肌肉 swMATH ID: 13193 软件作者: R.C.埃德加 描述: 肌肉:高精度和高通量的多序列比对。我们描述了MUSCLE,一个用于创建蛋白质序列多重比对的新计算机程序。该算法的要素包括使用kmer计数进行快速距离估计,使用我们称为对数期望分数的新轮廓函数进行渐进对齐,以及使用依赖于树的限制分区进行优化。在BAliBASE、SABmark、SMART和新基准PREFAB四个参考比对测试集上,将肌肉运动的速度和准确性与T-Coffee、MAFFT和CLUSTALW进行了比较。肌肉在每一组中都达到了最高或联合最高的准确度。如果不进行优化,MUSCLE达到了与T-Coffee和MAFFT在统计上无法区分的平均精确度,并且是对大量序列进行测试的方法中最快的方法,在当前台式计算机上在7分钟内对齐5000个平均长度为350的序列。MUSCLE程序、源代码和PREFAB测试数据可在http://www.drive5。com/muscle。 主页: http://nar.oxfordjournals.org/content/32/5/1792短 相关软件: ClustalW公司;MAFFT公司;T-咖啡;爆炸;PSI-爆炸;DIALIGN公司;探针Cons;卡林;巴利巴斯;Clustal X公司;集群;R(右);UniProt公司;普罗瓦林;Pfam公司;直径-TX;贝叶斯先生;SAB标记;木乃伊;拉根 引用于: 54文件 全部的 前5名161位作者引用 2 阿曼尼、贾法尔 2 孩子们,理查德·J。 2 君士坦丁·达斯卡拉基斯 2 T.Martin,Embley 2 亚瑟·法塔希安 2 皮埃尔·甘萨尔斯基 2 塞耶德·拉蒂夫·穆萨维(Seyed Latif Mousavi)加加丽 2 莎拉·希普斯(Sarah E.Heaps)。 2 汤姆·M·W·奈。 2 弗朗索瓦·佩蒂让 2 穆罕默德·雷扎·拉巴尔 2 伊拉克拉苏利 2 塞巴斯蒂安·罗奇 2 汤姆·A·威廉姆斯。 1 艾,梁 1 格雷戈里奥·阿兰尼斯·洛巴托 1 恩斯特·奥尔特豪斯 1 萨伊德·阿米里 1 亚历山大·安多尼 1 米格尔·A·安德拉德·纳瓦罗。 1 阿娜·阿里巴斯·吉尔 1 Axelson-Fisk,玛丽娜 1 马诺伊·巴南瓦尔 1 阿图罗·贝塞拉 1 塞尔吉奥·贝尼托 1 Sarah J.Berkemer。 1 西林·布罗奇尔·阿玛内特 1 伊芙琳·M·邦尼克。 1 劳拉·卡维特 1 斯特凡·坎扎尔 1 卡鲁戈语、奥利维埃罗语 1 苏达拉特·查德苏蒂 1 陈广武 1 陈静安 1 斯维特拉娜·切尔林 1 池,忠县 1 亚历杭德罗·霍拉基迪斯 1 Bertrand S.克拉克。 1 克拉克、詹妮弗·林恩 1 阿里·达巴 1 Dahl,David B。 1 朱拉特·道格莱特 1 露丝·戴维森 1 白天,瑞恩 1 德法里亚斯、萨维奥·托雷斯 1 丹·德布拉西奥 1 路易斯,延迟 1 德赛,德瓦尼·K·。 1 伊丽莎白·德雷利奇 1 杜志华 1 Victor Duan 1 克里斯·杜登 1 萨马内·易卜拉希米 1 弗兰克·艾森哈伯 1 范晓丹 1 方伟武 1 玛丽亚·费德里科 1 冯杰 1 里卡多·弗雷曼 1 安德鲁·盖恩·杜瓦(Andrew Gainer-Dewar) 1 Senthil Balaji Girimurugan 1 龚玉农 1 伊兰·格罗诺 1 阿兰·盖诺奇 1 郭宣 1 盖恩,弗雷德里克 1 海瑟·A·哈灵顿。 1 哈桑,马里兰州阿比德 1 阿维纳坦·哈西迪姆 1 何启军 1 莱因哈德·赫克尔 1 克里斯汀·海奇(Christine E.Heitsch)。 1 里卡多·埃尔南德斯·莫拉莱斯 1 克里斯蒂安·Höner zu Siederdessen 1 阿明·侯赛因纳萨布 1 黄信雄 1 黄尊南 1 Iliopoulos,Costas S。 1 阿波法兹·贾汉吉里 1 萨希勒·贾因 1 马齐耶·贾拉利 1 吉梅内斯·科罗纳,玛丽亚·尤金妮亚 1 何塞,马尔科五世。 1 安吉尔·A·胡安。 1 John D.Kececioglu。 1 乔纳森·基思。 1 阿兰·凯特林 1 Lárraga-Ramírez,María E。 1 安东尼奥·拉兹卡诺 1 卡琳·勒罗赫 1 克莉丝汀·伦诺克斯。 1 李伟伟 1 廖波 1 林,冯 1 林浩 1 刘军S。 1 刘勇 1 斯特凡诺·洛纳尔迪 1 安德鲁·林恩(Andrew M.Lynn)。 1 凯瑟琳·马蒂亚斯 …还有61位作者 全部的 前5名31篇连载文章中引用 10 理论生物学杂志 4 计算生物学和化学 三 统计学在遗传学和分子生物学中的应用 2 计算生物学 2 分子生物学方法 1 离散应用数学 1 信息处理信件 1 数学生物学通报 1 生物计量学 1 计算 1 理论计算机科学 1 统计科学 1 算法 1 应用概率年鉴 1 模式识别 1 随机过程及其应用 1 测试 1 运筹学国际交易 1 信息计算杂志 1 组合优化期刊 1 数据挖掘与知识发现 1 统计建模 1 MATCH-数学和计算机化学通信 1 计算机科学中的数学 1 数据分析和分类进展。ADAC公司 1 医学中的计算和数学方法 1 应用统计学年鉴 1 通信与信息理论的基础与发展趋势 1 计算与图形统计杂志 1 ISRN生物数学 1 信息系统与运筹学 全部的 前5名在13个字段中引用 41 生物学和其他自然科学(92-XX) 14 统计学(62-XX) 10 计算机科学(68-XX) 7 运筹学、数学规划(90-XX) 4 概率论与随机过程(60-XX) 三 组合数学(05-XX) 三 数值分析(65-XX) 1 总体主题;集合(00-XX) 1 历史和传记(01-XX) 1 代数几何(14-XX) 1 线性代数和多线性代数;矩阵理论(15-XX) 1 功能分析(46倍X倍) 1 信息与通信理论、电路(94-XX) 按年份列出的引文