结晶数据

[Jmol可视化]互动出版物与科学记录

以下报告也出现在ICSTI网站和英国Serials Group上连续剧电子新闻新闻稿。

2010年2月8日,ICSTI在巴黎举办了一次研讨会,旨在展示科学研究出版物中的交互式创新,并探讨将这些特征作为科学记录的持久组成部分进行归档的挑战。

早期的一次会议展示了期刊文章中使用的三个可视化技术示例:光学和医学成像,可以通过一个助手应用程序三维访问,该应用程序通过文章PDF中的超链接启动;交互式PDF,其中可以直接在页面图像中操作三维图形;以及位于全文HTML文章的浏览器窗口视图中的分子可视化工具。每种技术都有其优点和缺点。发布者可以相对轻松地支持助手应用程序;所需要的只是指向数据文件的链接和标记数据文件特殊性质的方法。最终用户有实际安装软件的负担(与此相反的是,用户可以在其他程序中自由选择最喜欢的程序(如果存在))。交互式PDF对出版商来说更容易交付,并且交互式图形的创建通常可以完全委托给作者。然而,人们担心供应商会锁定特定的解决方案;图书馆员已经对过度依赖PDF作为长期存档媒介持谨慎态度,目前支持禁止使用PDF这种“高级”功能的标准。嵌入式小程序需要发行商付出最大努力来支持;但原则上,出版商可以控制升级,提供创作工具,并构建程序,将此类应用程序的创作和编辑集成到期刊制作工作流程中。

关于此类应用程序的使用和可用性,进行了有趣的讨论。科学家确实重视好的可视化工具对数据提供的更丰富的洞察力(稍后关于OECD数据集的强大可视化的演示表明,这些好处不仅仅局限于硬科学);但对这些工具在多大程度上改善了读者的理解和回忆的客观测试表明,这些工具的好处可能被夸大了。看起来,最光明的未来在于提供工具,使最终用户能够直接访问底层数据,而不仅仅是通过特定的可视化进行解释。也有人对这对同行审查进程的影响感兴趣。虽然能够访问数据集进行审查是非常可取的,但需要在有效的同行审查方面投入更多的努力是很有挑战性的。

第二次会议的重点是通过对内容进行语义增强来增加价值。这可以通过在编辑过程中标记内容来实现,正如皇家化学学会所做的那样,也可以通过在概念Web Allliance方法中使用本体论和机器派生的关系标记来标记内容。这两种方法都允许文章链接到相关资源——术语定义、相关内容数据库、相关产品或服务的供应商。这两种方法在质量控制和及时性方面有所不同:编辑标记在时间上被冻结(尽管它可以指向不断变化的资源);动态标记可以随着相关资源的变化而变化,但因此不能如此容易地存档。

语义增强的另一种方法是重组文章的呈现方式,以利用在线媒体的流动性,并将文本、图形、相关数据和其他支持材料、多媒体注释和内容以更动态但结构化的格式进行整合。这种方法是Cell Press在其新的“未来文章”格式中开发的。

午餐后的会议专门讨论了归档挑战。链接到学术文章的新颖组件(数据集、多媒体内容等)会产生很大的活力和交互性,这些内容可能与出版商网站上的文章本身共存,也可能不共存。能够定位并关联这些组件很重要,因此,注册和描述持久标识符的持续发展至关重要。CrossRef在这一领域已经开展并正在开拓许多发展,通过新的DataCite倡议为数据集注册DOI将有助于建立必要的基础设施来维护这些关系。与此同时,像大英图书馆这样的大型国家图书馆仍然最关心内容流的归档——存储比特,并希望它们之间的关系能够自行处理,或者至少可以在以后解决。

最后一节课,探索了技术在学术交流的整个过程中的新方向,可能给图书馆带来了些许安慰。自然出版集团近年来一直在积极尝试学术传播领域的许多新技术。他们引用了该杂志19世纪的创刊原则,促进早期信息和科学家之间的交流,这表明,从事这项任务不会因为担心并非所有内容都可以为后代存档而受到阻碍。SciVee项目允许科学家对他们更传统的出版物提供视频注释和评论,也强调了一种看法,即科学传播中的创新目前更多地是由即时性驱动的,而不是由对科学“保持分钟”的关注驱动的。

总的来说,人们的印象是,需要做更多的工作才能将互动性完全融入历史记录中。所表示的所有交互式可视化项目都提供了并行或故障转移静态图形,确保了交互式内容的可归档性。那些允许存放原始数据文件的文件将确保为后代保存更多内容(也许通过图形描述或脚本语言的标准化,它们可以保留更多交互的本质:“不是保存它的外观,而是保存人们所看到的内容”)。

这是一次激动人心的研讨会,将两个很少在同一论坛内讨论的主题汇集在一起,并让一流的专家演讲者小组阐明并确定在协调两者方面的挑战。出版商仍然对充分利用交互式技术持谨慎态度,毫无疑问,部分原因是担心长期保存。但是,自相矛盾的是,出版商越是努力使互动成为其产品的日常组成部分,那么互动文章各组成部分之间的正式关系就越清晰,从长远来看,将这些关系封装在正式的科学记录中就越容易。

布莱恩·麦克马洪
研讨会组织者