PAFMPB公司

分子溶剂化自由能计算的自动表面网格并行AFMPB求解器。本文介绍了一个用于快速计算分子溶剂化自由能的AFMPB软件包PAFMPB。新版本具有以下新特点:(1)自适应快速多极子方法和边界元方法并行化;(2)嵌入了一个工具,用于分子VDW/SAS表面网格自动生成,输入时对网格文件的要求是可选的;(3) 该软件包提供了总溶剂化自由能的快速计算,包括铅的静电和非极性相互作用的贡献。PAFMPB是用C和Fortran编程语言实现的,带有Cilk Plus扩展来利用多核和向量处理的计算能力。计算实验表明,PAFMPB成功地应用于一个含有100多万个原子和约2000万个三角形网格的登革热病毒系统的PB电位计算。