皮提亚
一种预测多序列比对（MSA）系统发育分析难度的工具。
它可以下载在这里
拉格朗日-NG
生物地理学家注意！我们刚刚发布了Lagrange-NG，这是对流行的Lagrange工具的重新设计：它更快，并行运行，代码质量更好：
SoftWipe（软擦除）
用于评估科学软件是否符合编码质量标准的工具和基准。
可供下载在这里.
NetRAX公司
一种用于准确快速的基于最大似然的系统发育网络推断的工具。
它可以下载在这里.
物种Rax
根据重复、转移和丢失情况下的基因家族树进行最大似然物种树推断的工具。
它可以下载在这里.
SCRAPP公司
参考树上的物种计数viA系统发育位置-弥补系统发育位置结果和α多样性度量之间的差距，具有进一步深入分析的可能性。
它可以下载在这里
挖根机
RootDigger使用不可逆马尔可夫模型计算给定树上最可能的根位置。
它可以下载在这里
GeneRax：基因复制、转移和丢失下基于物种树感知最大似然的基因树推断
我们第一个用于基因树物种树和解的工具。开放源代码可用在这里，可以找到相应的预印本在这里.
ParGenes：基因树的大规模并行推理
大规模并行模型选择和系统发育工具使用数千个核心对数千个基因进行树推断，基于ModelTest-NG和RAxML-NG。现出版于生物信息学和可供下载在这里.
RAxML-NG Web服务器
RAxML完全重新设计版本的全新网络服务器RAxML-NG可用在这里.