PBEQ解决方案 swMATH ID: 17203 软件作者： S.Jo、M.Vargyas、J.Vasko-Szedlar、B.Roux、W.Im 描述： PBEQ-生物分子静电势在线可视化解决方案。PBEQ-Solver提供了一个基于web的图形用户界面，用于读取生物分子结构、求解泊松-玻尔兹曼（PB）方程和交互式可视化静电势。PBEQ Solver计算（i）静电势和溶剂化自由能，（ii）蛋白质-蛋白质（DNA或RNA）静电相互作用能，以及（iii）选定可滴定残基的pKa。所有计算都可以在水溶剂和膜环境中进行（如果是膜，则为圆柱形孔）。PBEQ-Solver使用生物分子模拟程序CHARMM中的PBEQ模块求解用户指定的分子的有限差分PB方程。用户可以使用基于MarvinSpace分子可视化软件（一个集成在CHARMM-GUI中的Java小程序）的新型在线可视化工具，交互式地检查溶剂可及表面上计算的静电势以及等静电势轮廓(http://www.charmm-gui.org). 为了减少服务器上的计算时间，并提高可视化的效率，所有PB计算都以粗略的网格间距执行（聚焦前1.5º，聚焦后1º）。PBEQ-Solver为PB计算建议了各种物理参数，用户可以根据需要进行修改。PBEQ-Solver位于http://www.charmm-gui.org/input/pbeqsolver。 主页： http://www.charmm-gui.org/？doc=input/pbeqsolver 相关软件： APBS公司;甲基溴联苯醚;查姆;产品开发B2PQR;塔比卜;TABI公司;DOLFIN公司;PETSc公司;DelPhi Web服务器;FEniCS公司;IIMPACK公司;UHBD（UHBD）;SDPBS系统;F2PY（上一财年）;GAMER公司;德尔菲;新加坡;PAFMPB公司;VCMM公司;DAFMPB公司 引用于： 14文件 全部的 前5名23位作者引用 8 谢德轩 6 英金勇 3 陈，段 3 姜毅 1 丹尼尔·博奇科夫 1 仓、子轩 1 罗奇什努·乔杜里 1 杰克逊·德彪尔 1 拉斐尔·伊根 1 福雷德里克·吉布 1 卢、本佐 1 西尔维奥·马约洛 1 穆林 1 德雷克·尼杰尔斯基 1 克里斯托弗·奥普龙 1 拉金·里奇韦·斯科特 1 托马斯·劳伦斯·斯特林 1 魏国伟 1 吴克迪 1 夏，科林 1 谢，杨 1 于泽云 1 张波 全部的 前5名8篇连载文章中引用 4 基于分子的数学生物学 3 计算物理杂志 2 计算和数学生物物理 1 数学生物学通报 1 比特币 1 计算与应用数学杂志 1 应用数学建模 1 计算物理中的通信 在5个字段中引用 10 生物学和其他自然科学（92-XX） 9 数值分析（65-XX） 4 光学、电磁理论（78-XX） 3 偏微分方程（35-XX） 2 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文