结晶信息框架

结晶信息和数据管理

第28届欧洲晶体学会议卫星研讨会

英国考文垂华威大学
2013年8月25日星期日

为期一天的重要研讨会,庆祝和发展CIF信息交换标准在结晶学中的作用:从衍射图像到结构解决方案、细化、验证、出版和存档。演讲者将解释结晶学,特别是在其应用于结构测定方面,是如何在收集、分析、解释、发布和存档原始和处理数据以及衍射实验得出的结构信息方面拥有极其完善的实践的领域。这些实践是如此根深蒂固,以至于许多晶体学家不知道与其他科学领域相比,我们在这些方面做得有多好。研讨会将提醒晶体学界其在数据处理方面的良好记录,并预计在数据管理、集成、验证和管理方面会取得进一步进展。社区在信息管理方面的成功很大程度上源于结晶信息框架(CIF)标准现已进入第三个十年,最初是为小分子结构建模而开发的,但现在直接用于晶体学的许多领域,或为其他领域正式数据定义的开发提供信息。CIF标准的新发展将保持我们在科学信息表征和交换领域的领先地位。

 
显示区域

一、标准信息交换形式

布莱恩·麦克马洪(Brian McMahon):
结晶学中的相干信息流
[布莱恩·麦克马洪]
(19分29秒)

约翰·韦斯特布鲁克:
mmCIF与结构生物信息学
[约翰·韦斯特布鲁克]
(24分30秒)

布莱恩·托比:
pdCIF与真实数据的混乱世界
[布莱恩·托比]
(22分31秒)

二、。改进实验数据的管理

西蒙·科尔斯:
科学研究中的数据爆炸和管理不同数据源的需要
[西蒙·科尔斯]
(21分58秒)

约翰·海利维尔(John Helliwell):
原始衍射图像的沉积和使用
[John Helliwell]
(22分31秒)

艾丽卡·杨:
管理各种科学实验的研究数据
[艾丽卡·杨]
(24分39秒)

赫伯特·伯恩斯坦:
使用集成CIF、HDF5和NeXus管理设施中的晶体学数据
[赫伯特·伯恩斯坦]
(24分14秒)

西蒙·霍德森:
研究数据管理和英国资助政策
[西蒙·霍德森]
(26分54秒)

三、 发布信息的完整性

迈克·霍兰德:
晶体学报
[迈克·霍兰德]
(18分38秒)

托尼·林登:
验证小单元结构;理解力支票到岸价报告
[托尼·林登]
(23分53秒)

曼弗雷德·魏斯(Manfred Weiss):
公共生物
[曼弗雷德·魏斯]
(17分39秒)

萨米尔·维兰卡:
大分子结构的沉积和验证
[萨米尔·维兰卡]
(25分09秒)

四、 走向更好的科学

科林新郎:
数据质量和结构数据库的价值
[科林·格鲁姆]
(20分05秒)

彼得·莫里·鲁斯特(Peter Murray-Rust):
走向科学的语义网
[彼得·默里-鲁斯特]
(18分24秒)

尼克·斯帕达奇尼(Nick Spadaccini):
以到岸价展望未来
[尼克·斯帕达奇尼]
(20分59秒)

单击右侧列中的缩略图以查看录制的演示文稿。

到岸价简史

点击此处查看CIF和结晶信息中其他里程碑的交互式时间表 

缩写词CIF用于结晶信息文件Hall,Allen&Brown(1991)的数据交换标准文件格式结晶信息框架,一个基于数据字典和关系规则的更广泛的交换协议系统,可以不同的机器可读表现形式表达,包括但不限于Crystallographic Information File和XML。

CIF是由IUCr结晶信息工作组在IUCr晶体学数据委员会和IUCr期刊委员会的赞助下开发的。CIF于1990年被采纳为晶体信息存档和分发的标准文件结构。它现在已经很成熟,经常用于向以下人员报告晶体结构测定结果晶体学报以及其他期刊。它经常被引用为集成数据和文本信息以进行以数据为中心的科学交流的典型示例。

作为一种细粒度的结构化格式,CIF非常适合晶体学报C辑:晶体结构通讯,并立即被IUCr期刊采用作为该期刊的提交媒介。它很快成为强制提交格式C学报以及所有IUCr期刊的补充结构数据和结构因子的强制性格式。

