InPAS公司
从RNA-seq数据中识别新的选择性多腺苷酸化位点(PAS)
生物导体版本:释放(3.19)
选择性多腺苷酸化(APA)是发生在大多数人类基因中的重要转录后调控机制之一。InPAS有助于从RNA-Seq数据中发现新的APA位点和APA位点的差异使用。它利用cleanUpdTSeq通过删除虚假站点来微调已识别的APA站点。
作者:欧建宏[aut,cre],刘海波[aut],朱丽叶[aut]Lihua Julie Zhu,Sungmi M.Park[aut',Michael R.Green[aut]
维护人员:欧建宏(Jianhong Ou)<杜克教育学院的欧建宏>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“InPAS”)
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文档
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浏览Vignets(“InPAS”)
细节
生物视图 |
选择性聚腺苷化,聚腺苷酸化位点的差异使用,基因调控,转录组测序,软件,转录 |
版本 |
2.12.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.1(R-3.2)(9.5年) |
许可证 |
GPL(>=2) |
取决于 |
R(>=3.5.0) |
进口 |
注释Dbi,批处理工具,博科生物,生物串,牛基因组,清理上TSeq,depmixS4公司,数字播放器,一大群,未来,未来应用程序,基因组信息Db,基因组范围,基因组特征,ggplot2,I范围,利马,马格里特、方法、,平行地,plyranges系列,预处理核心,阅读器,重新整形2,RSQ网站,统计,S4载体,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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建议 |
生物遗传学,生物技术经理,仿生风格,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,EnsDb公司。希腊.v86,EnsDb公司。Mmusculus.v79,针织物,降价,rmarkdown公司,rtracklayer公司,RUnit(运行单位),gr设备,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb(发送日期)。姆穆苏卢斯。UCSC.mm10已知基因 |
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