选框，然后按Validate查看是否存在misc_feature未定义的任何变量字符。如果未选中此框，PatentIn 3.2将创建任何缺少的错误特性。用户可以手工创建选定的定义，PatentIn 3.2将提供其余定义。
• PatentIn 3.2有一个字符过滤器，也由一个复选框控制，它将导入序列的文本文件，其中包含除核苷酸或氨基酸符号（如空格和数字）以外的字符。选中此框后，PatentIn 3.2将导入已识别的符号，并忽略未识别的符号。否则，无法识别的符号将被视为错误，并且不会导入序列。这与PatentIn 2.1执行的过滤功能相同，现在出现在PatentIn 3.2中。
• 专利3.2允许用户对所有没有注释的人工/未知序列应用注释。
• 我们相信，这些额外的功能将减少手动提供变量的每个定义所需的时间。
• PatentIn 3.2允许用户导入不带标题的Protein/3文件。
• 此时未更新用户手册；PatentIn 3.1以前的所有功能保持不变。可下载解释新功能的补充用户手册。联系信息（如下）也保持不变。
• PatentIn 3.2已经过测试和认证，可以在Windows XP上运行。

与PatentIn 3.0相比，PatentIn3.1:

• 在PatentIn 3.0中，当在具有“插入”按钮的屏幕上输入数据时。输入数据后必须按Insert，以便将数据正确插入表中。否则将导致数据丢失。在PatentIn 3.1中，按OK相当于按Insert，如果所选特征不同，则按OK。
• 在PatentIn 3.x中，可以通过使用标题行来从单个文件导入多个序列：。在PatentIn 3.1中，可以从没有标题的单个文件中导入单个序列。
• 如果核酸序列在编码序列中包含“n”，并且使用CDS；通过从下拉列表中选择“misc feature”来定义“n”。PatentIn 3.0将为自动生成的补充氨基酸序列重复此特征部分。这需要用户手动编辑序列列表，以提供由此生成的Xaa的定义。然而，专利3.1更进一步，自动将产生的Xaa定义为与出现“n”的密码子对应的氨基酸。因此，PatentIn 3.1将在生成的补充蛋白质序列中插入字段<220>到<223>，该序列将包含自动生成的定义。
• PatentIn 3.1可以处理的序列长度的长度仅由机器决定；没有内置限制。PatentIn 3.0可以处理约200万个碱基的序列，PatentIn3.1可以处理约400万个碱基。
• 专利3.1纠正了专利in 3.0关于核苷酸序列中每个“n”和蛋白质序列中每个Xaa的定义的实施行为。
• 使用外显子特征时，PatentIn 3.0没有正确显示分裂密码子。这已在PatentIn 3.1中更正
• 专利3.1允许将蛋白质序列类型定义为“蛋白质/1”以外的类型。识别PRT1/、PRT1、prt/1和prt/1等条目。这是为了让PatentIn 2.1用户更放心，并允许常见的印刷错误。

与PatentIn 2.1相比，PatentIn3.1的主要优势：

• 处理大型序列（超过100万个碱基）和具有大量序列（超过10万个）的应用程序。
• 从单个文件导入多个序列。
• 从多个文件导入多个序列。
• 为核酸序列定义的特征被传递到CDS特征生成的补充氨基酸序列。
• 由于设计遵循标准的Windows用户界面约定，因此更加人性化。
• 外观和感觉更像其他基于Windows的程序。
• 只要在每个工作站上安装PatentIn 3.1，项目就可以从一台计算机移植到另一台计算机。
• 代码行总数已减少到PatentIn 2.1要求的25%。
• 更容易修改和维护用Visual C++编写的代码。

使用以下链接将PatentIn 3.5.1下载到您的计算机上。安装之前，请确保关闭计算机上所有正在运行的应用程序。尽管PatentIn旨在保留以前的环境，但在安装新版本之前备份以前的序列数据始终是合适的。双击PatentIn35.exe文件，开始安装。为了安装PatentIn 3.5.1软件，您需要本地管理权限。按照安装程序给出的说明进行操作。双击PatentIn 3.5.1图标（安装程序将其放置在桌面上），启动PatentIn3.5.1。

专利在3.5.1中，并非设计用于安装在网络服务器上，每个工作站必须单独安装。这是因为每台机器上都有必须注册的“部件”。然而，项目文件和序列列表可以保存到网络服务器。最新的“保存项目”命令设置或重置默认值。