MIBBB公司

MIBPB:静电分析软件包。Poisson-Boltzmann方程(PBE)是一种用于生物分子静电分析的模型。在过去的二十年里,发展先进的计算技术来求解PBE是一个重要的课题。本文介绍了一个基于匹配界面和边界(MIB)的PBE软件包mibbb求解器,用于静电分析。MIBPB的一个独特之处在于它是第一个基于界面技术的PBE求解器,它严格地执行了生物分子和溶剂之间介电界面的溶液和通量连续性条件。对于可能具有复杂几何奇异性的蛋白质分子表面,MIB格式使mibb成为目前唯一能够实现二阶收敛的PBE解算器,即当网格尺寸减半时,精度提高了四倍。MIBPB方法还配备了Dirichlet-Neumann映射技术,该技术构建了一种格林函数方法来解析生物分子中的奇异电荷分布,以便在粗到1?的网格上获得可靠的解,而其他传统的PB解算器通常需要0.25?才能达到类似的水平可靠性。利用Krylov子空间(KS)技术,进一步加快了由mibb得到的线性方程组的收敛速度。通过使用合适的KS解算器和预处理器组合,可以显著减少MIBBB矩阵的条件数。分别通过蛋白质-溶剂溶剂溶剂化能计算和盐对蛋白质-蛋白质结合能的影响分析,对MIBPB封装中的线性和非线性PBE溶剂进行了测试。©2010威利期刊公司,计算机化学杂志,2011


数学参考文献

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按年份排序(引文)
  1. Ahmed Ullah,Sheik;Zhao,Shan:具有双分量正则化的Poisson-Boltzmann方程的伪瞬态鬼流体方法(2020)
  2. Hazra,Tania;Ullah,Sheik Ahmed;Wang,Siwen;Alexov,Emil;Zhao,Shan:用于静电自由能计算的超高斯泊松-玻尔兹曼模型:蛋白质空腔以及水和真空状态下的光滑介电分布(2019)
  3. Quan,Chaoyu;Stamm,Benjamin;Maday,Yvon:Poisson-Boltzmann溶剂化模型的区域分解方法(2019)
  4. 陈佳辉;耿卫华:预处理treecode加速边界积分(TABI)泊松-玻尔兹曼解算器(2018)
  5. MosZa-2D椭圆型插值问题(MosZaghan,2018);MosGan稳定的插值问题
  6. 邓伟山;徐金金;赵珊珊:生物分子静电学伪时间模拟的稳定有限元方法(2018)
  7. Egan,Raphael;Gibou,Frédéric:构建大型生物分子溶剂排除表面的快速可扩展算法(2018)
  8. 宋隆基;赵山;刘开芳:求解低正则椭圆界面问题的松弛弱Galerkin方法(2018)
  9. Ying,Jinyong;Xie,Dexuan:基于区域分解、有限元和有限差分的尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的混合求解器(2018)
  10. 钟益民;任奎;蔡,理查德:计算大分子在溶剂中电势的隐式边界积分法(2018)
  11. Cao,Yin;Wang,Bao;Xia,Kelin;Wei,Guowei:椭圆界面问题MIB方法的有限体积公式(2017)
  12. 陈,段:离子通道的分数泊松-能斯特-普朗克模型。一: 基本公式和算法(2017)
  13. 陈龙;魏华义;温敏:椭圆界面问题的界面拟合网格生成器与虚拟单元法(2017)
  14. 耿伟华;赵珊珊:隐式溶剂化中电荷奇异性的二元匹配界面与边界(MIB)正则化(2017)
  15. Mu,Lin;Xia,Kelin;Wei,Guowei:使用分子刚性函数进行几何和静电建模(2017)
  16. 谢德轩:求解非均匀离子尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的新有限元迭代法(2017)
  17. Chen,Duan:离子通道电荷输运的新Poisson-Nernst-Planck模型(2016)
  18. 穆,林;王俊平;叶,秀;赵,山:椭圆界面问题的一种新的弱伽辽金有限元方法(2016)
  19. 仓子轩;穆,林;吴,凯迪;奥普龙,克里斯托弗;夏克林;魏国伟:蛋白质分类的拓扑方法(2015)
  20. 胡兰华;陈,段;魏国伟:几何效应、热效应和隧穿效应对纳米晶体管的影响(2015)