然后可以开发自动化程序来检查提交的结构数据。这样就可以对所有提交的结构进行常规技术评估(尽管许多认真的联合编辑人员已经进行了手动验证),并且错误的空间组测定和结构测定中的其他技术错误数量显著减少。随后,验证程序开发为基于网络的支票CIF服务,由其他出版商支持和使用,并作为社区的通用资源,用于独立验证和评估结构确定的技术质量。

CIF的扩展迅速发展,用于描述粉末衍射、调制结构和电子密度研究。多年来,其他扩展也相继出现,包括最近对晶体约束和约束的描述,以及目前正在审查的晶体孪晶扩展。

一个雄心勃勃的项目将CIF扩展到蛋白质结构实验和模型的完整描述,从而大大增强了基础数据模型。由此产生的mm到岸价该格式是结构生物学研究合作实验室(RCSB)于1999年重构的蛋白质结构PDB数据库的基础。通过采用基于mmCIF的实验数据格式,可以将结构因子存入PDB。PDBx交换格式继续以原始mmCIF字典为基础,并与蛋白质结构测定和表征中非晶体学方法和程序的扩展接口(Westbrook等。, 2005). 基于相同底层数据模型的XML格式通常用于维护全球蛋白质数据库国际合作伙伴之间的同步性。

从20世纪90年代末开始的另一个重要发展是img到岸价及其对应的二进制格式CBF公司(“晶体二进制文件”),用于捕获和交换图像数据(Bernstein&Hammersley,2005)。这为探测器制造商的多样性提供了一种通用格式,目前正在密切考虑其在促进初级衍射图像数据常规沉积策略方面的可能作用。

2006年,CIF的重要性和支票CIF获得了学术与专业社会出版商协会(ALPSP)出版创新奖的认可。在他们的报告中,法官们CIF和checkCIF易于访问的方式给我们留下了深刻的印象,使关键晶体学数据在信息链的各个阶段,从作者、审稿人和编辑到读者和研究人员,都变得更加可靠和可访问。在这样做的过程中,该系统消除了确保科学研究结果可信的关键工作,而不会降低研究和出版过程中人类判断的价值'.

近年来,人们正在研究在CIF框架内开发一种新的形式主义,以更精确地指定数据定义,并使用机器可读的方法来表示不同数据项之间的关系(Spadaccini和Hall,2012)。这将允许自动生成特定文件中不存在的可派生数据,前提是存在所有相关父数据。这种新形式主义短期内并不打算取代常规实践中现有的CIF格式,但它确实有可能为需要不同主题领域CIF输入的应用程序提供统一的计算框架。

工具书类

Bernstein,H.J.和Hammersley,A.P.(2005)。晶体学二进制文件(CBF/imgCIF)规范,in国际结晶学表格,第G卷:结晶学数据的定义和交换、S.R.Hall&B。麦克马洪,编辑。2005年,施普林格:荷兰多德雷赫特。第37-43页。

Hall,S.R.,Allen,F.H.&Brown,I.D.(1991年)。结晶信息文件(CIF):结晶学的新标准档案文件。《水晶学报》。A类47, 655-685.

Spadaccini,N.&Hall,S.R.(2012年)。DDLm:一种新的字典定义语言。化学杂志。信息模型。 52, 1907--1916.

Westbrook,J.、Yang,H.、Feng,Z.和Berman,H.M.(2005)。在PDB数据管理中使用mmCIF体系结构国际结晶学表格,第G卷:结晶学数据的定义和交换、S.R.Hall&B。麦克马洪,编辑。2005年,施普林格:荷兰多德雷赫特。第539-543页。

日期和地点

2013年8月25日星期日09:00-17:00

S0.21室(社科楼)
英国考文垂Gibbet Hill路沃里克大学CV4 7AL

二氧化硫21 
沃里克地图

注册

参加研讨会不收费。然而,名额有限,必须预先预订。请使用ECM 28在线注册表进行注册.

 

旅行

基于有关华威大学网站,其中还包含其他信息。 

空气

最近的国际机场有:
  • 伯明翰国际机场(BHX):从伯明翰机场前往大学:(最便宜)乘坐火车前往考文垂(回程3.50英镑,10分钟),然后乘坐当地巴士(单程1.60英镑,25分钟;具体票价必须支付给司机)或出租车(约10英镑,15分钟)前往华威大学;或者(可能稍快一些,但价格昂贵,半小时车程约30英镑)从机场乘出租车直达华威大学
  • 伦敦希思罗机场(LHR)有更多航班,距离考文垂约2小时车程,无论是乘坐巴士(国家快运)还是火车(途经伦敦)。公交车更简单、更便宜。8月21日07:15、08:30、09:45、11:00、12:15、13:30从希思罗机场起飞。
  • 曼彻斯特(MAN):从曼彻斯特机场到考文垂的铁路连接(通常每小时2或3条)。行程时间2h 15m-2h 45m;费用约为16-50英镑。

