修补工

修补程序-分子设计软件工具。TINKER分子建模软件是一个完整的通用的分子力学和动力学软件包,具有一些针对生物大分子的特殊功能。TINKER能够使用几种常见参数集中的任何一个,例如Amber(ff94、ff96、ff98、ff99、ff99SB)、CHARMM(19、22、22/CMAP)、Allinger MM(MM2-1991和MM3-2000)、OPLS(OPLS-UA、OPLS-AA)、默克分子力场(MMFF)、利亚姆·当格的极化模型和阿米巴(Amoba,2004、2009、2013)极化原子多极力场。其他广泛使用的力场的参数集正在考虑将来发布。TINKER软件包包含各种有趣的算法,例如:灵活实现基于原子多极的静电学,具有明确的偶极极化率,各种连续介质溶剂化处理,包括几个广义Born(GB/SA)模型,变形虫的广义Kirkwood隐式溶剂化,与APBS的接口,用于Poisson-Boltzmann计算、有效截断牛顿(TNCG)局部优化、带导数的表面积和体积、简单的自由能微扰设施、法向模式分析、笛卡尔、扭转或刚体空间中的最小化、分子动力学的辛响应多时间步积分,velocity Verlet随机动力学,成对邻域列表和样条球面能量截止方法,部分电荷和极化多极的粒子网格Ewald(PME)求和,远程静电的新反应场处理,比标准方法更好的采样的快速距离几何量子化,Elber的反应路径算法,我们的全局优化的潜在平滑和搜索(PSS)方法,用于有效位面扫描的蒙特卡罗最小化(MCM),等等。。。。


zbMATH中的参考文献(参考文献10条)

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按年份排序(引用)

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