物理

PhyML是一个软件,可以根据核苷酸或氨基酸序列的排列来估计最大可能的系统发育。它提供了广泛的选择,旨在促进标准系统发育分析。PhyML的主要优点在于大量的替换模型与各种选择相结合,可以搜索系统进化树拓扑空间,从非常快速有效的方法到速度较慢但通常更精确的方法。它还实现了在一个良好的统计框架中评估分支支持度的两种方法(非参数bootstrap和近似似然比检验)。(http://packages.ubuntu.com/lucid/science/phyml)