ChIPpeakAnno公司
批量注释从ChIP-seq、ChIP-ChIP实验或产生大量基因组区间数据的任何实验中确定的峰值
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包包含一系列功能，用于识别最近的基因、外显子、miRNA或自定义特征，例如高度保守的元素和用户提供的转录因子结合位点。此外，用户可以检索峰值附近的序列，并获得丰富的基因本体（GO）或路径术语。在2.0.5及更高版本中，引入了新功能。这些功能包括识别与双向启动子相关联的峰以及汇总统计（peaksNearBDP）、汇总峰中出现的基序（summarizePatternInPeaks），以及将附加标识符与带注释的峰或富集GO（addGeneID）相关联。该软件包与各种其他软件包集成，如biomRt、IRanges、Biostrings、BSgenome、GO.db、multtest和stat，以增强其分析能力。
作者：朱丽华、欧建红、于军、胡凯、刘海波、李俊晖、埃尔维·帕格斯、克劳德·加辛、内森·劳森、瑞安·汤普森、西蒙·林、大卫·拉波因特、迈克尔·格林
维护人员：欧建宏（duke.edu>）、朱丽叶（umassmed.edu>
引文（从R中输入引文（“ChIPpeakAnno”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ChIPpeakAnno”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“ChIPpeakAnno”）
细节
| 生物视图 |
注释,ChIPSeq公司,ChIP芯片,软件 |
| 版本 |
3.38.1 |
| 在生物导体中 |
生物碳2.5（R-2.10）（15年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.5），方法，I范围(>= 2.13.12),基因组范围(>= 1.31.8),S4载体(>= 0.17.25) |
| 进口 |
注释Dbi,生物遗传学(>= 0.1.0),生物串(>= 2.47.6),pwalling（pwallign）,数据库接口,数字播放器,基因组信息Db,基因组比对,基因组特征,苏格兰皇家银行,Rsamtools软件,总结性实验,维恩图,生物反应器,ggplot2，gr设备，图表，图形，网格，交互集,KEGGREST公司,矩阵统计,multtest公司,区域R,rtracklayer公司，统计，实用程序，普世运动,字符串,易怒的,第三年,数据表,规模,集成数据库 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
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| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
红色序列，csawBook |
| 导入我 |
ATACseqQC公司,德斯卡纳2,指南eq |
| 建议我 |
hicVenn图,R3CPET公司,序列,芯片序列数据库 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
