戴安娜 swMATH ID: 8628 软件作者： 彼得·Güntert；库尔特·沃特里奇 描述： 扭角动力学计算中构象空间的采样。扭角动力学（TAD）使用扭角代替笛卡尔坐标作为自由度来进行分子动力学模拟。结合模拟退火使用的TAD算法是从核磁共振数据计算三维蛋白质结构的常用方法之一。对于TAD的应用，构象空间的无偏采样是至关重要的，并将结果与程序CNS中不同TAD算法获得的结果进行了比较。所使用的示例包括长度为20到100个残基的非限制性聚丙氨酸肽和球状蛋白触角（C39S）同源结构域，它由两个链末端的非结构化多肽段组成，并通过高质量的实验核磁共振数据集进行计算。结果表明，TAD的不同实现都具有良好的采样特性，用于计算受实验核磁共振资料约束的蛋白质结构。然而，如果将TAD用于长无约束多肽的研究，本文获得的结果表明，分子需要在空间中自由重新定向，并且系统的总角动量和线动量是守恒的，并且周期性地重置为零。 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9367762 关键词： 构象取样;构象空间;扭角动力学;角动量;核磁共振结构计算;多肽;蛋白质结构;分子动力学模拟 相关软件： CYANA公司;中枢神经系统;单词2vec;CRAIG公司;LSQR公司;修补;CPLEX公司;Xplor-NIH公司;ARIA公司;GROMOS公司;查姆;PHC包;开放模拟人生;供应商管理部;Simbody公司;Modelica公司;机构动态仿真模块组;爆炸;GenThreader公司;磅/平方英寸（磅/平方英寸） 引用于： 11文件 全部的 前5名29位作者引用 三 Christodoulos Achilleus弗洛达斯 2 斯科特·麦卡利斯特。 1 法比奥·C·L·阿尔梅达。 1 吉尔斯·贝赫勒 1 佩德罗·巴拉奥纳 1 戈登·克里本（Gordon M.Crippen）。 1 斯科特·德尔普。 1 弗雷德里克·杜姆布根 1 彼得·伊士曼 1 戈努什·埃哈米 1 埃米利斯，Ioannis Z。 1 冯和基 1 Gomes Neto，Francisco A.M.公司。 1 彼得·Güntert 1 米兰达·克雷科维奇 1 路德维希·克里帕尔 1 阿道夫·莫莱斯。 1 迪米特里奥斯·莫里基斯 1 赛斯，阿杰 1 迈克尔·谢尔曼（Michael A.Sherman）。 1 马丁·泰勒。 1 Elias P.齐加里达斯。 1 Varvitsiotis，Antonios E。 1 马丁·维特利 1 斯特凡·Węgrzyn 1 里扎德·维尼亚奇克 1 库尔特·沃特里奇 1 张，李 1 莱赫·兹纳米罗夫斯基 全部的 前5名7篇连载文章中引用 1 计算机物理通信 1 SIAM矩阵分析与应用杂志 1 计算优化与应用 1 约束条件 1 非线性动力学 1 优化方法和软件 1 国际应用数学与计算机科学杂志 全部的 前5名在7个字段中引用 8 生物学和其他自然科学（92-XX） 三 计算机科学（68-XX） 三 运筹学、数学规划（90-XX） 2 几何图形（51至XX） 1 组合数学（05-XX） 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 系统理论；控制（93至XX） 按年份列出的引文