APBS公司

APBS是一个数值求解Poisson-Boltzmann方程(PBE)的软件包,PBE是描述盐水介质中分子溶质间静电相互作用的最常用的连续介质模型之一。连续静电学在生物分子模拟的几个领域发挥着重要作用,包括模拟确定配体-蛋白质和蛋白质-蛋白质结合动力学的扩散过程,生物分子的隐式溶剂分子动力学,溶剂化和结合能计算确定配体蛋白质和蛋白质-蛋白质平衡结合常数,并有助于合理的药物设计和生物分子滴定研究。(资料来源:http://freecode.com/)


zbMATH中的参考文献(参考文献92篇文章)

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  1. 本纳,彼得;科罗姆斯卡亚,韦内拉;霍罗姆斯基,鲍里斯;奎尤、克娄法;Stein,Matthias:使用距离分离张量格式的带奇异源项的Poisson-Boltzmann型方程的正则化(2021)
  2. 李波;张正芳;周生高:泊松-玻尔兹曼分子溶剂化理论中的边界变化和介电边界力的计算(2021)
  3. 王思文;阿列克索夫,埃米尔;赵姗:关于求解具有光滑溶质-溶剂边界的Poisson-Boltzmann方程中电荷奇异性的正则化(2021)
  4. Torsu,Prosper:关于半线性问题的变分迭代方法(2020)
  5. 赵润东;王蒙伦;陈家辉;童一英;魏国伟:生物分子的de-Rham-Hodge分析与建模(2020)
  6. 哈兹拉,塔尼亚;乌拉,酋长艾哈迈德;王思文;阿列克索夫,埃米尔;赵珊:静电自由能计算的超高斯Poisson-Boltzmann模型:蛋白质空腔以及水和真空状态下的光滑介电分布(2019)
  7. 吉,李杰;陈燕来;徐振立:非线性Poisson-Boltzmann方程的约化基方法(2019)
  8. 雷,欢;李静;高培元;斯蒂尼斯,泛血管炎;Baker,Nathan A.:具有任意相互依赖随机性的稀疏增强代理的数据驱动框架(2019)
  9. 卢塞尔,塞巴斯蒂安;Nguyen,Hieu:并行自适应有限元的最优加性Schwarz方法的收敛性(2019)
  10. 泉、朝宇;斯坦姆,本杰明;Maday,Yvon:Poisson-Boltzmann溶剂化模型的区域分解方法(2019)
  11. 张波;德波尔,杰克逊;尼泽尔斯基,德雷克;马约洛,西尔维奥;吕本卓;Sterling,Thomas:分布式存储体系结构上DASHMM加速自适应快速多极泊松玻尔兹曼解算器(2019)
  12. Chaudhry,Jehanzeb H.:Poisson-Boltzmann方程的后验分析和有效细化策略(2018)
  13. 陈家辉;耿卫华:预处理treecode加速边界积分(TABI)Poisson-Boltzmann解算器(2018)
  14. 伊甘,拉斐尔;Gibou,Frédéric:构建大型生物分子溶剂排除表面的快速可扩展算法(2018)
  15. 泉、朝宇;斯坦姆,本杰明;Maday,Yvon:基于溶剂排除表面的极化连续介质模型的区域分解方法(2018)
  16. 英,金庸;谢德轩:基于区域分解、有限元和有限差分的尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的混合求解器(2018)
  17. 钟益民;任奎;Tsai,Richard:计算大分子在溶剂中电势的隐式边界积分法(2018)
  18. 陈,段:离子通道的分数泊松-能斯特-普朗克模型。一: 基本公式和算法(2017)
  19. 耿卫华;赵珊珊:隐式溶剂化中电荷奇异性的双分量匹配界面与边界(MIB)正则化(2017)
  20. 卢塞尔,塞巴斯蒂安;Nguyen,Hieu:一类并行自适应有限元的最优Schwarz预处理程序(2017)