芯片序列数据库

检测ChIP-seq数据中差异结合的生物导体工作流

生物导体版本：释放（3.18）

描述使用滑动窗口执行数据库分析的计算工作流。其目的是通过提供详细的代码和预期的输出，促进基于窗口的数据库分析的实际实现。这里描述的工作流程适用于任何具有多个实验条件和一个或多个条件中的多个生物样品的ChIP-seq实验。它以从头开始的方式检测和汇总条件之间的DB区域，即不预先假设绑定区域的位置或宽度。然后根据检测到的区域与基因的接近程度对其进行注释。

作者：亚伦·伦[aut，cre]，戈登·史密斯[aut]

维护人员：亚伦·伦（Aaron Lun）<infine.monkeys.with.keyboards at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“chipseqDB”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“chipseqDB”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“chipseqDB”）

1.简介	HTML格式
2.H3K9ac在B细胞中的差异富集	HTML格式
3.CBP在成纤维细胞中的差异结合	HTML格式	R脚本
4.H3K27me3在肺上皮中的差异富集	HTML格式

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

详细信息

生物视图	表观工作流,免疫肿瘤学工作流,工作流
版本	1.26.0
许可证	艺术-2.0
取决于
进口
系统要求
统一资源定位地址	https://www.bioconductor.org/help/workflows/chipseqDB/

建议	芯片序列数据库数据,仿生风格,生物文件缓存,ChIPpeakAnno公司,Gviz公司,Rsamtools软件,TxDb（发送日期）。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10.known基因,计算机辅助焊接,边缘R、knitr、，组织管理例会.db,rtracklayer公司、rmarkdown
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增强功能
取决于我
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建议我
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	芯片序列DB_1.26.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqDB
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/chipseqDB
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/chipseqDB/
软件包下载报告	下载统计信息