名称

NAMD是一个并行的分子动力学代码,用于高性能模拟大型生物分子系统。基于Charm++并行对象,NAMD可以扩展到高端并行平台上的数百个处理器和使用千兆位以太网的商品集群上的数十个处理器。NAMD使用流行的分子图形程序VMD进行模拟设置和轨迹分析,但也与AMBER、CHARMM和X-PLOR文件兼容。NAMD与源代码一起免费分发。您可以自己构建NAMD,也可以为各种平台下载二进制文件。


zbMATH中的参考文献(参考文献79篇文章)

显示79个结果中的1到20个。
按年份排序(引用)
  1. 萨拉斯,吉塞拉·G·苏塞多;埃尔南德斯,艾伦·E·洛佩兹;何佳迪;卡基,奇特拉;谢一欣;孙胜杰;西安、岳郊;Li,Lin:用计算方法研究登革热病毒衣壳装配(2019)
  2. 尤尼斯·尼亚希;穆罕默德·索鲁什·巴哈吉;杰森·米克;布洛克·杰克曼;Kamel Rushaidat公司;李元哲;洛伦施维伯特;Jeffrey Potoff:GOMC:GPU优化蒙特卡罗模拟复杂流体的相平衡和物理性质(2019)不是zbMATH
  3. 舱底;布奇,罗纳克;甘蓝,松花甘蓝;Phillips,James C.:NAMD:基于charm++并行运行系统的可伸缩分子动力学(2018)
  4. 安布罗西娅,马修;Ha,Man Yeong:各向异性表面上wenzel态水滴的分子动力学研究(2018)
  5. 傅易;赵吉;陈志国;陈晓乐:通过分子对接和分子动力学模拟洞察蛋白质-配体相互作用的分子机制:以寡肽结合蛋白为例(2018)
  6. Horacio V.Guzman,Nikita Tretyakov,Hideki Kobayashi,Aoife C.Fogarty,Karsten Kreis,Jakub Krajniak,Christoph Junghans,Kurt Kremer,Torsten Stuehn:ESPResSo++2.0:多尺度分子模拟的高级方法(2018)阿尔十四
  7. 蒋希卓;冯穆野;罗凯。;Ventikos,Yiannis:内皮糖萼复杂结构下流动的大规模分子动力学模拟(2018)
  8. 波利亚科夫公司。;波德里加,副总裁。;Puzyrkov,D.V.:气体动力学多尺度问题的高性能计算(2018)
  9. 代尔遗址,路易吉;Praprotnik,Matej:《具有开放边界的分子系统:理论与模拟》(2017)
  10. 基德,劳伦斯E。;菲尔德,斯科特E。;福卡特,弗朗索瓦;施耐特,埃里克;索尔·A·特科斯基。;波恩,安迪;德普,尼尔斯;迪纳,彼得;赫伯特,弗朗索瓦;利普纳,乔纳斯;米勒,约拿;奥特,克里斯蒂安·D。;舍尔,马克A。;Vincent,Trevor:SpECTRE:相对论天体物理学基于任务的间断伽辽金代码(2017)
  11. 伯克,尼古拉斯;迦勒库姆,马特;Kalé,Laxmikant V.:强标度极限下(\mathcalO(N))电子结构的解算器(2016)
  12. Gebbie Rayet,J.,Shannon,G.,Loeffler,H.H.,Laughton,C.A.:Longbow:一种轻量级远程作业提交工具(2016)不是zbMATH
  13. 戈拉米,阿米尔;马尔霍特拉,达尔亚;桑达,哈里;比罗斯,乔治:FFT,FMM,还是多重网格?单位立方体中均匀和非均匀网格的最新泊松解算器比较研究(2016)
  14. 戈林斯卡,安娜;雅库博夫斯基,拉法;Nowak,Wieslaw:Petri网形式化有助于复杂生物分子结构数据的分析(2016)
  15. 孙光宇;安布罗西娅,马修斯坦利;权太宇;Ha,Man Yeong:波纹和正交纹理表面的疏水性研究(2016)
  16. 塔杜,梅赫梅特;拉欣,法提赫;卡瓦克利,I.哈利尔;Turkay,Metin:发现SIRTUIN6小分子抑制剂时的基于结构的药物设计的Milp超氧化物分类(2016)
  17. Trȩdak,Przemysław;鲁德尼基,维托尔德R。;Majewski,Jacek A.:GPU上多体反应性键序(REBO)潜力的有效实施(2016)
  18. 郭正安;安布罗西娅,马修;Ha,Man Yeong:非均匀条纹表面上纳米水滴润湿特性的研究(2015)
  19. 马克·詹姆斯·亚伯拉罕;蒂姆·穆托拉;罗兰·舒尔茨;谢尔德·帕尔;杰里米·C·史密斯;伯克赫斯;Erik Lindahl:GROMACS:通过从笔记本电脑到超级计算机的多级并行的高性能分子模拟(2015)不是zbMATH
  20. 张鹏;张娜;邓月凡;Bluestein,Danny:血小板在血浆中流动的高效多尺度建模的多时间步算法(2015)

更多出版物请访问:http://www.ks.uiuc.edu/Publications/Papers/