REVEAL公司 swMATH ID: 36999 软件作者： Liang，S.、Fuhrman，S.和Somogyi，R 描述： Reveal是一种通用的反向工程算法，用于推理遗传网络结构。鉴于内在基因表达图谱涵盖了发育、健康和疾病期间的整个基因组，我们寻求计算方法，以最大限度地从如此大的数据集进行功能推断。原则上，是否有可能从变量的输入/输出模式中完全推断出复杂的监管网络架构？我们使用遗传网络的二进制模型研究了这种可能性。布尔网络的轨迹或状态转移表类似于基因表达的时间序列。通过系统地分析输入状态和输出状态之间的相互信息，可以推断出控制网络中每个元素或基因的输入元素集。这个过程对于完整的状态转移表来说是明确和准确的。我们在一个C程序中实现了这个逆向工程算法（REVEAL），并发现在目前测试的条件下问题是可以处理的。对于n=50（元素）和k=3（每个元素的输入），不完整状态转换表（10（15）个可能的状态转换对中的100个）的分析可靠地生成了原始规则和接线集。虽然这项研究仅限于同步布尔网络，但该算法可推广到包括多状态模型，本质上允许直接应用于现实的生物数据集。充分解决逆问题的能力可能使我们能够深入分析生物学和其他领域中的复杂动态系统。 主页： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9697168/ 依赖项： C类 相关软件： KEGG公司；R（右）；BoolNet公司；电子电话；t-SNE公司；PyBoolNet网络；libSBML（库SBML）；科帕西；GEPASI公司；麦考利2；可可；TETRAD公司；金西姆；布尔网；Cellnoptr公司；Pathway公用地；扣环；格林戈；诺姆；群集查找 引用于： 24文件 全部的 前5名79位作者引用 2 Akutsu、Tatsuya 2 Cheng，Daizhan（代战） 2 汉斯·凯斯特勒（Hans A.Kestler）。 2 马库斯·毛彻 2 宫野，佐藤 1 萨宾·阿廷格 1 简·E·奥宾。 1 马丁·博塞特 1 塔哈Boukhobza 1 乔佩克，Ondřej 1 张正洙 1 露丝·米歇尔·查尼 1 马达丽娜·查夫斯 1 陈浩 1 Ching，Wai-Ki（清、外基） 1 丹尼尔·科德卡萨 1 雅克·科恩 1 尼基塔领事 1 费德里卡·埃德瓦蒂 1 梅根·埃格伯特 1 萨迪亚·费萨尔 1 冯俊娥 1 J.Patrick惠誉 1 马丁·盖布瑟 1 高雄，后藤 1 卡里托·古齐奥洛夫斯基 1 森弘县林下 1 智智智彦（Tomoyuki Higuchi） 1 马丁·霍普芬西茨 1 黄海燕 1 西亚·伊莫托 1 井上，胜美 1 科彻，J.R。 1 大卫·克拉希特。 1 大卫·克罗努斯 1 彼得·库切拉 1 佐托鲁·库哈拉 1 莱因哈德·劳本巴赫（Reinhard C.Laubenbacher）。 1 格瓦尔德·利希滕贝格 1 乌萨木丸山 1 麦克雷迪，P.M。 1 索非亚·D·梅拉夫杰尔。 1 克里斯托夫·穆塞尔 1 拉德哈克里什南·纳加拉扬 1 吴国宝（Michael Kwok-Po） 1 雅克·尼古拉斯 1 夏洛特·彼得森（Charlotte A.Peterson）。 1 Quong，A.A。 1 Quong，J.N。 1 托尼·里贝罗 1 奥雷连·里兹克 1 冈萨洛·鲁兹（Gonzalo A.Ruz）。 1 朱利奥·萨伊兹·罗德里格斯 1 恰基萨卡马 1 托尔斯滕·绍布（Torsten H.Schaub）。 1 圣地亚哥施奈尔 1 斯泰芬·肖伯 1 丹尼斯·沙沙（Dennis E.Shasha）。 1 安妮·西格尔 1 马利卡·斯迈尔·塔博内 1 Bahrad A.Sokhansanj。 1 法比奥·斯特拉 1 布兰迪林·斯蒂格勒 1 孙继涛 1 斯文·蒂勒 1 Toivonen，Hannu T.T。 1 洛朗·图尼尔 1 萨斯基亚·特朗普 1 阿瑟纳伊斯，阴道 1 甘尼什·库马尔·维纳亚加穆蒂 1 圣地亚哥维德拉 1 王彪 1 王，詹森·曾莉 1 吴志芬 1 唐纳德·C·II·温施 1 米歇尔·韦恩。 1 徐锐 1 穆罕默德·贾维德·扎基 1 赵殷 全部的 前5名14篇连载文章中引用 5 理论生物学杂志 三 Automatica公司 2 理论计算机科学 2 计算统计学 1 离散应用数学 1 富兰克林学院学报 1 数学生物学通报 1 SIAM控制与优化杂志 1 国际近似推理杂志 1 神经网络 1 运筹学年鉴 1 机器学习 1 统计方法 1 高级信息和知识处理 全部的 前5名在7个字段中引用 13 生物学和其他自然科学（92-XX） 12 计算机科学（68至XX） 5 统计学（62-XX） 4 系统论；控制（93至XX） 2 信息与通信理论、电路（94-XX） 1 有序，格，有序代数结构（06-XX） 1 动力系统和遍历理论（37至XX） 按年份列出的引文