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生物
结晶学
第60卷
|
第8部分
国际标准编号:1399-0047
2004年8月发行
封面插图:
急剧扭曲的DNA十聚体形成了虚拟的双螺旋,其中Sac7d分子与DNA的交替侧结合(
第1381页
).
研究论文
《水晶学报》。
(2004).
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60
,
1347-1354
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醛糖还原酶-IDD552复合物的晶体结构显示酪氨酸48直接提供质子
F.鲁伊斯
,
I.哈兹曼
,
A.米特施勒
,
A.约阿希姆亚克
,
T.施耐德
,
M.卡尔普斯
和
A.波贾尼
醛糖还原酶–IDD552复合物证实了活性位点残基Tyr48直接提供质子的可能性。
PDB参考
:
醛糖还原酶-IDD552复合物,pH 8,1t41,r1t41sf
;
pH值5,1t40,r1t40sf
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《水晶学报》。
(2004).
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60
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1355-1363
doi:10.1107/S0907444904011679
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PRODRG项目
:蛋白质-配体复合物高通量晶体学工具
A.W.Schüttelkopf公司
和
D.M.F.范阿尔滕
小分子拓扑发生器
PRODRG项目
描述了,它从现有坐标或各种二维格式中获取输入,并自动生成坐标和分子拓扑,适用于蛋白质-配体络合物的X射线精细化。
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,
1364-1373
doi:10.1107/S090744490401176X
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1.6º分辨率下一个rubredoxin突变体的中子晶体学分析
T.查塔克
,
K.Kurihara公司
,
I.田中
,
一、Tsyba
,
R.Bau公司
,
F.E.Jenney Jr(小詹尼)
,
M.W.W.亚当斯
和
N.尼穆拉
利用单晶中子衍射技术对高温原核中一个突变的红细胞氧化还原蛋白进行了1.6°分辨率的研究
暴躁P.furiosus
.
PDB参考
:
突变rubredoxin,X射线分析,1iu5,r1iu5sf
;
中子分析,1iu6,r1iu6sf
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(2004).
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,
1374年-1380年
doi:10.1107/S0907444904012004年
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过氧化氢酶的三维结构
粪肠球菌
K·O·Hákansson
,
M.布鲁尼亚
和
L.塔斯
的结构
粪大肠杆菌
用分子置换法测定血红素过氧化氢酶,并利用同步辐射数据将其分辨率提高到2.3°。
PDB参考
:
过氧化氢酶,1si8,r1si8sf
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1381-1387
doi:10.1010/S0907444904012065
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高温染色体蛋白Sac7d与DNA十聚体复合物的结构
T.-P.Ko公司
,
H.-M.Chu先生
,
C.-Y.Chen先生
,
C.-C.周
和
A.H.-J.Wang
在两个不同的单位细胞中测定了两个Sac7d–DNA十聚体复合物的晶体结构。
DNA十聚体比八聚体更弯曲,它们在晶格接触区形成三个碱基对。
PDB参考
:
Sac7d–CCTATATG,1wd0,r1wd0sf
;
Sac7d–CCTACGTAGG,1wd1,r1wd1sf
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(2004).
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1388-1395
doi:10.1107/S0907444904012971
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底物结合基团在天冬氨酸-β-半醛脱氢酶机制中的作用
J.布兰科
,
R.A.摩尔
,
C.R.费恩勒
,
D.M.Coe博士
和
R.E.维奥拉
活性位点突变体的结构确定了天冬氨酸-β-半醛脱氢酶底物结合基团的身份和作用。
PDB参考
:
R270K ASADH,1ps8,r1ps8sf
;
E243D ASADH,1q2x,r1q2xsf
;
R103L ASADH,1盎司,1盎司
;
R103K ASADH,1pr3,r1pr3sf
;
K246R ASADH,1pu2,r1pu2sf
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(2004).
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60
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1396年-1403年
doi:10.1107/S0907444904012983
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钙调素同源结构域的结构、晶体堆积和分子动力学
绒球裂殖酵母
Rng2号机组
C.-H.王
,
M.K.Balasubramanian的
和
T.多克兰
Rng2的CH结构域的分辨率为2.21º。
CH结构域的两个新特征被揭示出来:一个羧基末端尾部包裹来自肌营养不良蛋白的假定肌动蛋白结合位点ABS1和ABS2,以及Tyr92和Arg99之间的两个环构象。
这可能对从单个CH结构域确定肌动蛋白结合方向具有有用的意义。
PDB参考
:
Rng2号机组
1–190
,溴衍生物,1p2x,r1p2xsf
;
Hg衍生物,1p5s,r1p5ssf
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(2004).