轨道

最近的主线火车站是考文垂,从伦敦尤斯顿、伯明翰新街(白天平均每10分钟一班)、伯明罕国际(白天平均每隔10分钟一班车)、牛津、莱斯特直达。

教练

如果乘长途汽车旅行,最方便的主要中心是考文垂,那里有全国性的交通线。来自考文垂的本地公共汽车服务到大学。乘客可以在大学中心校车站下车;然而,这需要在旅行前24小时预订,并非所有服务都提供此选项。长途汽车旅行的详细信息可从. Megabus总线还提供从英国各地(包括伦敦)选择的地点到考文垂的长途汽车服务。Megabus长途汽车站位于Cannon Park购物中心,距离中心校园步行5-10分钟。

本地总线

考文垂市中心和考文垂火车站有前往大学校园的定期巴士服务,行程约30分钟。

  • 考文垂国家快递12号服务从市中心汽车站(Pool Meadow)出发,经考文垂火车站到达大学中心校区。11号服务路线相同,但继续从校园经凯尼尔沃思(Kenilworth)前往利明顿水疗中心(Leamington Spa)。12号和11号时间表  
  • The Courcey旅行360a/360c路线往返于大学医院,途经Arena Tesco、Eastern Green、华威大学、Cannon Park、Cheylesmore、Jaguar Land Rover、Willenhall和Clifford Bridge Road。编号360a/360c时间表 
  • 驿站马车还提供通过大学认证的服务。驿站马车服务X17从市中心出发,经过吉比特山路和基尼沃思路的交汇处。Gibbet Hill校园的入口距离这个公共汽车站步行约5分钟。到达校园后,这项服务将继续前往凯尼尔沃思、利明顿水疗中心、沃里克医院和沃里克市中心。X17号机组时间表
  • 如果您从利明顿水疗中心出发,Stagecoach提供专门的频繁巴士服务,即穿过校园的Unibus(U1)。这条路线的第二个版本穿过凯尼尔沃思,命名为U2。有关此服务的信息,请访问驿站马车网站。这项服务还涵盖考文垂市中心和考文垂火车站的周日和公共银行假日。统一总线(U1和U2)时间表
  • 考文垂旅游服务11号还将利明顿水疗中心和肯尼尔沃思与大学校园和考文垂相连。11号时间表

巴士旅行提示

  • 考文垂旅游巴士通常不提供零钱,所以在旅行之前,请确保您有正确的可用资金。您可以在考文垂国家快递但最好在上车时与司机联系。
  • 驿站巴士的大部分服务都会发生变化。
  • 从考文垂火车站出发,游客应按照指示牌前往沃里克路(步行2分钟),然后从那里搭乘考文垂旅游服务11、12或U17(仅周日),前往主校区——见上文。

道路

  • 来自北方:从M69/M6立交(M6 Jct 2)乘坐A46前往沃里克和考文垂S&E。行驶约3.5英里后,您将到达收费站端环岛(与A45交界)。在环形交叉口,遵循A45伯明翰的指示牌。大约3英里后,您将穿过A429(Kenilworth路);过了这个路口半英里后,向左拐,路标上写着“华威大学”。沿着两个环形交叉路口的标志前往沃里克大学(和沃里克艺术中心)。您现在正从Kirby Corner Road前往沃里克大学。
  • 来自东南部:从M45 Jct 1乘坐A45前往考文垂。大约7英里后,您将到达收费站端环岛(与A46交界处),沿着A45伯明翰的标志行驶。现在按照指示从北方到达。
  • 来自南方:从M40 Jct 15乘坐A46前往考文垂。行驶约8英里后,在标志牌上写着“沃里克大学和斯通利分校”的路口离开A46。再行驶1.5英里,您将穿过A429(Kenilworth路)。您现在正从吉比特山路前往沃里克大学。
  • 来自西方:从M42 Jct 6乘坐A45前往考文垂。大约9英里后,您将经过左侧的一家大型桑斯伯里商店。在下一个环形交叉路口(右边的消防站),从右边的出口走,路标上写着“大学和坎利”。沿着两个环形交叉路口的标志前往沃里克大学(和沃里克艺术中心)。你现在正从柯比角路接近华威大学。 

校园地图