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NAMD是一个并行的分子动力学代码,用于高性能模拟大型生物分子系统。基于Charm++并行对象,NAMD可以扩展到高端并行平台上的数百个处理器和使用千兆位以太网的商品集群上的数十个处理器。NAMD使用流行的分子图形程序VMD进行模拟设置和轨迹分析,但也与AMBER、CHARMM和X-PLOR文件兼容。NAMD与源代码一起免费分发。您可以自己构建NAMD,也可以为各种平台下载二进制文件。


zbMATH参考文献(参考 77篇文章

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按年份排序(引用)
  1. Salas,Gicela G.Saucedo;Hernandez,Alan E.Lopez;He,Jiadi;Karki,Chitra;Xie,Yixin;Sun,Shengjie;Xian,Yuejio;Li,Lin:使用计算方法研究登革热病毒衣壳装配(2019年)
  2. Younes Nejahi;Mohammad Soroush Barhaghi;Jason Mick;Brock Jackman;Kamel Rushaidat;Yuanzhe Li;Loren Schwiebert;Jeffrey Potoff:GOMC:GPU优化蒙特卡罗模拟复杂流体的相平衡和物理性质(2019)不是zbMATH
  3. Acun,Bilge;Buch,Ronak;Kale,Laxmikant;Phillips,James C.:NAMD:基于charm++并行运行系统的可伸缩分子动力学(2018)
  4. Ambrosia,Matthew Stanley;Ha,Man Yeong:各向异性表面上wenzel状态水滴的分子动力学研究(2018)
  5. 傅,易;赵,季;陈志国;陈晓乐:通过分子对接和分子动力学模拟洞察蛋白质-配体相互作用的分子机制:寡肽结合蛋白的案例(2018)
  6. 蒋希卓;冯,缪叶;罗,凯H;Ventikos,Yiannis:内皮细胞糖萼复杂结构下流动的大尺度分子动力学模拟(2018)
  7. Polyakov,S.V.;Podryga,V.O.;Puzyrkov,D.V.:气体动力学多尺度问题的高性能计算(2018)
  8. Delle Site,Luigi;Praprotnik,Matej:《具有开放边界的分子系统:理论与模拟》(2017)
  9. Kidder,Lawrence E.;Field,Scott E.;Foucart,Francois;Schnetter,Erik;Teukolsky,Saul A.;Bohn,Andy;Deppe,Nils;Diener,Peter;Hébert,Francois;Lippuner,Jonas;Miller,Jonah;Ott,Christian D.;Scheel,Mark A.;Vincent,Trevor:SpECTRE:相对论性天体物理学基于任务的不连续伽辽金代码(2017)
  10. Bock,Nicolas;Challacombe,Matt;Kalé,Laxmikant V.:强标度极限下(\mathcalO(N))电子结构的解算器(2016)
  11. Gebbie Rayet,J.,Shannon,G.,Loeffler,H.H.,Laughton,C.A.:Longbow:一种轻量级远程作业提交工具(2016)不是zbMATH
  12. 戈拉米,阿米尔;马尔霍特拉,达尔;桑达,哈里;比罗斯,乔治:FFT,FMM,还是多重网格?单位立方体中均匀和非均匀网格的最新泊松解算器比较研究(2016)
  13. Gogolinska,Anna;Jakubowski,Rafal;Nowak,Wieslaw:Petri网形式化有助于复杂生物分子结构数据的分析(2016)
  14. Sun,Kwang-Woong;Ambrosia,Matthew Stanley;Kwon,Tae-Woo;Ha,Man Yeong:波浪状和正交纹理表面的疏水性研究(2016)
  15. Tardu,Mehmet;Rahim,Fatih;Kavakli,I.Halil;Turkay,Metin:发现SIRTUIN6小分子抑制剂时基于结构的药物设计的Milp超盒分类(2016)
  16. Trȩdak,Przemysław;Rudnicki,Witold R.;Majewski,Jacek A.:GPU上多体反应键顺序(REBO)潜力的有效实施(2016)
  17. Ko,Jeong Ahn;Ambrosia,Matthew;Ha,Man Yeong:非均匀条纹表面上纳米水滴润湿特性的研究(2015)
  18. Zhang,Peng;Zhang,Na;Deng,Yuefan;Bluestein,Danny:血小板在血浆中流动的高效多尺度建模的多时间步进算法(2015)
  19. 丁金红;李宁;王文柳;张燕;吕寿琴;龙,绵:态转变中N端磷酸化对LHCII构象的影响(2014)ioport公司
  20. Kojic,M.;Milosevic,M.;Kojic,N.;Kim,K.;Ferrari,M.;Ziemys,A.:基于数值均匀化程序的具有内表面相互作用的复合介质中扩散的多尺度MD-FE模型(2014)

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