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肌肉

swMATH ID: 13193
软件作者: R.C.埃德加
描述: 肌肉:高精度和高通量的多序列比对。我们描述了MUSCLE,一个用于创建蛋白质序列多重比对的新计算机程序。该算法的要素包括使用kmer计数进行快速距离估计,使用我们称为对数期望分数的新轮廓函数进行渐进对齐,以及使用依赖于树的限制分区进行优化。在BAliBASE、SABmark、SMART和新基准PREFAB四个参考比对测试集上,将肌肉运动的速度和准确性与T-Coffee、MAFFT和CLUSTALW进行了比较。肌肉在每一组中都达到了最高或联合最高的准确度。如果不进行优化,MUSCLE达到了与T-Coffee和MAFFT在统计上无法区分的平均精确度,并且是对大量序列进行测试的方法中最快的方法,在当前台式计算机上在7分钟内对齐5000个平均长度为350的序列。MUSCLE程序、源代码和PREFAB测试数据可在http://www.drive5。com/muscle。
主页: http://nar.oxfordjournals.org/content/32/5/1792短
相关软件: ClustalW公司;MAFFT公司;T-咖啡;爆炸;PSI-爆炸;DIALIGN公司;探针Cons;卡林;巴利巴斯;Clustal X公司;集群;R(右);UniProt公司;普罗瓦林;Pfam公司;直径-TX;贝叶斯先生;SAB标记;木乃伊;拉根
引用于: 54文件
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161位作者引用

2 阿曼尼、贾法尔
2 孩子们,理查德·J。
2 君士坦丁·达斯卡拉基斯
2 T.Martin,Embley
2 亚瑟·法塔希安
2 皮埃尔·甘萨尔斯基
2 塞耶德·拉蒂夫·穆萨维(Seyed Latif Mousavi)加加丽
2 莎拉·希普斯(Sarah E.Heaps)。
2 汤姆·M·W·奈。
2 弗朗索瓦·佩蒂让
2 穆罕默德·雷扎·拉巴尔
2 伊拉克拉苏利
2 塞巴斯蒂安·罗奇
2 汤姆·A·威廉姆斯。
1 艾,梁
1 格雷戈里奥·阿兰尼斯·洛巴托
1 恩斯特·奥尔特豪斯
1 萨伊德·阿米里
1 亚历山大·安多尼
1 米格尔·A·安德拉德·纳瓦罗。
1 阿娜·阿里巴斯·吉尔
1 Axelson-Fisk,玛丽娜
1 马诺伊·巴南瓦尔
1 阿图罗·贝塞拉
1 塞尔吉奥·贝尼托
1 Sarah J.Berkemer。
1 西林·布罗奇尔·阿玛内特
1 伊芙琳·M·邦尼克。
1 劳拉·卡维特
1 斯特凡·坎扎尔
1 卡鲁戈语、奥利维埃罗语
1 苏达拉特·查德苏蒂
1 陈广武
1 陈静安
1 斯维特拉娜·切尔林
1 池,忠县
1 亚历杭德罗·霍拉基迪斯
1 Bertrand S.克拉克。
1 克拉克、詹妮弗·林恩
1 阿里·达巴
1 Dahl,David B。
1 朱拉特·道格莱特
1 露丝·戴维森
1 白天,瑞恩
1 德法里亚斯、萨维奥·托雷斯
1 丹·德布拉西奥
1 路易斯,延迟
1 德赛,德瓦尼·K·。
1 伊丽莎白·德雷利奇
1 杜志华
1 Victor Duan
1 克里斯·杜登
1 萨马内·易卜拉希米
1 弗兰克·艾森哈伯
1 范晓丹
1 方伟武
1 玛丽亚·费德里科
1 冯杰
1 里卡多·弗雷曼
1 安德鲁·盖恩·杜瓦(Andrew Gainer-Dewar)
1 Senthil Balaji Girimurugan
1 龚玉农
1 伊兰·格罗诺
1 阿兰·盖诺奇
1 郭宣
1 盖恩,弗雷德里克
1 海瑟·A·哈灵顿。
1 哈桑,马里兰州阿比德
1 阿维纳坦·哈西迪姆
1 何启军
1 莱因哈德·赫克尔
1 克里斯汀·海奇(Christine E.Heitsch)。
1 里卡多·埃尔南德斯·莫拉莱斯
1 克里斯蒂安·Höner zu Siederdessen
1 阿明·侯赛因纳萨布
1 黄信雄
1 黄尊南
1 Iliopoulos,Costas S。
1 阿波法兹·贾汉吉里
1 萨希勒·贾因
1 马齐耶·贾拉利
1 吉梅内斯·科罗纳,玛丽亚·尤金妮亚
1 何塞,马尔科五世。
1 安吉尔·A·胡安。
1 John D.Kececioglu。
1 乔纳森·基思。
1 阿兰·凯特林
1 Lárraga-Ramírez,María E。
1 安东尼奥·拉兹卡诺
1 卡琳·勒罗赫
1 克莉丝汀·伦诺克斯。
1 李伟伟
1 廖波
1 林,冯
1 林浩
1 刘军S。
1 刘勇
1 斯特凡诺·洛纳尔迪
1 安德鲁·林恩(Andrew M.Lynn)。
1 凯瑟琳·马蒂亚斯
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