拉斯特

宏基因组学RAST服务器——宏基因组的系统发育和功能分析的公共资源。背景:随机群落基因组(宏基因组)目前常用于研究不同环境中的微生物。在过去几年中,与宏基因组学相关的主要挑战从生成到分析序列。高通量、低成本的下一代测序已经为广泛研究者提供了宏基因组学的机会。结果:构建了高通量流水线,为所有使用宏基因组学的研究者提供高性能计算。该管道通过比较蛋白质和核苷酸数据库产生宏基因组中的序列的自动功能分配。生成宏基因组的系统发育和功能总结,并将比较宏基因组学的工具纳入标准视图。用户访问被控制以确保数据隐私,但是支持服务的协作环境提供了用于在多个用户之间共享数据集的框架。在宏基因组RAST中,所有用户都保持对它们的数据的完全控制,并且所有的东西都可以以各种格式下载。结论:开源宏基因组RAST服务为宏基因组的注释和分析提供了新的范例。对于多个数据源的内置支持和包含抽象数据类型的后端,元基因组RAST是稳定的、可扩展的,并且可以免费供所有研究人员使用。这项服务消除了宏基因组序列分析中的主要瓶颈之一——用于注释数据的高性能计算的可用性。HTTP:/Meta


ZBMaCT中的参考文献(7篇文章中引用)

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按年份排序(引文

  1. Axelson Fisk,玛丽娜:比较基因发现。模型、算法与实现(2015)
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  3. 江,Xingpeng;Weitz,Joshua S.;Dushoff,乔纳森:宏基因组谱数据中模块化模式识别的非负矩阵分解框架(2012)
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