PDB2PQR

PDB2ANN–管道的自动POISON设置:pQZMR计算。连续介质溶剂化模型,如Poisson-Boltzmann和广义Born方法,已经成为研究静电对生物分子结构、能量学和动力学影响的常用工具。然而,这些方法的使用需要精确和完整的结构数据以及力场参数,如原子电荷和半径。不幸的是,连续统静电计算的限制步骤通常是从蛋白质数据库中向分子结构添加缺失的原子坐标,并为生物分子结构分配参数。为了解决这个问题,我们开发了PDB2PQR web服务(http://agave.wustl.edu/PDB2PQR/)。这台服务器自动化了许多准备连续静电计算结构的常见任务,包括在生物分子结构中添加有限数量的缺失重原子、估算滴定状态以及以与有利氢键一致的方式使生物分子质子化,从各种力场中分配电荷和半径参数,最终生成与几种流行的计算生物学包兼容的PQR输出。这项服务旨在促进专家和非专家的静电计算的建立和执行,从而扩大生物分子系统的连续静电分析的生物学社区的可及性。


zbMATH参考文献(参考 33篇文章 参考)

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