拉斯特

元基因组学RAST服务器-一个用于自动系统发育和功能分析的元数据。背景:随机群落基因组(metagenomes)是研究不同环境中微生物的常用方法。在过去的几年里,与宏基因组学相关的主要挑战从序列的生成转向了序列的分析。高通量、低成本的下一代测序为广大研究人员提供了获取宏基因组学的途径。结果:构建了一个高吞吐量的流水线,为所有有兴趣使用元基因组学的研究人员提供高性能的计算。该管道通过比较蛋白质和核苷酸数据库,自动完成了元基因组序列的功能分配。生成了元基因组的系统发育和功能摘要,并将比较元基因组学的工具整合到标准视图中。控制用户访问以确保数据隐私,但支持该服务的协作环境为多个用户之间共享数据集提供了一个框架。在metagenomics RAST中,所有用户都保留对其数据的完全控制权,并且所有内容都可以以各种格式下载。结论:开放源码的宏基因组学RAST服务为metagenomes的注释和分析提供了一种新的范式。由于内置了对多个数据源的支持和一个包含抽象数据类型的后端,metagenomics RAST是稳定的、可扩展的,并且可以免费供所有研究人员使用。这项服务消除了元基因组序列分析中的一个主要瓶颈——高性能计算对数据进行注释的可用性。http://metagenomics.nmpdr.org


zbMATH参考文献(参考 7篇文章 参考)

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