CNV愤怒
CNV范围的概述和表达/表型关联
生物导体版本:释放(3.19)
CNVRanger软件包实现了一个用于CNV分析的综合工具套件。这包括总结群体中单个CNV呼叫的功能,评估与功能基因组区域的重叠,以及与基因表达和定量表型的关联分析。
作者:路德维希·盖斯林格[aut,cre],维尼修斯·亨里克·达席尔瓦[aut],马塞尔·拉莫斯[ctb],列维·沃尔德龙[ctb]
维护人员:路德维希·盖斯林格(Ludwig Geistlinger)<Ludwig.Geistlinger at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“CNVRanger”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CNVRanger”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“CNVRanger”)
细节
生物视图 |
副本编号变化,差异表达式,基因表达式,基因组广泛协会,基因组变异,微阵列,RNA序列,SNP公司,软件 |
版本 |
1.20.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
基因组范围,Ragged实验 |
进口 |
生物遗传学,BiocParallel公司,GDS阵列,基因组信息Db,I范围,S4载体,SNP关联,总结性实验,数据表,边缘R,gdsfmt公司,gr设备,晶格,利马、方法、,普利尔,qqman(质量管理人员),说唱歌手,重塑2,统计数据,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/waldronlab/CNVRanger/issues |
查看更多
建议 |
批注中心,英国基因组。金牛座。UCSC.bosTau6.屏蔽,仿生风格,复杂热图,Gviz公司,多重分析实验,TCGAutils公司,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,管理的TCGA数据,集成数据库,网格,针织物,组织Hs.eg.db,区域R,市场营销,随机反演 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。