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1404-1412
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半乳糖特异性凝集素的两个正交晶体结构
多毛阿托卡巴
与甲基-α配合物-
D类
-半乳糖
K.N.Rao先生
,
C.G.苏雷什
,
U.V.凯特尔
,
S.M.盖克瓦德
和
M.I.汗
一种jacalin相关凝集素的两种晶体结构
A.多毛
,与甲基-α络合物中半乳糖特异性-
D类
-报道了半乳糖。
在类似条件下,凝集素以两种正交形式和一种六角形形式结晶。
采用分子置换法,以雅加林结构为搜索模型,对该结构进行了求解,并使用数据将两种正交形式分别细化为2.5和3.0º分辨率。
PDB参考
:
半乳糖特异性凝集素,1toq,r1toqsf
;
1tp8,r1tp8sf
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(2004).
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60
,
1413-1416
doi:10.1107/S090744490413678
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蛋白质晶体快速干燥对X射线衍射的显著改善
C.阿贝格尔
一种简单快速的干燥程序成功地应用于三种衍射较差的蛋白质晶体,导致衍射显著改善。
这可能成为一个系统地应用于无衍射晶体的最后再排序协议。
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1417年-1424年
doi:10.1107/S090744490413861
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小牛脾脏嘌呤核苷磷酸化酶:具有有效多底物类似物抑制剂的二元复合物的晶体结构
M.Luić先生
,
G.科勒纳
,
T.横滨
,
涉谷南部
和
A.比佐夫斯卡
小牛脾嘌呤核苷磷酸化酶与一种有效的多底物类似物抑制剂9-(5,5-二氟-5-膦戊基)鸟嘌呤的二元复合物的晶体结构已被细化到2.2º分辨率。
本结构可用于合理的、基于结构的新型PNP抑制剂的设计,具有潜在的医学应用前景。
PDB参考
:
PNP–DFPP-G复合体,1v48,r1v48sf
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60
,
1425-1428
doi:10.1010/S0907444904012041
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人T细胞受体CD3γ和CD3δ异二聚体的生产和纯化:与治疗性单克隆抗体OKT3的复合物形成和结晶
M.A.邓斯通
,
L.Kjer-尼尔森
,
L.Kostenko先生
,
A.W.Purcell公司
,
A.G.布鲁克斯
,
J.罗斯约翰
和
J.麦克卢斯基
本报告详细介绍了CD3γ和CD3δ与OKT3络合物的制备、纯化、结晶和初步衍射分析。
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,
1429-1431
doi:10.1107/S0907444904012120
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细菌周质应力传感器DegS的表达、结晶及晶体学分析
M.格林格
,
R.B.G.拉维利
,
U.海德
和
K.泽斯
膜结合DegS蛋白酶
大肠杆菌
以自由和基态结合的形式结晶。通过分子替换解决了结构问题,并通过辐射诱导相位(RIP)验证了解决方案。
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(2004).
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60
,
1432-1434
doi:10.1107/S0907444904012247
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易结晶
大肠杆菌
酮酸还原异构酶
J.A.麦考特
,
R.Tyagi公司
,
L.W.古达特
,
V.生物
和
R.G.达格尔比
大肠杆菌
酮酸还原异构酶在多种条件下以多种晶体形式结晶。
大多数晶体衍射很差,但我们收集了几个分辨率高于3.2º的数据集。
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(2004).
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60
,
1435-1437
doi:10.1107/S0907444904012533
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甲基丙二酸-丙二醛脱氢酶的表达、纯化、结晶和初步的X射线衍射数据
枯草芽孢杆菌
H.杜堡
,
C.斯蒂内斯·肖梅尔
,
C.迪迪尔让
,
F.塔尔福尼尔
,
S.Rahuel-Clermont公司
,
G.布兰兰特
和
A.奥布里
甲基丙二酸-三聚甲醛脱氢酶是醛脱氢酶家族的一个独特成员,它过度表达并结晶。
晶体衍射为2.5º,属于正交空间群
P(P)
2
1
2
1
2
1
.
