诺顿 swMATH ID: 8917 软件作者： Chen，K。；杜兰德，D。；Farach Colton，M。 描述： NOTUNG：一个测定基因复制日期和优化基因家族树的程序。大规模基因复制是推动基因功能创新进化的主要力量。全基因组复制被广泛认为在玉米、酵母和脊椎动物基因组的进化中发挥了重要作用。利用进化树分析基因复制的历史并估计复制时间为研究这一过程提供了一个强大的工具。分子进化文献中的许多研究都在小数据集上使用这种方法，使用手工分析。基因序列数据的快速增长将很快允许在基因组规模上进行类似的研究，但除非分析能够自动化，否则此类研究将受到限制。即使是现有的数据集也承认其他假设，如果没有自动化，这些假设将过于繁琐而难以考虑。在本文中，我们描述了一个名为NOTUNG的程序，该程序使用有根树和无根树进行大规模分析。在对文献中分析的树木进行测试时，NOTUNG始终得出与原始出版物中的评估一致的结果。因此，NOTUNG为从基因树中自动推断重复日期提供了一个基本的构建块，也可以用作评估替代假设的探索性分析工具。 主页： http://online.liebertpub.com/doi/abs/101089/106652700750050871 相关软件： RAxML公司;GIGA公司;基因树;树修复程序;埃塞特拉;菲利普;物理SIC;NINJA公司;SimPhy公司;ASTRID公司;OCTAL公司;FastMe公司;ASTRAL-II标准;PAUP公司*;PAML公司;生物++;黑豹;INDELible（索引）;树皮;ClustalW公司 引用于： 14文件 全部的 前5名28位作者引用 4 里卡多·唐迪 三 纳迪亚·埃尔·马布鲁克 2 斯特凡诺·贝雷塔 2 文森特·贝里 2 文森特·兰维兹 2 塞琳·斯科纳瓦卡 2 克里斯特·斯文森（Krister M.Swenson）。 2 Tandy J.沃诺。 1 斯里尼瓦斯·阿鲁鲁 1 毛罗·卡斯泰利 1 Chang、Wen-Chieh 1 萨拉·克里斯滕森 1 丹妮·杜兰德 1 奥利弗·尤伦斯坦 1 波威·戈雷基 1 比亚尼五世·哈尔德森。 1 凯萨琳娜·胡贝尔（Katharina T.Huber）。 1 曼纽尔·拉丰德 1 埃林·莫洛伊。 1 纳塔利亚·鲁特卡 1 纪尧姆·肖尔茨（Guillaume E.Scholz）。 1 Jerzy Tiuryn 1 帕恩贾尔·瓦恰斯帕蒂 1 本杰明·弗诺 1 安德烈·韦赫 1 吴道阳 1 张路欣 1 郑宇 5篇连载文章中引用 2 离散算法杂志 1 算法 1 信息与计算 1 并行与分布式计算杂志 1 计算生物学 全部的 前5名在6个字段中引用 13 生物学和其他自然科学（92-XX） 7 计算机科学（68至XX） 4 组合数学（05-XX） 2 运筹学、数学规划（90-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文