MIBBB公司

MIBPB:静电分析软件包。Poisson-Boltzmann方程(PBE)是一种用于生物分子静电分析的模型。在过去的二十年里,发展先进的计算技术来求解PBE是一个重要的课题。本文介绍了一个基于匹配界面和边界(MIB)的PBE软件包mibbb求解器,用于静电分析。MIBPB的一个独特之处在于它是第一个基于界面技术的PBE求解器,它严格地执行了生物分子和溶剂之间介电界面的溶液和通量连续性条件。对于可能具有复杂几何奇异性的蛋白质分子表面,MIB格式使mibb成为目前唯一能够实现二阶收敛的PBE解算器,即当网格尺寸减半时,精度提高了四倍。MIBPB方法还配备了Dirichlet-Neumann映射技术,该技术构建了一种格林函数方法来解析生物分子中的奇异电荷分布,以便在粗到1?的网格上获得可靠的解,而其他传统的PB解算器通常需要0.25?才能达到类似的水平可靠性。利用Krylov子空间(KS)技术,进一步加快了由mibb得到的线性方程组的收敛速度。通过使用合适的KS解算器和预处理器组合,可以显著减少MIBBB矩阵的条件数。分别通过蛋白质-溶剂溶剂溶剂化能计算和盐对蛋白质-蛋白质结合能的影响分析,对MIBPB封装中的线性和非线性PBE溶剂进行了测试。©2010威利期刊公司,计算机化学杂志,2011


参考文献中的数学58条)

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按年份排序(引用)
  1. 乔杜里,罗奇什努;伊甘,拉斐尔;博奇科夫,丹尼尔;吉布,弗雷德里克:大型生物分子周围完全分辨静电的有效计算(2022)
  2. 王思文;邵元珍;阿列克索夫,埃米尔;赵珊珊:求解具有非均匀介电函数的超高斯Poisson-Boltzmann模型的正则化方法(2022)
  3. 达维多夫,奥列格;Safarpoor,Mansour:基于旋转QR分解的椭圆界面问题的无网格有限差分法(2021)
  4. 权,因;夸克,多伊。;Jo,Gwanghyun:Poisson-Boltzmann-Nernst-Planck模型的间断泡浸有限元法(2021)
  5. 李,阿鲁姆;耿卫华;赵珊:Poisson-Boltzmann方程的正则化方法:比较和精度恢复(2021)
  6. 吕、欣;张平;史立伟;侯松明;Kuang,Ying:求解不规则区域界面问题的径向基函数无网格数值方法(2021)
  7. 艾哈迈德乌拉,酋长;赵珊珊:双分量正则化Poisson-Boltzmann方程的伪瞬态鬼流体方法(2020)
  8. 韩一辉;陈黄欣;王小平;谢小平:二阶椭圆界面问题的扩展HDG方法(2020)
  9. 赵润东;王蒙伦;陈家辉;童一英;魏国伟:生物分子的de-Rham-Hodge分析与建模(2020)
  10. 哈兹拉,塔尼亚;乌拉,酋长艾哈迈德;王思文;阿列克索夫,埃米尔;赵珊:静电自由能计算的超高斯Poisson-Boltzmann模型:蛋白质空腔以及水和真空状态下的光滑介电分布(2019)
  11. 李娇;英,金庸;Lu,Benzhou:准确预测浸入式生物分子静电场的通量跳跃保持梯度恢复技术(2019)
  12. 泉、朝宇;斯坦姆,本杰明;Maday,Yvon:Poisson-Boltzmann溶剂化模型的区域分解方法(2019)
  13. 张波;德波尔,杰克逊;尼泽尔斯基,德雷克;马约洛,西尔维奥;吕本卓;Sterling,Thomas:分布式存储体系结构上DASHMM加速自适应快速多极泊松玻尔兹曼解算器(2019)
  14. 陈家辉;耿卫华:预处理treecode加速边界积分(TABI)Poisson-Boltzmann解算器(2018)
  15. 德汉,迈赫迪;Abbaszadeh,Mostafa:二维椭圆界面问题的插值稳定移动最小二乘(MLS)近似(2018)
  16. 邓伟山;徐进;赵珊珊:关于发展生物分子静电学伪时间模拟的稳定有限元方法(2018)
  17. 伊甘,拉斐尔;Gibou,Frédéric:构建大型生物分子溶剂排除表面的快速可扩展算法(2018)
  18. 胡景珍;赵珊;耿伟华:基于匹配界面和边界(MIB)方法的精确p(Kˊa)计算基于Poisson-Boltzmann解算器(2018)
  19. 宋,轮回;赵珊;刘开芳:求解低正则椭圆界面问题的松弛弱Galerkin方法(2018)
  20. 英,金庸;谢德轩:基于区域分解、有限元和有限差分的尺寸修正Poisson-Boltzmann方程的混合求解器(2018)