阅读文章
《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1438-1440
doi:10.1107/S0907444904012521
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卤化酶色氨酸7-卤化酶的结晶和X射线衍射
荧光假单胞菌
C.董
,
A.科茨奇
,
M.多沃德
,
K.-H.van Pée
和
J.H.奈史密斯
报道了与色氨酸和FAD共结晶的一种区域选择性氯化色氨酸的酶PrnA(色氨酸7-卤代酶)的结晶。
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《水晶学报》。
(2004).
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60
,
1441-1444
doi:10.1107/S0907444904012661
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线粒体F的结晶和初步晶体学研究
1
-酵母中的ATP酶
酿酒酵母
D.M.米勒
,
N.普里
,
V.卡巴莱斯瓦兰
,
C.特里
,
A.G.W.莱斯利
和
J.E.沃克
酵母结晶
酿酒酵母
线粒体F
1
-ATP酶的改进导致衍射从3.3º降至2.8º。
阅读文章
《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1445-1446
doi:10.1107/S0907444904012557
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羧肽酶1的结晶和初步X射线分析
嗜热菌
K.Nagata公司
,
S.Tsutsui公司
,
W.C.李
,
伊藤(K.Ito)
,
M.卡莫
,
井上Y
和
M.Tanokura先生
羧肽酶1的结晶和初步X射线分析
嗜热杆菌
已执行。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1447-1449
doi:10.1107/S0907444904012727
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UDP-葡萄糖焦磷酸化酶(UGPase)的结晶和初步X射线晶体学研究
幽门螺杆菌
H.金
,
C.A.吴
,
D.Y.金
,
Y.-H Han先生
,
S.C.哈
,
C.-S.金
,
S.W.Suh先生
和
K·K·金
UDP-葡萄糖焦磷酸化酶来自
幽门螺杆菌
已经过表达、纯化和结晶。
通过X射线晶体学分析晶体,分辨率为2.9º。
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《水晶学报》。
(2004).
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,
1450-1452
doi:10.1107/S0907444904012910
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甘氨酸裂解系统组分T蛋白的纯化、结晶和初步晶体学分析
霍里克希热球菌
OT3型
N.K.Lokanath公司
,
C.库鲁瓦西
,
N.冈崎
和
N.Kunishima公司
甘氨酸消化系统成分T蛋白
P.horikoshii先生
OT3被过度表达和纯化。
获得了正交晶体,并使用同步辐射将原始数据收集到1.5°分辨率。
阅读文章
《水晶学报》。
(2004).
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60
,
1453-1455
doi:10.1107/S0907444904013204
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苯恶嗪酮合成酶的结晶和初步X射线分析
抗生素链霉菌
A.W.史密斯
,
A.Camara-Artigas公司
,
小C.Olea
,
W.A.弗朗西斯科
和
J.P.艾伦
使用坐滴蒸汽扩散法结晶苯恶嗪酮合成酶。
晶体是在两个不同的条件下形成的,每个条件下的晶体被分配给不同的空间群。
测量了两种不同晶体形式的衍射数据,分辨率极限分别为3.35和2.30Ω,并进行了空间分组处理
R(右)
32和
P(P)
分别为1。
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,
1456-1460
doi:10.1107/S0907444904013289
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三种晶型活性硝基烷烃氧化酶的结晶及初步分析
A.纳格帕尔
,
M.P.山谷
,
P.F.菲茨帕特里克
和
A.M.奥维尔
硝基烷烃氧化酶的活性氧化形式,一种从
尖孢镰刀菌
已在三个空间群中结晶。
Se-Met富集酶的多波长数据集适用于确定结构。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1461-1463
doi:10.1107/S090744490413320
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一个耐热家族52β的结晶和初步晶体学分析-
D类
-木糖苷酶来自
嗜热脂肪地芽孢杆菌
T-6型
M.Czjzek先生
,
T.布拉夫曼
,
B.亨利赛特
和
Y.肖姆
本研究描述了52族糖苷水解酶β-
D类
-木糖苷酶来自
嗜热脂肪肝
T-6。
纯化的天然酶结晶,属于空间群
P(P)
1.天然晶体对X射线的衍射分辨率为2.0º。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1464-1466
doi:10.1107/S090744490413484
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Kunitz型马铃薯丝氨酸蛋白酶抑制剂的结晶和初步X射线晶体学研究
E.A.J.托马森
,
L.Pouvreau先生
,
H.格鲁彭
和
J.P.亚伯拉罕斯
从马铃薯块茎中分离出一种二聚体双头Kunitz型马铃薯丝氨酸蛋白酶抑制剂。
初步X射线数据收集到1.8℃。
晶体是单斜的,空间群
P(P)
2
1
,带有单位-细胞参数
一
= 54.82,
b条
= 93.92,
c(c)
= 55.44 Å, β = 100.7°.
