索多克

SODOCK:高度灵活的蛋白质配体对接的群体优化。蛋白质-配体对接可以被描述为一个参数优化问题,它与一个精确的评分函数相关联,其目的是以最低的能量识别对接配体的平移、定向和构象。具有多个可旋转键的高柔性配体的参数优化问题比基于遗传算法(GA)的柔性配体的参数优化问题更为困难,因为这些参数的数目较多,且参数之间的相关性很高。针对柔性蛋白质配体对接问题,提出了一种基于粒子群优化(PSO)的SODOCK优化算法。为了提高PSO算法的效率和鲁棒性,在SODOCK中引入了一种有效的局部搜索策略。SODOCK的实现采用了AutoDock 3.05中的环境和能量函数。计算机仿真结果表明,SODOCK在收敛性能、鲁棒性和获得的能量方面优于AutoDock的Lamarckian遗传算法(LGA),尤其是对于高度柔性的配体。结果还表明,粒子群优化算法比传统的遗传算法更适合处理参数间相关性高的柔性对接问题。本研究还比较了SODOCK与四种最先进的对接方法,即GOLD 1.2、DOCK 4.0、FlexX 1.8和AutoDock 3.05的LGA。SODOCK在37例病例中有19例获得最小的RMSD。SODOCK的37个RMSD值中平均2.29a优于其他对接方案,均在3.0a以上。