结晶信息框架

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CIF和STAR软件

本页列出的软件包括许多可用于CIF和STAR文件的程序和库的副本或链接。它们包括不再处于主动开发状态的软件的存档副本,以及当前处于主动维护状态的许多项目的快照。



1.通用STAR文件实用程序

2.CIF验证

  • ADIT验证服务器用于检查坐标的格式一致性,并在沉积到蛋白质数据库之前创建关于结构的验证报告
  • 支票CIF以CIF格式报告的晶体结构测定的一致性和完整性报告
  • CIFIO公司Xtal的CIF输入/输出模块
  • 联苯双酚用于处理CIF文件的命令行脚本的开源集合,由Crystallography开放数据库开发团队开发
  • 自行车根据一个或多个CIF字典中出现的数据检查文本文件中的明显数据名称
  • enCIFer(enCIF)CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件
  • 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具
  • 公共CIFCIF发布编辑器、验证器和格式化程序
  • 夸萨CIF语法检查和文件操作工具
  • 语法测试套件(trip-tests):一个符合(或不符合)STAR/CIF语法规则的测试文件的小集合,旨在帮助解析器开发
  • 气相防锈薄膜(版本1.2)CIF语法检查器
  • vcif2型增强型CIF语法检查器

3.软件库

  • CIFAPI公司用于读写CIF的综合C库,支持1.1和2.0格式
  • CBFlib公司用于访问晶体二进制(CBF)和图像支持CIF(imgCIF)文件的C库
  • 奇弗利布用于支持mmCIF的CCIF子集的库CCP4型程序套件
  • 物联网 CIF输入/输出和验证库;Python库接口和编译(C++)解析器;cctbx套件的一部分
  • CIFLIB公司CIF的类库和C API
  • CIFPARSE公司mmCIF存取工具的C语言函数库
  • CIFPARSE-OBJ公司面向对象的mmCIF格式信息应用程序接口
  • CIFtbx公司能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器
  • COD::CIF::解析器用于检测和报告最常见CIF语法错误的Perl模块,由Crystalography开放数据库开发团队开发
  • DICT-OBJ-文件mmCIF访问工具类库(替换较早的CIFOBJ公司类库)
  • ISTable(ISTable)(CIF表)用于管理表对象的类集合
  • mm库用于mmCIF和其他生物信息学应用程序的Python库
  • 绿脓杆菌属用于检测和报告最常见CIF语法错误的COD::CIF::Parser的Python接口,由Crystallography Open Database开发团队开发
  • PyCifRW公司为使用Python读取、写入和验证CIF提供全面支持
  • GEMMI公司C++11库,用于读取和写入CIF文件;使用Python绑定。
  • STAR::分析器和相关的Perl模块,用于解析符合STAR的数据文件和字典

4.文件操作程序

  • 到岸价2cif拷贝和精美打印CIF;重新格式化数字,以将标准不确定性保持在规定范围内;根据请求列表获取CIF的子集
  • CIF2克里用于将CIF中包含的结构数据和反射数据转换为由晶体程序
  • 到岸价2pdb将mmCIF数据集转换为PDB格式
  • 到岸价2sx将CIF文件转换为SHELXL公司指令文件
  • cif2毫升将标准输入上的CIF复制到标准输出上的等效XML
  • CIFFOLD公司CIF中折叠和展开长线的应用
  • ciftex公司将CIF转换为TeX文件的过滤器
  • 到岸价将mmCIF格式的文件转换为PDB格式的文件的应用程序(来自蛋白质数据库)
  • 联苯双酚用于处理CIF文件的命令行脚本的开源集合,由Crystallography开放数据库开发团队开发
  • Db装载机(mmCIF装载机)将CIF数据转换为可加载到各种关系数据库引擎中的表单
  • DIFRAC公司将衍射仪输出文件转换为CIF格式
  • GSAS2CIF公司应用程序从GSAS结果创建CIF(NIST网站)
  • MAXIT系列处理和注释大分子结构数据的应用程序(来自蛋白质数据库)
  • 打开巴别塔开源化学工具箱在90多种化学文件格式之间进行转换,包括CIF(但没有对称转换)
  • 打开彩信用于以几种常见格式创建高分子结构数据的高效表示的工具包
  • pdb2cif公司将PDB数据集转换为mmCIF格式
  • PDB_提取高分子结构封装输出到mmCIF的转换
  • 夸萨CIF语法检查和文件操作工具

