ASTRAL-II标准 swMATH ID: 20492 软件作者： S.Mirarab、T.Warnow 描述： ASTRAL-II：基于聚合的物种树估计，包含数百个分类群和数千个基因。动机：物种系统发育的估计需要多个位点，因为不同的位点由于谱系排序不完全可能有不同的树，这是由多物种合并模型建模的。我们最近开发了一种基于聚结物的方法ASTRAL，该方法在多物种聚结物模型下具有统计一致性，并且在我们检查的数据集上比其他基于聚结物的方法更准确。ASTRAL通过使用一组允许的“双分区”约束搜索空间，在多项式时间内运行。尽管对允许的双分区有限制，ASTRAL在统计上是一致的。结果：我们提出了一种新版本的ASTRAL，我们称之为ASTRAL-II。我们表明，ASTRAL-II比ASTRAL具有实质性优势：它更快，可以分析更大的数据集（多达1000个物种和1000个基因），并且在某些条件下具有更好的准确性。ASTRAL的运行时间为O（n2kX.2），而ASTRAL-II的运行时间则为O（nk|X|2），其中n是物种数量，k是位点数量，X是搜索空间中允许的双分割集。可用性和实现：ASTRAL-II可以在以下网站的开源版本中获得https://github.com/smirarab/ASTRAL网站和使用的数据集位于网址：http://www.cs.utexas.edu/phylo/datasets/astral2/。联系人：smirarab@gmail.com 主页： https://github.com/smirarab/ASTRAL 源代码： https://github.com/smirarab/ASTRAL网站 相关软件： ASTRID公司;巴克;RAxML公司;SVD四重奏;快速树;野兽;阀杆hy;四重奏MaxCut;贝叶斯先生;SimPhy公司;OCTAL公司;FastMe公司;猿;github;MSC四重奏;快速RFS;多射频;INDELible（索引）;PhyloNet系统;环境保护部 引用于： 26文件 全部的 前5名48位作者引用 6 Tandy J.沃诺。 4 埃林·莫洛伊。 4 约翰·安东尼·罗德斯 4 塞巴斯蒂安·罗奇 三 Elizabeth S.奥尔曼。 三 萨拉·克里斯滕森 三 劳拉·索尔特·库巴特科 三 朗，科尔比 2 马里兰州Bayzid Shamsuzzoha 2 马克斯·希尔 2 莱杰德·布兰登 2 西亚瓦什·米拉拉布 2 安德鲁·理查兹 2 Pranjal瓦恰斯帕蒂 1 塞西尔·安内 1 梅廷·巴拉班 1 赫克托·巴尼奥斯 1 Mukul Subodh Bansal 1 雷娜·贝尔 1 阿维吉特·比斯瓦斯 1 詹姆斯·德南（James H.Degnan）。 1 理查德·德斯珀 1 约翰·福克 1 奥利维尔·加斯库埃尔 1 Gillian Roxanne Grindstaff公司 1 格罗斯，伊丽莎白 1 姜月瑜 1 丹尼尔·凯恩（Daniel M.Kane）。 1 曼纽尔·拉丰德 1 莱恩，蒂恩-你好 1 萨赞·马布布 1 本·哈桑·纳维德 1 梅根·欧文 1 Fatemeh，Pouryahya 1 穆罕默德·索赫尔·拉赫曼 1 雷兹瓦纳·雷兹 1 约瑟夫·鲁辛科 1 阿皮塔·萨哈 1 大卫·桑科夫 1 沙沙塔·索米亚 1 塞琳·斯科纳瓦卡 1 Puoya Tabaghi 1 雅萨明·塔巴塔贝 1 特伦斯·陶 1 艾米·威利斯。 1 姚基根 1 萨马内·尤德卡尼 1 于锡林 全部的 前5名9篇连载文章中引用 4 数学生物学通报 2 理论生物学杂志 2 SIAM应用代数和几何杂志 1 数学生物学杂志 1 理论计算机科学 1 应用概率年鉴 1 组合数学电子杂志 1 计算生物学 1 计算与图形统计杂志 全部的 前5名在9个字段中引用 23 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 组合数学（05-XX） 4 计算机科学（68至XX） 2 概率论与随机过程（60-XX） 2 统计学（62-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 数论（11-XX） 1 凸几何和离散几何（52至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文