DAFMPB公司 swMATH ID: 40371 软件作者： 张波；杰克逊·德彪尔（Jackson Debuhr）；德雷克·尼杰尔斯基；西尔维奥·马约洛；卢本卓；托马斯·斯特林 描述： DASHMM在分布式存储体系结构上加速了自适应快速多极泊松-玻尔兹曼解算器。我们提出DAFMPB（DASHMM-加速自适应快速多极泊松-玻耳兹曼解算器），用于快速评估由线性化泊松-波耳兹曼（LPB）方程建模的生物分子系统中的静电势和力以及总无溶剂能量。DAFMPB首先将LPB重新格式化为边界积分方程，然后使用节点-补丁格式对其进行离散[33]。它使用GMRES求解得到的线性系统，其中采用DASHMM库[14]在每次迭代中加速矩阵-向量乘法。DASHMM建立在全局地址空间之上，允许DAFMPB用户在修改代码的情况下在共享和分布式内存计算机上操作。本文是对该程序的简要总结，包括算法、实现、安装和使用。 主页： https://arxiv.org/abs/1710.06316 源代码： https://github.com/zhang416/dafmpb 关键词： 泊松-玻耳兹曼方程；边界元法；DASHMM公司；分布式计算 相关软件： DASHMM公司；MscaleDNN公司；亚当；产品开发B2PQR；DGM公司；XPIN编号；MIBPB公司；美国食品药品监督管理局；塔比卜；VCMM公司；TABI公司；PyGBe公司；PBEQ解决方案；TMSmesh公司；AFMPB公司；UHBD（UHBD）；APBS公司 引用于： 2文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 DASHMM在分布式存储体系结构上加速了自适应快速多极泊松-玻尔兹曼解算器。 Zbl 07417534号张波；杰克逊·德彪尔；德雷克·尼杰尔斯基；西尔维奥·马约洛；卢、本佐；托马斯·斯特林 2019 全部的 前5名7位作者引用 2 卢、本佐 1 杰克逊·德彪尔 1 西尔维奥·马约洛 1 德雷克·尼杰尔斯基 1 托马斯·劳伦斯斯特林 1 吴思迪 1 张波 2篇连载文章中引用 1 计算物理杂志 1 计算物理中的通信 在4个字段中引用 2 数值分析（65-XX） 1 偏微分方程（35-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文