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RAxML公司

swMATH ID: 7716
软件作者： 亚历山大·斯塔马塔基斯；托马斯·路德维希；哈拉尔德·迈耶
描述： 以最大似然平行推断10.000个分类单元的系统发育。使用统计方法推断大型系统发育树需要大量计算。我们最近引入了简单的启发式算法，可以为合成数据和实际数据生成精确的树，并在名为RAxML的顺序程序中实现。我们已经证明，RAxML在实际数据的速度和似然值方面优于当前最快的统计系统发育程序（MrBayes，PHYML）。在本文中，我们提出了我们算法的非确定性并行实现，它在某些情况下会产生超线性加速，用于分析LINUX集群上的1000个生物体。此外，我们使用RAxML推断出包含三个领域的代表生物的10.000个分类单元的系统发育树：真核生物、细菌和古生菌。最后，我们比较了RAxML和PHYML在包含4.000个序列的8个合成比对上的顺序速度和准确性。
主页： http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/index.html
源代码：  https://github.com/stamatak/standard-RAxML网址
相关软件： 贝叶斯先生;野兽;穷人*;ASTRAL-II标准;fastDNAml（快速DNAml）;R（右）;MAFFT公司;PhyML（物理建模语言）;ClustalW公司;快速树;菲利普;四重奏MaxCut;ASTRID公司;MulRF公司;SVD四重奏;肌肉;接收-I-DCM3;TNT公司;诺顿;猿
引用于： 36文件
更多出版物： 网址：http://www.exelixis-lab.org/
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84位作者引用

5 Tandy J.沃诺。
三 劳拉·索尔特·库巴特科
三 埃林·莫洛伊。
2 萨拉·克里斯滕森
2 弗雷德里克·马特森（Frederick A.IV Matsen）
2 理查兹，安德鲁
2 塞巴斯蒂安·罗奇
2 亚历山大·斯塔马塔基斯（Alexandros P.Stamatakis）。
1 雅利夫·艾森巴德
1 格雷戈里阿尔坦-邦特
1 斯里尼瓦斯·阿鲁鲁
1 诺亚·阿姆塞尔
1 Mukul Subodh Bansal
1 塞尔吉奥·贝尼托
1 塞巴斯蒂安·博克
1 马格努斯伯德威奇
1 Brinkmeyer，麦芽
1 劳拉·卡维特
1 Joseph T.Chang。
1 Chang、Wen-Chieh
1 迈克尔·查尔斯顿。
1 莉娜·科利恩
1 尼古拉·德·梅奥
1 Vu丁
1 纳迪亚·埃尔·马布鲁克
1 埃利纳斯（Ellinas）、德莫西尼（Demostennes）
1 奥利弗·尤伦斯坦
1 马雷克·菲舍尔
1 埃里克·福特。
1 亚历克斯·加夫柳什金
1 Pawe Gawrychowskił
1 萨索·格里贝尔
1 郭广宝
1 约格·豪泽
1 巴巴拉·霍兰德。
1 米切尔·霍顿。
1 阿里尔·贾菲
1 彼得·贾维斯。
1 J·G·苏姆纳。
1 安吉尔·A·胡安。
1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。
1 尤瓦尔·克鲁格
1 卡西亚·科伯特
1 卡罗琳·科索尔
1 曼纽尔·拉丰德
1 Gad M.兰道。
1 莱恩，蒂恩-你好
1 莱杰德·布兰登
1 林，于
1 西蒙·林茨
1 M.Graham洛佩兹
1 托马斯·路德维希
1 哈拉尔梅尔
1 Minh，布光
1 蒂埃里·莫拉
1 伯纳德·莫雷特（Bernard M.E.Moret）。
1 波阿斯·纳德勒
1 伊曼纽尔·帕拉迪斯
1 Pouryahya，法特梅
1 费兰·普拉多斯
1 钱国奇
1 大卫·桑科夫
1 多米尼克·施雷姆普夫
1 查尔斯·森普尔
1 邵伟
1 艾伦·斯利
1 大卫·A·斯派德。
1 凯瑟琳·圣约翰
1 宋永健
1 爱德华·苏斯科
1 克里斯特·斯文森（Krister M.Swenson）。
1 唐继军
1 埃伦·乌尔海姆
1 帕恩贾尔·瓦恰斯帕蒂
1 阿恩特·冯·海斯勒
1 Aleksandra M.Walczak。
1 安德烈·韦赫
1 奥伦·魏曼
1 克里斯·惠登
1 克里斯蒂娜·威克
1 你，文杰
1 于锡林
1 苏迈拉·扎曼
1 张，程
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18篇连载文章中引用

5 理论生物学杂志
2 数学生物学杂志
2 数学生物学通报
1 加拿大统计杂志
1 物理报告
1 美国统计协会杂志
1 计算与应用数学杂志
1 理论计算机科学
1 概率论及其相关领域
1 算法
1 并行与分布式计算杂志
1 运筹学国际交易
1 澳大利亚和新西兰统计杂志
1 遗传学和分子生物学中的统计应用
1 物理学报A：数学与理论
1 计算生物学
1 分子生物学方法
1 SIAM数据科学数学杂志
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11个领域引用

29 生物学和其他自然科学（92-XX）
8 计算机科学（68至XX）
6 统计学（62-XX）
三 组合数学（05-XX）
三 概率论与随机过程（60-XX）
2 总体主题；集合（00-XX）
2 数值分析（65-XX）
2 运筹学、数学规划（90-XX）
1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX）
1 量子理论（81-XX）
1 信息与通信理论、电路（94-XX）

按年份列出的引文