斯纳迪夫
从RNA-seq数据中发现差异表达的未标记基因组区域
生物导体版本:释放(3.19)
srnadiff是一个软件包,它可以在基本分辨率级别从RNA-seq数据中找到不同表达的区域,而不依赖于现有的注释。为此,该软件包实现了基于将两种流水线方法相结合的思想的识别-然后-注释方法,即差异表达区域检测和差异表达量化。它读取BAM文件作为输入,并输出不同区域的列表以及调整后的p值。
作者:Zytnicki Matthias[aut,cre],Gonzalez Ignacio[aut]
维护人员:Zytnicki Matthias<马蒂亚斯·Zytnicki at inra.fr>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“srnadiff”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“srnadiff”)
细节
生物视图 |
新闻报道,差异表达式,表观遗传学,基因表达式,免疫肿瘤学,预处理,小RNA,软件,统计方法 |
版本 |
1.24.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.7(R-3.5)(6.5岁) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.6) |
进口 |
卢比(>=0.12.8),统计,方法,开发工具,S4载体,基因组信息Db,rtracklayer公司,总结性实验,I范围,基因组范围,设计2,边缘R,Rsamtools软件,基因组特征,基因组比对,gr设备,Gviz公司,BiocParallel公司,生物技术经理,仿生风格 |
系统要求 |
C++11语言 |
统一资源定位地址 |
|
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。