物理

PhyML是一个软件,可以根据核苷酸或氨基酸序列的排列来估计最大可能的系统发育。它提供了广泛的选择,旨在促进标准系统发育分析。PhyML的主要优点在于大量的替换模型与各种选择相结合,可以搜索系统进化树拓扑空间,从非常快速有效的方法到速度较慢但通常更精确的方法。它还实现了在一个良好的统计框架中评估分支支持度的两种方法(非参数bootstrap和近似似然比检验)。(http://packages.ubuntu.com/lucid/science/phyml)


zbMATH中的参考文献(参考文献11条)

显示结果1到11,共11个。
按年份排序(引用)

  1. 科琳,莉娜;Gavryushkin,Alex:计算排序系统树之间的最近邻交换距离(2021)
  2. Klawitter,Jonathan:无根系统发生网络的协议距离(2020)
  3. 莫诺,安西亚;卡利什尼克,萨拉;帕蒂诺·加林多,胡安·安格尔;克劳福德,洛林:持续同源性的热带充分统计(2019)
  4. 沃诺,坦迪(编辑):生物信息学和系统发育学。伯纳德·莫雷特的开创性贡献(2019)
  5. 西比斯,加布里埃拉B。;瓦尔克,马西奥;洛佩斯,Sílvia R.C.:遗传学中的聚类和分类问题(U)-统计学(2018)
  6. 博尔德维奇,马格努斯;林茨,西蒙尼;萨姆普,查尔斯:迷失在太空中?将子树修剪和再生归纳到系统发育网络的空间(2017)
  7. 萨姆纳,杰里米·G。;贾维斯,彼得D。;Francis,Andrew R.:细菌进化距离计算的表征理论方法(2017)
  8. 蒋玉山;张东凯;王小敏;朱文燕:探索高维大数据互信息相关分析及其应用(2016)
  9. 朱、沙;钢铁,迈克:随机树拼图在许多分类单元的限制下产生尤尔哈丁树吗?(2013年)
  10. 皮卡迪,欧内斯托;Quagliariello,Carla:EdiPy:在RNA编辑下模拟植物线粒体基因进化的资源(2006)
  11. 斯塔马塔基斯,亚历山德罗斯;路德维希,托马斯;Meier,Harald:具有最大似然的10000个分类单元系统发育的平行推断(2004)