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TopHat2:在存在插入、缺失和基因融合的情况下,转录体的精确排列。TopHat是一种用于RNA序列(RNA-seq)实验的剪接对准器。在本文中,我们描述了TopHat2,它包含了对TopHat的许多重要增强。TopHat2可以对齐由最新测序技术产生的不同长度的读数,同时允许相对于参考基因组的可变长度索引。除了从头剪接比对外,TopHat2还可以在融合断裂处对齐读数,这可能发生在基因组易位之后。TopHat2将识别新的剪接位点的能力与直接映射到已知转录物的能力相结合,产生敏感和准确的比对,即使对于高度重复的基因组或存在假基因。TopHat2可从http://ccb.jhu.edu/software/tophat获取。


zbMATH参考文献(参考 22篇文章

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