PDB2PQR

PDB2PQR:用于设置泊松-玻尔兹曼静电计算的自动管道。连续介质溶剂化模型,如Poisson-Boltzmann和广义Born方法,已经成为研究静电对生物分子结构、能量学和动力学影响的常用工具。然而,这些方法的使用需要精确和完整的结构数据以及力场参数,如原子电荷和半径。不幸的是,连续统静电计算的限制步骤通常是从蛋白质数据库中向分子结构添加缺失的原子坐标,并为生物分子结构分配参数。为了解决这个问题,我们开发了PDB2PQR web服务(http://agave.wustl.edu/pdb2pqr/). 这台服务器自动化了许多准备连续静电计算结构的常见任务,包括在生物分子结构中添加有限数量的缺失重原子、估算滴定状态以及以与有利氢键一致的方式使生物分子质子化,从各种力场中分配电荷和半径参数,最终生成与几种流行的计算生物学包兼容的PQR输出。这项服务旨在促进专家和非专家的静电计算的建立和执行,从而扩大生物分子系统的连续静电分析的生物学社区的可及性。


zbMATH中的参考文献(参考文献33条)

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  1. 萨拉斯,吉塞拉G。苏塞多;埃尔南德斯,艾伦E。洛佩兹;何佳迪;卡基,奇特拉;谢一欣;孙胜杰;西安、岳郊;Li,Lin:用计算方法研究登革热病毒衣壳装配(2019)
  2. 陈家辉;耿卫华:预处理treecode加速边界积分(TABI)Poisson-Boltzmann解算器(2018)
  3. 伊甘,拉斐尔;吉布,法国édéric:构建大型生物分子不含溶剂表面的快速可扩展算法(2018)
  4. 刘天田;陈敏欣;Lu,Benzhou:使用自适应分割和分段多项式逼近高效且合格的高斯分子曲面网格生成(2018)
  5. 泉、朝宇;斯坦姆,本杰明;Maday,Yvon:基于溶剂排除表面的极化连续介质模型的区域分解方法(2018)
  6. 英,金庸;谢德轩:基于区域分解、有限元和有限差分的尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的混合求解器(2018)
  7. 钟益民;任奎;Tsai,Richard:计算大分子在溶剂中电势的隐式边界积分法(2018)
  8. 刘金亮;谢德馨;Eisenberg,Bob:电解质溶液中非局部静电的泊松费米公式(2017)
  9. 库珀,克里斯托弗D。;Barba,Lorena A.:使用\textscPyGBecode进行蛋白质表面静电相互作用和网格收敛研究的Poisson-Boltzmann模型(2016)
  10. 谢德馨;江毅:计算生物分子静电的非局部修正Poisson-Boltzmann方程和有限元求解器(2016)
  11. 谢燕;刘天田;涂、宾;吕本卓;张林波:高分子系统有限元模拟中的自动平行贴体网格生成(2016)
  12. 江,易;谢、杨;英,金庸;谢德馨;于泽云:离子溶剂化生物分子静电计算SDPBS web服务器(2015)
  13. 涂、宾;谢燕;张林波;吕本卓:模拟离子通道传导的稳定有限元方法(2015)
  14. 英,金庸;谢德轩:计算离子溶剂化生物分子静电的一种新的有限元和有限差分混合方法(2015)
  15. 库珀,克里斯托弗D。;巴丹,Jaydeep P。;巴尔巴,L。A、 :使用python、GPU和边界元素的生物分子静电求解器,可处理充满溶剂的空腔和斯特恩层(2014)
  16. 舒玉珍;陈奕良;Chang,Chien C.:用改进的耦合界面方法对三维复杂界面问题进行精确梯度逼近(2014)
  17. 谢德轩:生物分子静电计算中Poisson-Boltzmann方程的新解分解与极小化方案(2014)
  18. 哈里斯,罗伯特C。;麦考伊,特拉维斯;Fenley,Marcia O.:广义Born模型的随机解算器(2013)
  19. 胡兰华;陈、段;魏国伟:分子表面构造的高阶分数阶偏微分方程变换(2013)
  20. 《费米方程数值方法》(2013年版)