诺姆 swMATH编号： 16562 软件作者： Teng、Siew Leng；黄海燕 描述： 从生物相关微阵列实验推断功能基因关系的统计框架。理解生物过程的一个主要任务是阐明参与潜在生物途径的基因之间的关系。从越来越多的生物相关实验中获得的微阵列数据现在可以更完整地描述通路中的功能基因关系。然而，在目前的基因关系研究中，由于生物相关实验导致的表达依赖性的存在被广泛忽视。当无法解释时，这些（实验）依赖性可能导致功能基因关系的不准确推断，从而导致不正确的生物学结论。本文提供了一个由模型和估计程序组成的框架，用于在基因表达矩阵中存在双向依赖（基因依赖和实验依赖）时推断基因关系。该框架的主要方面是使用Kronecker乘积协方差矩阵来建模基因-实验相互作用。由此产生的新的基因共表达测量，称为Knorm相关，可以理解为当实验相关矩阵已知时，广泛使用的皮尔逊系数的自然延伸。与皮尔逊系数相比，Knorm相关性的估计方差较小。Knorm也与Pearson系数渐近一致。当实验相关矩阵未知时，通过迭代估计过程，基于估计的实验相关矩阵计算Knorm相关。我们在模拟研究和真实数据集中展示了Knorm相关性的优势。Knorm相关性估计程序在一个R包（Knorma）中实现，该包可从Bioconductor网站免费获得。 主页： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#__Software 依赖项： R（右） 相关软件： 玻璃制品;R（右）;群集查找;MIM公司;动态树剪切;HDTD公司;火箭;利马;KEGG公司;显示;TRANSFAC公司;WGCNA公司;科尔科尔;spcov公司;scca公司;项目管理局;生物导体 引用于： 7文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 从生物相关微阵列实验推断功能基因关系的统计框架。 Zbl 1388.62335号Teng、Siew Leng;黄海燕 2009 全部的 前5名17位作者引用 三 黄海燕 2 Rachel Wang，Y.X。 1 彼得·约翰·比克尔 1 陈曦 1 刘易斯·费尔德曼。 1 英雄阿尔弗雷德·奥三世 1 姜克尼 1 刘秀敏 1 约翰·马里奥尼。 1 牛、鲁 1 宋，多吉翁 1 孙泽瑜 1 西蒙·塔瓦雷 1 Teng、Siew Leng 1 阿内斯蒂斯·图卢米斯 1 王，于 1 赵俊龙 全部的 前5名7篇连载文章中引用 1 统计年鉴 1 美国统计协会杂志 1 多元分析杂志 1 中国统计局 1 应用统计学年鉴 1 统计调查 1 理论生物学杂志 在3个字段中引用 6 统计学（62-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 按年份列出的引文