变体筛选
编码和非编码遗传变异的筛选
生物导体版本：释放（3.19）
使用不同的标准筛选遗传变异，如遗传模型、氨基酸变化结果、人类群体中的次要等位基因频率、剪接位点强度、保守性等。
作者：罗伯特·卡斯特罗（aut，cre）、戴·马丁内斯·埃鲁贝（Dei Martinez Elurbe）、鲍·普伊格德瓦尔（Pau Puigdevall）、琼·费尔南德斯（Joan Fernandez）
维护人员：罗伯特·卡斯特罗（Robert Castelo）<upf.edu的罗伯特·卡斯特罗（Robert.Castelo）>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“VariantFiltering”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
注释,遗传学,高通量排序,同人（_S）,SNP公司,排序,软件 |
| 版本 |
1.40.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学2.14（R-3.1）（10.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），方法，生物遗传学(>= 0.25.1),变量注释(>= 1.13.29) |
| 进口 |
utils、stats、，博科生物,S4载体(>= 0.9.25),I范围(>= 2.3.23),苏格兰皇家银行,图表,注释Dbi,生物并行,生物串(>= 2.33.11),基因组信息Db(>= 1.3.6),基因组范围(>= 1.19.13),总结性实验,基因组特征,Rsamtools软件(>= 1.17.8),牛基因组,基因组得分(>= 1.0.0),Gviz公司,闪亮的,发光体,闪耀（shinyjs）,DT公司,闪亮树 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/rcastelo/Variant过滤 |
| 错误报告 |
https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
RUnit（运行单位）,仿生风格,组织Hs.eg.db,英国基因组。人乳头状瘤病毒1000个基因组。人乳头状瘤病毒37天5,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,聚Phen。赫萨皮恩斯.dbSNP131,SIFT公司。赫萨皮恩斯.dbSNP137 |
| 链接到 |
S4载体,I范围,十六矢量,生物串 |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
