去BGA swMATH ID: 30181 软件作者： B.Liu、H.Guo、M.Brudno、Y.Wang 描述： deBGA：使用基于deBruijn图的种子和扩展读取对齐。动机：随着高通量测序（HTS）技术的普及和数据量的持续增长，HTS读取校准正变得越来越慢，这不断推动新型读取校准方法的发展。此外，HTS技术有希望的新应用需要将读取与多个基因组对齐，而不是单个引用；然而，最先进的比对器将大量读数与多个基因组比对仍然不可行。结果：我们提出了基于de Bruijn图的对齐器（deBGA），这是一种创新的基于图的种子和扩展算法，用于将HTS读取与使用de Bruij图组织和索引的参考基因组对齐。deBGA具有良好的重复处理能力，在保持类似或更高的灵敏度和准确性的同时，大大快于最先进的方法。这使得它特别适合处理快速增长的测序数据量。此外，它还为HTS应用中的多基因组和基于图形的参考比对读取提供了一个有希望的解决方案。可用性和实施：deBGA可在以下网址获得：https://github.com/hitbc/deBGA。 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/21/3224/2415064 源代码： https://github.com/HongzheGuo/deBGA 相关软件： 棕色对齐器;vg（vg）;HISAT公司;BWA公司;蝴蝶结2;美洲开发银行;DARRC公司;爆炸图;MEGAHIT公司;天鹅绒;IDBA-Tran公司;PALMapper（PAL映射器）;梅森;AStarix公司;LoRDEC公司;艺术;杂交SPAdes;拆分MEM;标准作业程序3 引用于： 4文件 全部的 前5名18位作者引用 1 斯里尼瓦斯·阿鲁鲁 1 本杰明·比赫塞尔 1 丹尼尔·吉布尼 1 佩绍·伊万诺夫 1 安德烈·卡莱斯 1 Kim、Hyunjoon 1 蒂埃里·勒克罗克 1 马丁·莱昂纳德 1 Min、Seunghwan 1 劳伦特·穆查德 1 哈伦·穆斯塔法 1 Na，Joong Chae先生 1 平津公园 1 公园，坤秀 1 冈纳州Rätsch 1 Jouni先生 1 夏尔马五世（Sharma V.Thankachan）。 1 Vechev，Martin T。 连载1篇 1 理论计算机科学 在3个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 三 计算机科学（68至XX） 1 组合数学（05-XX） 按年份列出的引文