MIBBB公司

MIBPB：静电分析软件包。Poisson-Boltzmann方程（PBE）是一种用于生物分子静电分析的模型。在过去的二十年里，发展先进的计算技术来求解PBE是一个重要的课题。本文介绍了一个基于匹配界面和边界（MIB）的PBE软件包mibbb求解器，用于静电分析。MIBPB的一个独特之处在于它是第一个基于界面技术的PBE求解器，它严格地执行了生物分子和溶剂之间介电界面的溶液和通量连续性条件。对于可能具有复杂几何奇异性的蛋白质分子表面，MIB格式使mibb成为目前唯一能够实现二阶收敛的PBE解算器，即当网格尺寸减半时，精度提高了四倍。MIBPB方法还配备了Dirichlet-Neumann映射技术，该技术构建了一种格林函数方法来解析生物分子中的奇异电荷分布，以便在粗到1？的网格上获得可靠的解，而其他传统的PB解算器通常需要0.25？才能达到类似的水平可靠性。利用Krylov子空间（KS）技术，进一步加快了由mibb得到的线性方程组的收敛速度。通过使用合适的KS解算器和预处理器组合，可以显著减少MIBBB矩阵的条件数。分别通过蛋白质-溶剂溶剂溶剂化能计算和盐对蛋白质-蛋白质结合能的影响分析，对MIBPB封装中的线性和非线性PBE溶剂进行了测试。©2010威利期刊公司，计算机化学杂志，2011

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zbMATH参考文献（49篇文章引用）

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  18. 谢德轩：求解非均匀离子尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的新有限元迭代法（2017）
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