APBS公司

APBS是一个数值求解Poisson-Boltzmann方程(PBE)的软件包,PBE是描述盐水介质中分子溶质间静电相互作用的最常用的连续介质模型之一。连续静电学在生物分子模拟的几个领域发挥着重要作用,包括模拟确定配体蛋白质和蛋白质结合动力学的扩散过程,生物分子的隐式溶剂分子动力学,确定配体蛋白质和蛋白质的溶剂化和结合能计算平衡结合常数和辅助合理药物设计和生物分子滴定研究。 (资料来源:http://freecode.com/)


zbMATH参考文献(87篇文章引用)

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按年份排序(引用)
  1. Torsu,Prosper:关于半线性问题的变分迭代方法(2020)
  2. 赵润东;王孟伦;陈佳辉;童一英;魏国伟:生物分子的德拉姆霍奇分析与建模(2020)
  3. Hazra,Tania;Ullah,Sheik Ahmed;Wang,Siwen;Alexov,Emil;Zhao,Shan:用于静电自由能计算的超高斯泊松-玻尔兹曼模型:蛋白质空腔以及水和真空状态下的光滑介电分布(2019)
  4. 随机性:帕纳提斯,帕纳提斯,帕纳提斯,与随机性相互依赖;帕纳提斯,帕纳提斯,相互驱动;帕纳提斯,帕纳提斯,相互驱动的框架
  5. Loisel,Sébastien;Nguyen,Hieu:并行自适应有限元的最优加性Schwarz方法的收敛性(2019)
  6. Quan,Chaoyu;Stamm,Benjamin;Maday,Yvon:Poisson-Boltzmann溶剂化模型的区域分解方法(2019)
  7. Chaudhry,Jehanzeb H.:Poisson-Boltzmann方程的后验分析和有效细化策略(2018)
  8. 陈佳辉;耿卫华:预处理treecode加速边界积分(TABI)泊松-玻尔兹曼解算器(2018)
  9. Egan,Raphael;Gibou,Frédéric:构建大型生物分子溶剂排除表面的快速可扩展算法(2018)
  10. Quan,Chaoyu;Stamm,Benjamin;Maday,Yvon:基于溶剂排除表面的极化连续介质模型的区域分解方法(2018)
  11. Ying,Jinyong;Xie,Dexuan:基于区域分解、有限元和有限差分的尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的混合求解器(2018)
  12. 钟益民;任奎;蔡,理查德:计算大分子在溶剂中电势的隐式边界积分法(2018)
  13. 陈,段:离子通道的分数泊松-能斯特-普朗克模型。一: 基本公式和算法(2017)
  14. 耿伟华;赵珊珊:隐式溶剂化中电荷奇异性的二元匹配界面与边界(MIB)正则化(2017)
  15. Loisel,Sébastien;Nguyen,Hieu:一类并行自适应有限元的最优Schwarz预处理程序(2017)
  16. 耿伟华:溶剂化双分子模拟的边界积分Poisson-Boltzmann解算器包(2015)
  17. 蒋毅;谢,杨;英,金勇;谢,德轩;于泽云:离子溶剂化生物分子静电计算的SDPBS web服务器(2015)
  18. 李波;孙辉;周生高:圆柱形溶质-溶剂界面的稳定性:几何、静电学和流体力学的影响(2015)
  19. 谢德轩;李,焦:离子溶剂中蛋白质静电自由能最小化和泊松-玻尔兹曼方程的新分析(2015)
  20. Ying,Jinyong;Xie,Dexuan:一种计算离子溶剂化生物分子静电的新的有限元和有限差分混合方法(2015)