fastSTRUCTURE(快速结构) swMATH ID: 25207 软件作者: Raj A、Stephens M、Pritchard JK 描述: fastSTRUCTURE:大型SNP数据集中人口结构的变分推断。从遗传数据估计种群结构的工具现在被广泛应用于种群遗传学中。然而,在大型现代数据集中推断人口结构带来了严峻的计算挑战。在这里,我们使用变分贝叶斯框架开发了有效的算法来近似推断STRUCTURE程序下的模型。变分方法将计算相关后验分布的问题视为一个优化问题,允许我们在优化理论的最新进展基础上开发快速推理工具。此外,我们提出了有用的启发式分数来识别数据集中表示的人口数量,并在检测数据中的弱势人口结构之前,提出了一种新的层次结构。我们在模拟数据上测试变分算法,并使用CEPH-Human Genome Diversity Panel的基因型数据进行说明。变分算法比STRUCTURE快近两个数量级,并且达到了与ADMIXTURE相当的精度。此外,我们的结果表明,用于选择模型复杂度的启发式分数为数据中表示的人口数量提供了一个合理的值范围,当结构很弱时,对检测结构的偏差最小。我们的算法fastSTRUCTURE在网上免费提供http://pritchardlab.stanford.edu/structure.html。 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24700103 相关软件: 结构;R(右);爱德华;弗拉佩;贝叶斯DA;BNP密度;DiffSharp(差异锐化);蟒蛇;科学Py;PLINK公司;斯帕列夫布;烟火;普利尔;LBFGS-B型;ggplot2;重塑;lme4公司;质量(R);PRMLT公司;坚果 引用于: 8文件 全部的 前5名32位作者引用 1 菲利波·阿斯科拉尼 1 皮埃尔·巴杜尔 1 塔玛拉·布罗德里克 1 玛尔塔·卡塔拉诺 1 凯文·凯伊 1 迈克尔·塞勒坦诺 1 范,周 1 奥古斯托·法萨诺 1 保罗·费恩黑德 1 奥利维尔·弗朗索瓦 1 比阿特丽斯·弗兰佐利尼 1 高超 1 瑞安·佐丹奴 1 斯巴鲁·古哈 1 杰伊,弗洛拉 1 乔丹、迈克尔·欧文 1 Tyler A.约瑟夫。 1 马蒂厄·兰登(Matthieu M.Landon)。 1 刘润静 1 泰勒·H·麦考密克。 1 梅,宋 1 米歇尔,奥利维尔·J·J。 1 塞尼亚·米斯库里杜 1 克里斯托弗·奈梅特 1 弗朗西丝卡·帕内罗 1 伊塞克·佩尔 1 伊戈尔·普伦斯特 1 乔瓦尼·雷巴多 1 约翰·威克利 1 特德·韦斯特林 1 彼得·威尔顿。 1 张丰硕 全部的 前5名6篇连载文章中引用 2 统计学年鉴 1 美国统计协会杂志 1 理论种群生物学 1 应用统计学年鉴 1 计算与图形统计杂志 1 贝叶斯分析 全部的 前5名在6个字段中引用 6 统计学(62-XX) 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 线性代数和多线性代数;矩阵理论(15-XX) 1 数值分析(65-XX) 1 统计力学,物质结构(82-XX) 1 信息与通信理论、电路(94-XX) 按年份列出的引文