FragGene扫描 swMATH ID: 17159 软件作者： Rho M、Tang H、Ye Y 说明： FragGeneScan：以短且容易出错的读数预测基因。新一代测序技术的进步促进了宏基因组学的研究，该研究试图直接确定环境样本中遗传物质的整个集合（即宏基因组）。由于宏基因组的组装通常不可用，直接从短阅读中识别基因已成为宏基因组注释中一个重要但具有挑战性的问题。为全基因组开发的基因预测因子（如Glimmer）和最近为宏基因组序列开发的基因预测因子（如MetaGene）显示，随着测序错误率的增加或读数的缩短，性能显著下降。我们开发了一种新的基因预测方法FragGeneScan，该方法将测序错误模型和密码子用法结合在一个隐马尔可夫模型中，以改进短阅读中蛋白质编码区的预测。对于完整的基因组，FragGeneScan的性能与Glimmer和MetaGene相当。但对于短读，FragGeneScan始终优于MetaGene（准确度提高～62 主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/38/20/e191.short 相关软件： ClustalW公司;SPAdes系列;JBROWSE公司;InterProScan公司;制造商;EasyGene公司;PCAP公司;生物城;AVID公司;BLAT（爆炸）;肌肉;DIALIGN公司;MAFFT公司;法国皇家医学会;R（右）;RAST公司;顶帽;克拉克;MetaProb公司;GTDB-Tk公司 引用于： 5文件 全部的 前5名7位作者引用 1 Axelson-Fisk，玛丽娜 1 陈波 1 季萍 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 林，于 1 Mallawaarachi，维吉尼G。 1 埃内斯托·皮卡尔迪 3篇连载文章中引用 2 分子生物学方法 1 计算生物学 1 理论生物学杂志 在4个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 总体主题；集合（00-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文