PAFMPB公司

分子溶剂化自由能计算的自动表面网格并行AFMPB求解器。本文介绍了一个用于快速计算分子溶剂化自由能的AFMPB软件包PAFMPB。新版本具有以下新特点：（1）自适应快速多极子方法和边界元方法并行化；（2）嵌入了一个工具，用于分子VDW/SAS表面网格自动生成，输入时对网格文件的要求是可选的；（3） 该软件包提供了总溶剂化自由能的快速计算，包括铅的静电和非极性相互作用的贡献。PAFMPB是用C和Fortran编程语言实现的，带有Cilk Plus扩展来利用多核和向量处理的计算能力。计算实验表明，PAFMPB成功地应用于一个含有100多万个原子和约2000万个三角形网格的登革热病毒系统的PB电位计算。

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  1. Quan，Chaoyu；Stamm，Benjamin；Maday，Yvon:Poisson-Boltzmann溶剂化模型的区域分解方法（2019）
  2. Fang，Fuhui；Huang，Jingfang；Huber，Gary；McCammon，J.Andrew；Zhang，Bo:刚体模拟中的分层正交矩阵生成和矩阵向量乘法（2018）
  3. 刘天田；陈敏新；吕本卓：基于自适应分割和分段多项式逼近的高斯分子曲面高效合格网格生成（2018）
  4. Zhang，Bo；Huang，Jingfang；Pitsianis，Nikos P.；Sun，Xiaubai:RECFMM:库仑和屏蔽库仑相互作用自适应快速多极方法的递归并行化（2016）
  5. Zhang，Bo；Peng，Bo；Huang，Jingfang；Pitsianis，Nikos P.；Sun，Xiaubai；Lu，Benzhou：用于计算分子溶剂化自由能的自动表面网格的并行AFMPB解算器（2015）