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1467-1469
doi:10.1010/S0907444904013496
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吡咯烷受体FpvA外膜的结晶和初步X射线分析
铜绿假单胞菌
D.科贝西
,
H.Célia
,
N.Folschweiller公司
,
M.海曼
,
I.沙克
,
M.阿卜杜拉
和
F.帕图斯
吡咯烷受体FpvA外膜晶体的结晶和X射线数据分析
铜绿假单胞菌
描述了。
晶体
体内
FpvA–吡咯烷复合物和硒代蛋氨酸标记蛋白是在C
8
E类
5
洗涤剂。
两种晶体都属于空间群
C
2
阅读文章
《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1470-1472
doi:10.1107/S090744490413411
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海洋细菌β-1,3-木聚糖酶催化模块的制备及初步X射线分析
弧菌属
特殊AX-4
K.坂口幸一
,
清原先生
,
N.Watanabe公司
,
山口K
,
伊藤先生
,
T.川村
和
I.田中
β-1,3-木聚糖酶的催化模块
弧菌属
样品AX-4已结晶,X射线衍射数据已收集到1.44℃。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1473-1475
doi:10.1107/S090744490413587
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MHC H-2K的复合组装、结晶和初步X射线晶体学研究
d日
与HBV核心九肽复合
周先生
,
Y.Xu先生
,
Z.卢
,
D.K.科尔
,
十、李
,
刘彦(Y.Liu)
,
P.Tien(天津)
,
Z.饶
和
G.F.高
MHC H-2K晶体
d日
与HBV免疫显性九肽复合后,产生X射线衍射至2.06℃。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1476-1480
doi:10.1010/S0907444904013241
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非复合型核酸内切酶VIII的结晶及初步晶体学分析
G.戈兰
,
D.O.扎尔科夫
,
A.S.费尔南德斯
,
E.扎伊卡
,
J.H.基西亚
,
Z.Wawrzak公司
,
A.P.Grollman先生
和
G.肖姆
DNA修复酶内切酶VIII(Nei)
大肠杆菌
以不含DNA的形式结晶
我
222个晶体实现了野生型Nei在2.6Å分辨率下、Nei-E2A突变体在2.25Å分辨率下和Nei-R252A突变体在2.05Å分辨率下的全X射线衍射数据测量。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1481-1483
doi:10.1010/S0907444904014052
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磷酸葡萄糖/磷酸甘露糖异构酶的结晶和初步X射线衍射分析
嗜气热杆菌
M.K.天鹅
,
T.汉森
,
P.Schönheit先生
和
C.戴维斯
克雷纳恰翁中一种酶的晶体
嗜气芽孢杆菌
对磷酸葡萄糖异构酶和磷酸甘露糖异构酶的活性进行了催化。
他们属于太空小组
P(P)
2
1
衍射到至少1.6°的分辨率。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1484-1486
doi:10.1107/S0907444904014222
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古H催化亚基的结晶及X射线衍射初步研究
+
-运输ATP合成酶
霍里克希热球菌
OT3型
Y.Maegawa先生
,
H.森田
,
姚明(M.Yao)
,
N.Watanabe公司
和
I.田中
古生ATP合成酶催化亚基A来自
P.horikoshii先生
OT3过表达、纯化并结晶。
X射线衍射数据的分辨率为2.55º。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1487-1489
doi:10.1107/S090744490414295
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具有独特Rieske[2Fe-2S]簇环境的超嗜热古菌硫氧还蛋白的结晶和初步X射线衍射研究
内山通
,
A.库努苏
,
佐藤(T.Sato)
,
N.田中
,
T.岩崎
和
库马萨卡
一种新的高温古生物Rieske蛋白,来自
东京S.tokodaii
,已被过度生产、纯化并以氧化构象结晶。
利用同步辐射,立方晶体衍射到2.0º以上的分辨率。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1490年-1492年
doi:10.1010/S0907444904014313
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嗜碱甘露聚糖酶的结晶及初步X射线研究
芽孢杆菌
隔离
秋田先生
