ELMER公司

利用肿瘤甲基体推断调控元件结构和转录因子网络

生物导体版本：释放（3.19）

ELMER旨在利用大量样本的DNA甲基化和基因表达来推断初级组织中的调控元件景观和转录因子网络。

作者：蒂亚戈·切德劳伊·席尔瓦[aut，cre]，姚丽晶[aut]，西蒙·库切[aut].妮科尔·古尔[ctb]，沈慧[ctb].彼得·莱尔德[ctb'，佩吉·法恩哈姆[aut]，李德钦[ctb]，本杰明·伯曼[aut'

维护人员：蒂亚戈·切德劳伊·席尔瓦（Tiago Chedraoui Silva）

引文（从R中输入引文（“ELMER”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ELMER”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ELMER”）

1-ELMER v.2：一个R/生物导体包，用于从DNA甲基化和转录组图谱重建基因调控网络	HTML格式	R脚本
11-ELMER：用例	HTML格式	R脚本
2-简介：输入数据	HTML格式	R脚本
3.1-数据输入-创建MAE对象	HTML格式	R脚本
3.2-识别差异甲基化探针	HTML格式	R脚本
3.3-鉴定推定的探针基因对	HTML格式	R脚本
3.4-所选探针的Motif富集分析	HTML格式	R脚本
3.5-识别监管TF	HTML格式	R脚本
3.6-TCGA.pipe：以紧凑的方式运行TCGA数据的ELMER	HTML格式	R脚本
4.1-散点图	HTML格式	R脚本
4.2-示意图	HTML格式	R脚本
4.3-主题富集图	HTML格式	R脚本
4.4-监管TF图	HTML格式	R脚本
4.5-热图图	HTML格式	R脚本
5-与TCGAbiolinks和ELMER集成的分析研讨会-分析GUI	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

生物视图	DNA甲基化,基因表达式,基因调控,Motif注释,网络,软件,转录
版本	2.28.0
在生物导体中	生物技术3.2（R-3.2）（8.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.4.0），ELMER.数据(>= 2.9.3)
进口	基因组范围,ggplot2,重塑，网格，grDevices，图形，方法，并行，stats，utils，I范围,基因组信息Db,S4载体,基因组特征,TCG生物链(>= 2.23.7),普利尔,矩阵,数字播放器,Gviz公司,复杂热图,绕圈子,多重分析实验,总结性实验,生物反应器,doParallel（并行）,下载器,gg排斥,晶格,马格里特,阅读器,规模,服务器,xml语言2,巧妙地,额外网格,rmarkdown公司,字符串,易怒的,第三年,进步,呜呜声,重塑2,ggpubr公司,rtracklayer公司(>= 1.61.2),延迟阵列
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格,批注中心,实验中心,针织物,测试那个,数据表,DT公司,基因组相互作用,网络快照,R.utils公司,覆盖（covr）,sesame数据
链接到
增强功能
取决于我
导入我	TCGA工作流
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ELMER_2.28.0.tar.gz公司
Windows二进制	ELMER_2.28.0.zip型（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	ELMER_2.28.0.tgz型
macOS二进制（arm64）	ELMER_2.28.0.tgz型
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ELMER
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/ELMER
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ELMER网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/ELMER/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档