猿类

R软件包ape:系统发生和进化分析,ape提供读、写、绘制和操作系统发生树的功能,在系统发育框架中分析比较数据,祖先特征分析,多样性和宏观进化分析,计算与等位基因和核苷酸数据的距离,读写核苷酸序列,以及一些工具,如Mantel检验、最小生成树、广义天际线图、系统发育数据的图形化探索(alex、trex、kronoviz)、使用平均路径长度和惩罚似然法估计绝对进化率和类钟树。系统发育估计可以用NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM和三角形方法以及处理不完全距离矩阵的几种方法(NJ*、BIONJ*、MVR*和相应的三角形方法)来完成。有些函数调用外部应用程序(phyl、Clustal、T-Coffee、Muscle),其结果返回到R(资料来源:http://cran.r-project.org/web/packages)


zbMATH参考文献(参考 55篇文章

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按年份排序(引用)
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