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HISAT公司

swMATH ID: 28860
软件作者： D.Kim、B.Langmead和S.L.Salzberg
描述： HISAT：用于文本拼接对齐的层次索引。HISAT是一种快速灵敏的拼接对准程序，用于绘制RNA-seq读数。除了一个代表整个基因组的全球FM指数外，HISAT还使用了一大组小的FM指数，这些指数共同覆盖整个基因组（每个指数代表64000 bp的基因组区域，需要48000个指数来覆盖人类基因组）。这些小指数（称为局部指数）与几种比对策略相结合，可以有效地比对RNA-seq读码，尤其是跨越多个外显子的读码。HISAT的内存占用相对较低（人类基因组为4.3GB）。我们基于Bowtie2实现开发了HISAT，以处理FM索引上的大多数操作。
主页： http://www.ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml
源代码：  https://github.com/DaehwanKimLab/hisat
相关软件： vg（vg）;三文鱼;STAR公司;蝴蝶结2;顶帽;Trimmomatic公司;边缘R;R（右）;KEGG公司;ggplot2;系统管道R;快速质量控制;关贸总公司;事实矿工;生物导体;Samtools公司;PALMapper（PAL映射器）;去BGA;clusterProfiler（群集探查器）;古罗比
引用于： 12文件
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30位作者引用

5 Mäkinen，韦利
4 马西莫·伊奎
4 亚历山德鲁·伊昂·托梅斯库
2 图卡·诺里
2 尼古拉·里佐
1 阿卡林，阿尔图纳
1 塞缪尔·巴顿
1 本杰明·比赫塞尔
1 佐伊·布罗德
1 巴斯蒂安·卡佐
1 Fernando H.C.迪亚斯。
1 戴安·多诺万。
1 杰森·范
1 佛兰德·弗兰克
1 佩绍·伊万诺夫
1 安德烈·卡莱斯
1 Khan，Jamshed先生
1 詹姆斯·G·勒菲夫尔（James G.Lefevre）。
1 布伦丹·穆美
1 哈伦·穆斯塔法
1 丹尼尔·奥尔蒂斯·巴里恩托斯
1 罗伯·帕特罗
1 朱利奥·埃尔曼诺·皮比里
1 冈纳州Rätsch
1 乔纳森·罗宁
1 Jouni先生
1 博拉·乌亚尔
1 Vechev，Martin T。
1 威廉姆斯，露西亚
1 亚历山大·沃尔夫

3篇连载文章中引用

2 理论计算机科学
1 数学生物科学
1 Chapman&Hall/CRC计算生物学系列

在5个字段中引用

8 生物学和其他自然科学（92-XX）
5 计算机科学（68至XX）
2 组合数学（05-XX）
1 统计学（62-XX）
1 运筹学、数学规划（90-XX）

按年份列出的引文