,
N.武田
,
K.平泽
,
H.酒井
,
川本茂先生
,
山本先生
,
W.D.格兰特
,
Y.Hatada先生
,
S.伊藤
和
K.Horikoshi先生
碱性甘露聚糖酶
芽孢杆菌
利用同步辐射使sp.结晶,晶体衍射至1.65°。
使用分子置换方法成功地进行了定相。
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《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1493-1495
doi:10.1107/S09074449041489
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凝集素的结晶和初步X射线衍射分析
角斗牛士
种子
F.B.M.B.莫雷诺
,
P.德拉托雷
,
B.T.弗雷塔斯
,
B.A.M.罗查
,
E.P.Souza公司
,
F.法科
,
F.坎杜里
,
A.L.H.卡多佐
,
V.N.弗雷尔
,
J.L.利马·菲略
,
A.H.桑帕约
,
J.J.卡尔维特
,
小W.F.德阿泽夫多
和
B.S.卡瓦达
种子凝集素
C.角斗士
在正交空间群中结晶
C
222
1
以2.3Å的分辨率收集X射线数据。
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《水晶学报》。
(2004).
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60
,
1496年-1497年
doi:10.1107/S090744490401460X
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主要细胞溶质谷胱甘肽的结晶
S公司
-转移酶来自
卷尾蛇
J·霍普纳
,
M.Perbandt先生
,
Ch.Betzel餐厅
,
R.D.沃尔特
和
E.利博
谷胱甘肽
S公司
-人类丝虫病原虫的转移酶
O.扭转
已经结晶,可以确定其X射线结构。
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(2004).
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60
,
1498-1499
doi:10.1107/S0907444904184
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黄瓜单核苷酸氢抗坏血酸自由基还原酶的结晶及初步晶体学分析
圣萨诺
,
Y.-N.康
,
H.Shigemizu先生
,
N.Morishita公司
,
H.-J.Yoon先生
,
K.斋藤
,
K.浅田佳彦
和
B.米卡米
对黄瓜中的单脱氢抗坏血酸(MDA)自由基还原酶进行了结晶,并收集了2.4℃的X射线衍射数据。
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(2004).
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60
,
1500-1501
doi:10.1107/S0907444904014787
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重组细胞分裂素氧化酶的纯化、结晶及初步X射线衍射研究
Zea mays公司
D.科佩奇尼
,
P.布里奥佐
,
N.乔利
,
N.Houba-Hérin公司
,
C.马扎克
,
C.佩特
和
M.拉鲁
从重组体的晶体中收集了1.95º分辨率的数据集
Z.五月
细胞分裂素氧化酶(
Zm公司
CKO1)。
这种酶降解参与植物生长和发育的细胞分裂素和激素。
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短通信
《水晶学报》。
(2004).
D类
60
,
1502-1505年
doi:10.1010/S0907444904011680
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C3外酶来自
肉毒梭菌
:四方晶型的结构和NAD诱导挠曲的重新评估
H.R.埃文斯
,
D.E.霍洛韦
,
J.M.萨顿
,
J.艾利斯
,
C.C.肖恩
和
K.R.阿查里亚
四方晶型的结构
肉毒梭菌
测定了C3外酶。
NAD诱导的主链弯曲集中在刚性β绞合核周围的两个叶中。
PDB参考
:
C3外酶,四方型,1uzi,r1uzisf
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60
,
1506-1508
doi:10.1107/S0907444904011710
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脂质立方相中的重原子衍生物:鸡蛋白溶菌酶四方衍生物晶体与Gd-HPDO3A配合物的结果
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吉拉德
,
E.佩拜-佩鲁拉
,
J.维卡特
和
R.卡恩
将蛋白与100 m共结晶,得到了性能优良的鸡蛋白溶菌酶钆衍生物晶体
M(M)
Gd-HPDO3A使用已知有效结晶膜蛋白的脂质立方相方法。
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