5.核心CIF应用

  • 到岸价2cif拷贝和精美打印CIF;重新格式化数字,以将标准不确定性保持在规定范围内;根据请求列表获取CIF的子集
  • CIF2克里用于将CIF中包含的结构数据和反射数据转换为由晶体程序
  • 到岸价2sx将CIF文件转换为SHELXL公司指令文件
  • CIFEDIT公司是的一部分ciftools公司包,并允许查看和编辑CIF
  • CIFFOLD公司CIF中折叠和展开长线的应用
  • CIFIO公司Xtal的CIF输入/输出模块
  • CIFTAB公司通过(小分子)CIF格式发布的表格;的一部分SHELX公司程序套件
  • CIFtbx公司能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器
  • ciftex公司将CIF转换为TeX文件的过滤器
  • DIFRAC公司将衍射仪输出文件转换为CIF格式
  • 焦耳(Jmol)开放源代码Java三维化学结构查看器,具有化学品、晶体、材料和生物分子的功能
  • 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具
  • PREPUB公司Xtal的CIF验证模块
  • 打印CIF国际有色人种协进会期刊CIF排版服务
  • 公共IFCIF发布编辑器、验证器和格式化程序
  • X塔尔晶体学软件系统

6.pdCIF和msCIF应用程序

  • CIFEDIT公司是的一部分ciftools公司包,并允许查看和编辑CIF
  • CIFtbx公司能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器
  • GSAS2CIF公司应用程序从GSAS结果创建CIF(NIST网站)
  • JANA公司该项目专注于解决、细化和解释困难的结构,尤其是调制结构
  • pdCIF图是的一部分ciftools公司包装并允许从pdCIF检查Rietveld配合

7.mmCIF应用

  • ADIT公司蛋白质数据库中用于存放大分子结构的沉积工具
  • 奇弗利布用于支持mmCIF的CCIF子集的库CCP4型程序套件
  • CIFLIB公司CIF的类库和C API
  • CIFPARSE公司mmCIF存取工具的C语言函数库
  • CIFPARSE-OBJ公司面向对象的mmCIF格式信息应用程序接口
  • 到岸价将mmCIF格式的文件转换为PDB格式的文件的应用程序(来自蛋白质数据库)
  • Db装载机(mmCIF装载机)将CIF数据转换为可加载到各种关系数据库引擎中的表单
  • DICT-OBJ-文件mmCIF访问工具类库(替换较早的CIFOBJ公司类库)
  • ISTable(IST表格)(CIFT表格)用于管理表对象的类集合
  • 焦耳(Jmol)开放源代码Java三维化学结构查看器,具有化学品、晶体、材料和生物分子的功能
  • MAXIT系列处理和注释大分子结构数据的应用程序(来自蛋白质数据库)
  • mm库用于mmCIF和其他生物信息学应用程序的Python库
  • 开放式多功能管理系统用于以几种常见格式创建高分子结构数据的高效表示的工具包
  • PDB_提取高分子结构封装输出到mmCIF的转换
  • 公共生物用于为结构生物学或结晶通信准备文本、实验数据表和图形的工具和工作区
  • RasMol公司CIF、mmCIF和其他格式的分子可视化工具
  • STAR::分析器和相关的Perl模块,用于解析符合STAR的数据文件和字典

8.imgCIF/CBF应用程序

  • CBFlib公司用于访问晶体二进制(CBF)和图像支持CIF(imgCIF)文件的C库
  • 莫斯弗姆面积探测器单晶衍射数据积分程序

9.具有图形用户界面的编辑器

  • CIFEDIT公司是的一部分ciftools公司包,并允许查看和编辑CIF
  • enCIFer(enCIF)CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件
  • 公共生物用于为结构生物学或结晶通信准备文本、实验数据表和图形的工具和工作区
  • 公共CIFCIF发布编辑器、验证器和格式化程序
  • vscode-cif码Visual Studio代码的CIF:一个扩展,为Visual Studio代码编辑器添加了对CIF的支持

10.可视化工具

  • enCIFer(enCIF)CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件
  • 焦耳(Jmol)用于3D化学结构的开源Java查看器,具有化学物质、晶体、材料和生物分子的功能
  • 水银CCDC的晶体结构可视化和探索
  • pdCIF图是的一部分ciftools公司包装并允许从pdCIF检查Rietveld配合
  • 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具
  • RasMol公司CIF、mmCIF和其他格式的分子可视化工具

11.快速开发工具

  • CifSieve公司通过使用CIF字典作为输入数据结构的模板,可以快速创建新的CIF转换软件

12.过时或早期开发的软件

13.其他