深度VS swMATH ID: 16458 软件作者： 贾纳娜·克鲁斯·佩雷拉（Janana Cruz Pereira）、埃内斯托·劳尔·卡法雷纳（Ernesto Raul Caffarena）、西塞罗·多斯桑托斯（Cicero dos Santos） 描述： 通过深度学习促进基于停靠的虚拟筛选。在这项工作中，我们提出了一种深度学习方法来改进基于停靠的虚拟筛选。引入的深度神经网络DeepVS使用对接程序的输出，并学习如何从基本数据中提取相关特征，例如从蛋白质-甘氨酸复合物中获得的原子和氨基酸类型。我们的方法引入了原子和氨基酸嵌入的使用，通过将化合物建模为一组原子上下文，并通过卷积层进一步处理，实现了创建蛋白质-甘氨酸复合物的分布式矢量表示的有效方法。该方法的主要优点之一是不需要特征工程。我们使用两个对接程序AutodockVina1.1.2和Dock6.6的输出，在有用诱饵目录（DUD）上评估DeepVS。通过严格的评估和留式交叉验证，DeepVS在AUC ROC和浓缩因子方面均优于对接程序。此外，使用AutodockVina1.1.2的输出，DeepVS实现了0.80的AUC ROC，据我们所知，这是迄今为止使用DUD的40个受体进行虚拟筛选的最佳AUC 主页： http://arxiv.org/abs/1608.04844 相关软件： 自动停靠;NNScore公司;自动对接Vina;SODOCK公司;GalaxySite公司;银河码头;停靠应用程序;奇梅拉;西雅娜;吸血鬼;数字Py;凯拉斯;github;打开巴别塔;TensorFlow公司;NAMD公司;供应商管理部;jMetalCpp公司;Python语言 引用于： 3文件 全部的 前5名7位作者引用 2 陈志国 2 傅毅 1 陈晓乐 1 孙，六月 1 Raulia R.Syrlybaeva。 1 马拉特·塔利波夫。 1 赵，季 3篇连载文章中引用 1 医学中的计算和数学方法 1 理论生物学杂志 1 计算和数学生物物理 在3个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学编程（90-XX） 按年份列出的引文