PAFMPB公司

分子溶剂化自由能计算的自动表面网格并行AFMPB求解器。本文介绍了一个用于快速计算分子溶剂化自由能的AFMPB软件包PAFMPB。新版本具有以下新特点：（1）自适应快速多极子方法和边界元方法并行化；（2）嵌入了一个工具，用于分子VDW/SAS表面网格自动生成，输入时对网格文件的要求是可选的；（3）该软件包提供了总溶剂化自由能的快速计算，包括铅的静电和非极性相互作用的贡献。PAFMPB是用C和Fortran编程语言实现的，带有Cilk Plus扩展来利用多核和向量处理的计算能力。计算实验表明，PAFMPB成功地应用于一个含有100多万个原子和约2000万个三角形网格的登革热病毒系统的PB电位计算。