HISAT公司 swMATH ID: 28860 软件作者: D.Kim、B.Langmead、S.L.Salzberg 描述: HISAT:用于文本拼接对齐的层次索引。HISAT是一种快速灵敏的拼接对准程序,用于绘制RNA-seq读数。除了一个代表整个基因组的全球FM指数外,HISAT还使用了一大组小的FM指数,这些指数共同覆盖整个基因组(每个指数代表64000 bp的基因组区域,需要48000个指数来覆盖人类基因组)。这些小指数(称为局部指数)与几种比对策略相结合,能够有效比对RNA-seq读数,特别是跨越多个外显子的读数。HISAT的内存占用相对较低(人类基因组为4.3GB)。我们基于Bowtie2实现开发了HISAT,以处理FM索引上的大多数操作。 主页: http://www.ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml 源代码: https://github.com/DaehwanKim实验室/hisat 相关软件: vg(vg);鲑鱼;STAR公司;蝴蝶结2;礼帽;Trimmomatic公司;边缘R;R(右);KEGG公司;ggplot2;系统管道R;快速质量控制;关贸总公司;事实矿工;生物导体;Samtools公司;PALMapper(PAL映射器);去BGA;clusterProfiler(群集探查器);古罗比 引用于: 12文件 全部的 前5名30位作者引用 5 维利·梅基宁 4 马西莫·伊奎 4 亚历山德鲁·伊昂·托梅斯库 2 图卡·诺里 2 尼古拉·里佐 1 阿卡林,阿尔图纳 1 塞缪尔·巴顿 1 本杰明·比赫塞尔 1 佐伊·布罗德 1 巴斯蒂安·卡佐 1 Fernando H.C.迪亚斯。 1 黛安·多诺万(Diane M.Donovan)。 1 杰森·范 1 佛兰德·弗兰克 1 佩绍·伊万诺夫 1 安德烈·卡莱斯 1 查姆什·汗 1 詹姆斯·G·勒菲夫尔(James G.Lefevre)。 1 布伦丹·穆美 1 哈伦·穆斯塔法 1 奥尔蒂斯·巴里恩托斯,丹尼尔 1 罗伯·帕特罗 1 朱利奥·埃尔曼诺·皮比里 1 Rätsch,冈纳 1 乔纳森·罗宁 1 Jounién爵士 1 博拉·乌亚尔 1 Vechev,Martin T。 1 露西娅·威廉姆斯 1 亚历山大·沃尔夫 3篇连载文章中引用 2 理论计算机科学 1 数学生物科学 1 查普曼和霍尔/CRC计算生物学系列 在5个字段中引用 8 生物学和其他自然科学(92-XX) 5 计算机科学(68至XX) 2 组合数学(05-XX) 1 统计学(62-XX) 1 运筹学、数学规划(90-XX) 按年份列出的引文