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星星

swMATH标识: 2515
软件作者: 亚历山大·多宾、卡丽·A·戴维斯、费利克斯·施莱辛格、乔格·德伦科夫、克里斯·扎莱斯基、索纳利·贾哈、菲利普·巴图、马克·蔡森、托马斯·R·金格拉斯
说明: 星:超快通用RNA序列比对器。动机:高通量RNA序列数据的精确比对是一个具有挑战性的尚未解决的问题,因为测序技术的非连续转录结构、相对较短的读取长度和不断增加的吞吐量。现有的RNA序列比对器存在着定位误差高、映射速度慢、读取长度受限和映射偏差等问题。结果:为了调整我们的大(>80亿读)编码转录组RNA序列数据集,我们基于之前未描述的RNA序列比对算法,在未压缩后缀数组中使用序列最大可映射种子搜索,然后进行种子聚类和缝合过程,我们开发了与参考(STAR)软件的拼接转录本比对。STAR在作图速度上比其他比对器快50倍以上,在一台12核服务器上每小时与人类基因组5.5亿个2×76bp的成对末端读取进行比对,同时提高了比对的灵敏度和精确度。除了对典型连接进行无偏从头检测外,STAR还可以发现非标准剪接和嵌合(融合)转录本,还能够绘制全长RNA序列。利用罗氏454逆转录聚合酶链反应扩增子测序,我们实验性地验证了1960个新的基因间拼接连接,其中80-90个
主页: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/1/15.short
相关软件: R;顶帽;轧边机;生物导体;香皂;银河系;小桶;快速质控;HTSeq公司;工厂工人;嘶嘶声;盖特;地图拼接;RSEM公司;Samtools公司;群集分析器;GG地块2;德塞克;吹笛机;鲑鱼
引用于: 13种出版物

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