单细胞TK

单细胞RNA序列数据的综合交互分析

生物导体版本：释放（3.19）

singleCellTK包中的单细胞工具包（SCTK）为导入、质量控制、分析和可视化单细胞RNA-seq数据的流行工具提供了一个接口。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段无缝集成来自不同包的工具。通用的“点菜式”工作流使用户能够使用多种方法进行数据导入、计算通用质量控制指标、双重检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、二维嵌入、聚类、标记检测、差异表达、，细胞类型标记、通路分析和数据导出。固化的工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或使用交互式闪亮图形用户界面（GUI）分析其数据。可以总结特定分析或整个工作流，并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。在camplab.net/sctk上可以找到其他文档和小插曲。

作者：王一晨[aut]，伊尔扎姆·萨尔弗雷兹[aut]、Rui Hong[aut]、Yusuke Koga[aut]、Salam Alabdullatif[aut'、Nida Pervaiz[aut]]、David Jenkins[aut、维迪亚·阿卡沃尔[aut]、曹新云[aut'、什鲁西·班迪亚德卡[aut]]、阿纳斯塔西娅·莱什切克[aut]、泰勒·费茨[aut〕、穆罕默德·穆扎米尔·汗[autneneneea、哲·王[aut:，Ming Liu[aut]，Joshua David Campbell[aut，cre]

维护人员：乔舒亚·大卫·坎贝尔（Joshua David Campbell）

引文（从R中输入引文（“singleCellTK”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“singleCellTK”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“singleCellTK”）

1.singleCellTK简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	对齐,BatchEffect（批次效果）,群集,数据导入,差异表达式,图形用户界面,基因表达式,免疫肿瘤学,规范化,质量控制,单个单元格,软件
版本	2.14.0
在生物导体中	生物技术3.7（R-3.5）（6年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.0），总结性实验,单细胞实验,延迟阵列,博科生物
进口	猿,安达塔,批注中心,批处理器,生物并行,细胞索引,颜色选择器,色彩空间,奶牛场,集群,复杂热图,数据表,延迟矩阵统计,DESeq2公司,数字播放器,DT公司,实验中心,集成数据库,领域,ggplot2,ggplotify（图形化）,gg排斥,ggtree（ggtree）,额外网格,GSVA公司(>= 1.50.0),GSVA数据,记录仪,科恩平滑,利马,桅杆,矩阵(>= 1.6-1),矩阵统计、方法、，msigdbr公司,multtest公司,巧妙地,普利尔,收益率,Rtsne公司,S4载体,散射,sc合并(>= 1.2.0),尖叫声,修拉(>= 3.1.3),闪亮的,闪耀（shinyjs）,单个R,SoupX系列,sva公司,重塑2,西尼亚勒特,绕圈子,丰富R(>= 3.2),塞尔达,小贩,DropletUtils公司,供应链控制系统(>= 1.2.0),网状的（>=1.14）、工具、，tximport（最大端口）,编辑,用r,GSEA基地,R.utils公司,锌波,scRNA序列(>= 2.0.2),TENxPBMC数据,山药,rmarkdown公司,马格里特,scDblFinder,变形金刚,VAM公司(>= 0.5.3),易怒的,爱尔兰航空公司,TSCAN公司,轨迹实用程序,舷窗，实用程序，统计信息，zellkonverter公司
系统要求
统一资源定位地址	https://www.camplab.net/sctk/
错误报告	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/问题

建议	测试那个,R子阅读,仿生风格,针织物,短绒,拼写,组织管理例会.db,字符串,kableExtra（额外）,闪光石属,闪亮BS,闪耀的（shinyjqui）,闪亮小工具,shiny文件,生物遗传学,R彩色啤酒,快速地图(>= 1.1.0),和谐,修饰符对象,optparse（操作程序）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	塞尔达
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	单细胞TK_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	单细胞TK_2.14.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	单细胞TK_2.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	单细胞TK_2.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/singleCellTK
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/singleCellTK/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/singleCellTK/
软件包下载报告	下载统计信息