如何:在其他生物体中找到基因的同源物
从…开始。。。
基因名称
搜索 同源基因 带有基因名称的数据库。 如果你知道基因符号和有机体,那么使用这样的查询:tpo[gene name]and human[orgn]。 如果搜索找到多条记录,请单击所需的记录。 同源基因列在报告的顶部。 如果在HomoloGene中搜索未返回任何记录,请搜索 基因 带有基因名称的数据库。 单击所需记录,然后单击页面右侧列表中的HomoloGene链接。 如果没有与同源基因的链接,请在基因记录的NCBI参考序列部分找到一个蛋白质参考序列(例如NP_005537),并按照下面“蛋白质登录号”下的说明进行操作。 如果基因记录中没有参考序列,请搜索 蛋白质 数据库中包含基因名称并选择所需的记录。 然后按照下面“蛋白质登录号”下的说明进行操作。
蛋白质接入号(例如NP_005537)
搜索 蛋白质 数据库和登录号。 在报告的右侧,单击“有关xxx基因的更多信息”链接。 然后在上面的“基因名称”下继续步骤4。 如果没有“关于xxx基因的更多信息”链接,那么NCBI很可能没有任何预先计算的基因同源物。 点击页面右上角的蓝色链接菜单,然后点击链接至闪烁,您可以找到序列相似的潜在同源蛋白质列表。
核苷酸接入编号(例如NM_001126)
搜索 核苷酸 数据库和登录号。 在报告的右侧,单击“有关xxx基因的更多信息”链接。 然后在上面的“基因名称”下继续步骤4。 如果没有与Gene的链接,请遵循与Protein的链接,然后在上面的“蛋白质登录号”下继续步骤2。
核苷酸序列
转到 BLAST主页 并单击Basic blast下的“nucleotide blast”。 将序列粘贴到查询框中。 在“有机体”框中输入感兴趣有机体的名称。 单击BLAST按钮。 点击所需的记录,并在上述“核苷酸加入编号”下继续步骤2。
蛋白质序列
转到 BLAST主页 并单击Basic blast下的“protein blast”。 将序列粘贴到查询框中。 在“有机体”框中输入感兴趣有机体的名称。 单击BLAST按钮。 单击所需的记录,然后在上面的“蛋白质登录号”下继续步骤2。