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结构
生物学

第79卷| 第11部分

国际标准编号：2059-7983

2023年11月发布

封面插图：以细菌磷酸三酯酶为实验范式，研究了多种因素对配体与靶酶分子复合物可视化的影响，如分子结构、蛋白质表达和纯化过程中使用的配体、结晶条件和空间群[戴姆等。(2023),《水晶学报》。D类79, 992–1009]. 显示了名为A53_3的磷酸三酯酶变体的带状表示。活性位点中存在来自对称性相关亚基的八肽，这解释了为什么在空间群中没有发现结合有机磷酸盐P（P）2₁晶体。

研究论文

不典型的同二聚体反应由(S公司)-对映选择性卤代烷脱卤酶DmmarA海洋分枝杆菌

K.斯纳杰达洛娃,S.M.马克斯,J.丹博斯基,D.贝德纳尔和马雷克先生

晶体结构(S公司)-来自水性致病微生物的对映选择性卤代烷脱卤酶DmmarA海洋分枝杆菌分别为1.6和1.85 奥分辨率。这些结构揭示了先前未观察到的同二聚体模式，该模式主要通过异常的L5-L5环相互作用介导。

PDB参考:DmmarA，pH 6.5，8b5k;pH 5.5，8b5o

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一种巨大粘连蛋白的结构域和交联莫比隆库斯·穆列利斯细菌

P.G.杨,J.M.佩恩特,J.K.沃德加,M.J.米德尔迪奇,L.S.佩恩,E.N.贝克和C.J.乡绅

一种来自莫比隆库斯·穆列利斯是一种与细菌性阴道病持续存在相关的细菌，含有51个重复的Ig样结构域。每个结构域显示交联，包括分子内酯键、异肽键、二硫键和硫酯键。这种巨大的7651残留蛋白是迄今为止细菌蛋白质组中最大的蛋白质，可能由于其关键致病作用而被保留下来。

PDB参考:细菌粘附素莫比隆库斯·穆列利斯，5u5o;5u6英尺

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DE的晶体结构x个H-box RNA解旋酶DHX9

Y.-T.李,E.A.Sickmier公司,S.Grigoriu公司,J.卡斯特罗和P.A.鲍里萨克·绍丁

测定了人、狗和猫DHX9蛋白的第一个晶体结构。哺乳动物DHX9蛋白的结构与之前报道的DHX9蛋白质的结构具有相似的结构折叠黑腹果蝇DHX9同源MLE。人类DHX9结构为DHX9抑制剂的结构导向药物设计提供了有用的起点。

PDB参考:人类DHX9与ADP，8szp;带ADP的DHX9狗，8szr;带ADP的猫DHX9，8szq

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分子变体、结晶条件和空间群对配体-蛋白质复合物的影响：细菌磷酸三酯酶的个案研究

O.动力,N.阿加瓦尔,Y.阿沙尼,H.领导,S.阿尔贝克,T.昂格,S.哈默·罗格特纳,一、西尔曼,D.S.陶菲克和J.L.苏斯曼

本研究对使用X射线结晶学研究配体-蛋白质复合物的3D结构所涉及的挑战和考虑提供了有价值的见解，并强调了仔细的实验设计和严格的数据分析在确保所获得结构的有效性方面的重要性。细菌磷酸三酯酶作为实验范式，对酶的双金属中心在稳定底物水解过渡状态中的作用产生了新的见解。

PDB参考:A53_1，8p7f;A53_2，8p7小时;A53_3，8p7i;A53_4，8p7k;A53_5，8p7m;C23_1，8p7n;C23_2，8p7q;C23_3，8p7r;C23_4，8p7s;C23_5，8p7吨;C23M_1，8p7u;C23M_2，8p7v

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野生型和Val120Thr突变体的结构分析博伊丁假丝酵母甲酸脱氢酶的X射线晶体学研究

M.居尔,B.尤克塞尔,H.布鲁特和H.德米尔奇

本研究介绍了野生型X射线原子晶体结构博伊丁假丝酵母北美⁺-依赖性甲酸脱氢酶(抄送FDH）及其Val120Thr突变体，揭示了新的氢键并增加了突变体活性部位的稳定性。这些发现为蛋白质工程提供了有价值的见解，有可能提高蛋白质的效率和电子传递抄送FDH用于生物燃料生产和二氧化碳工业化学合成。

PDB参考:博伊丁假丝酵母甲酸脱氢酶，低温，8hty;环境温度，8iq7;V120T突变体，8ivj

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三明治氮化硅膜厌氧固定靶连续晶体学

M.Bjelć,K.G.V.Sigfridsson克劳斯,奥雷利乌斯,米拉斯,J·南和T.乌尔斯比

使用三明治氮化硅膜（使用3D打印工具制备）在无氧环境中使用还原剂进行厌氧、室温X射线衍射和吸收光谱。以血红蛋白晶体为模型系统，证明该方法可确保无氧数据采集。

PDB参考:高铁血红蛋白，8puq;右旋血红蛋白，8pur

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海洋细菌新型内切-α（1,4）-岩藻糖苷酶Mef1的结构和功能表征Muricauda eckloniae村

米克尔森医学博士,V.H.N.Tran公司,S.Meier公司,T.T.阮,J.霍尔克,H.T.T.曹,T·T·T·范,P.D.Thinh公司,A.S.梅耶和J.P.莫特

报道了α（1,4）-连接特异性褐藻糖苷水解酶Mef1（GH107）的首次结构测定，包括两个钙位点的定位和参与活性位点水解机制的两个主要氨基酸。结构测定还发现了一条从外部通向酶活性部位的水线。

PDB参考:Muricauda eckloniae村内切-α（1,4）-岩藻糖苷酶，8bpd

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通过二硫键实现泛素-氘激酶复合物的共结晶

K.I.尼格朗·特隆和C.达斯

两种二硫键泛素结合细菌氘酶的晶体结构揭示了泛素结合的模式。这些结构表明，二硫键连接是捕获共价泛素-氘激酶复合物结构的有效策略。

PDB参考:与泛素交联的SdeA-DUB二硫化物，8efw;与泛素交联的OtDUB二硫化物，8efx

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