发布名称:xtal-3.7.2
笔记:
GNU XTAL系统版本3.7.2
Xtal 3.7.2是Gnu-Xtal系统的第一个版本。
Xtal根据GNU通用公共许可证进行分发。
有关详细信息,请参阅许可证。
你可能会问侏儒什么?好吧,请参阅更改日志!
3.7.2是非官方不支持的Xtal软件的最新版本。
注意:对Win32使用fix2,它显然没有关闭
动态加载dll tcllib.dll,这在Win98下是显而易见的。
也在最后一分钟更改OUTSRC以转储Friedels
在没有Friedels的情况下丢弃了.hkl文件。现在修复并
在SHELX.ins值中插入正确的ZERR值。Foobah骗子。
依赖关系
Xtal应该在linux和MS Windows下都能很好地工作。
Windows支持是使用Cygwin构建环境实现的,
(谢谢大家!)但是xtal二进制文件本身没有维护任何
Cygwin依赖性,即不需要安装Cygvin
在MS Windows环境中运行Xtal 3.7.2。
另一方面,linux二进制版本受到
过渡的C库依赖关系。所以如果运行时加载程序
抱怨失去了libc。所以libs,你现在知道为什么了。
获取资源并自行构建!
Xtal还保持对Tcl/Tk的依赖性,并且包含
一个在OpenGL库上进行了大量实验的SURFIN程序。
然而,Tcl/Tk依赖现在在很大程度上是可定制的。
通过设置XTALTCLLIB和XTALTKLIB环境变量,您可以
应该能够选择特定的动态加载链接库
您希望在执行时使用。原则上,任何版本的
Tcl/Tk>=8.2应该是完美的。然而,在构建了xtal二进制文件之后
与tcl/tk 8.4相比,当与
tcl8.2(dll等)。具体来说,第二次调用
Xtal窗口程序无法创建新的Tcl解释器,随后
终止xtal进程。当链接到
据我所知,tcl8.3或tcl8.4(dlls和.so)。
所以我建议您将任何tcl发行版升级到8.3或
更大的。。。
Xtal还依赖于ciftbx2.6.3
Xtal还依赖于Togl-Tcl/Tk OpenGL接口
Xtal还依赖于S.Sasaki教授的原子散射数据
感谢那些作者和软件开发人员允许这样做
本发行版中包含的有用数据和程序。
平台特定建造问题
它只在linux和MS窗口下进行了测试,甚至在那里也进行了测试
有点节俭。。。
在其他平台上,您将不可避免地必须编辑makefile以
适应最近的变化。
如果您尝试在Alpha True64 Unix平台上构建它,请注意
mx30.r它需要特殊的编译器选项来反转尾数
Wien2k人员认为最佳的文件读取。。。
(大多数人不必为此烦恼!)。
平台特定安装问题
这个Xtal版本的主要理由可能是提供一个
WinGX及其大量其他支持软件的接口
在MS windows环境中。路易·法鲁贾非常友好地帮助了我们
提供建议、示例和代码。安装工作很顺利
这样地:
必须先安装Xtal。特别是,Xtal必须与
通过MS窗口菜单全局设置XTALHOME/XTALTCLLIB等变量
开始->控制面板->系统->。。。
安装Xtal后,应安装/重新安装WinGX。
如果重新安装了WinGX,它不会重新扫描文件系统中新支持的
程序,除非您删除了原始的wingx.ini文件。
所以你绝对应该这么做。
WinGX运行时假设存在公共父文件夹(目录)
包含每个被研究的作业名/实验/化合物的单独文件夹。
每个“jobname”文件夹都是该作业的WinGX“工作目录”。
要从WinGX中运行Xtal作业,将创建一个名为“Xtal”的子文件夹
在每个WinGX“作业”文件夹中(如果您还没有
并且所有从WinGX调用的Xtal进程都在那里运行。
所有WinGX xtal作业都使用默认的compid调用,即“compid xtal”,
因此,如果你开始在同一目录中混合不同的Xtal研究
自找麻烦!
WinGX带有20个可定制Xtal命令的插槽。你可以控制他们
编辑C:\wingx\files\xtalcom.dat文件。
不幸的是,现有Xtal用户面临的最大障碍是
将xtal数据初始迁移到WinGX.ins格式,以便
激活WinGX Refine->Xtal命令功能。
新的Xtal程序OUTSRC在这方面应该很有用。它出口Xtal
数据转换为SHELX格式的.ins和.hkl文件。然而,您需要复制它
备份到WinGX“job”文件夹,毫无疑问,将文件重命名为job.ins和
job.hkl,然后导出回xtal以激活
WinGX优化->xtal功能。
记住,在任何图形模式下,选中NUM-LOCK键,因为它是
X11鼠标点击修改器,锁定时没有任何工作!
免责声明
Gnu Xtal系统3.7.2包含在Gnu通用公共许可证中。
它可能根本不起作用。如果没有,请修复并提交修补程序
使用上的资源http://xtal.sourceforge.net/
谢谢
还感谢您这些潜在用户对该软件的测试。
如果能知道它正在被使用,并且
并没有完全浪费。希望有些人甚至
倾向于积极参与Xtal正在进行的开发。
它可以使用一些新的、专门的管理。。。
顺颂商祺,
团队。
变化:
这是自3.7.1以来的CVS更改日志
简而言之:
新的DocBook手册已添加到分发版中。
现在有一个PDF版本和HTML。
添加了一些新程序,大多数与现有用户无关。
例外情况如下:
ADDREF现在剔除变换中出现的分数索引。
PLOTX可以写入特定的文件名
添加/修改OUTSRC和SHELIN以实现WinGX/SHELX兼容性。
DIFDAT现在支持SHELX格式的.hkl文件和Rigaku RAPID f2plus
(存储为f^2而非irel)
添加EXPAND以帮助对称变换
SURFIN可用于快速和脏差密度检查。
PONGEN根据frel和fcal计算粉末图案
STARTX现在自动查找吸收和分散因子
(可以使用Z=0和空隙重量输入虚拟原子类型。)
CIFIO cifout被稍作修改以改进cifreq文件支持
希望与ADDREF和SORTRF一起解决一些CIF文件问题
以绝对结构被规避。
2003-03-11 22:00涂鸦
*os.r:修复SHELX ZERR和最近失败的Friedel refn.hkl
输出
2003-03-10 21:38涂鸦
*tkxtal.h:该死!忘了提交!
2003-03-04 01:00涂鸦
*os.r:修改lratom中无原子的shonky代码:
2003年3月04日00时39分
*Makefile.cyg:包含带有空格的路径名的本地lnblnk.c
在cygwin
2003年03月21时47分
*fs.r:无显著影响
2003-03-03 21:45涂鸦
*po.r:修复bdf文件IO错误。PONGEN FOURR死后打开BDF 3
2003-03-03 21:43涂鸦
*tklib.c:修复了cygwin的dll修复程序%0&!
2003-03-03 21:41涂鸦
*os.r:确保Friedels从打包的lrref:data中转储
2003-03-02 00:11涂鸦
*tklib.c,xmacro.r:避免多重dlload,多重窗口上的dlclose
程序运行
2003-02-28 21:28涂鸦
*bitws.c、datim.c、lnblnk.c、sf.r:之前的最后一分钟更新
3.7.2
2003-02-27 23:32涂鸦
*Makefile.alf:更新Wien2k endian-ness问题+。。。
很可能它不起作用
2003-02-27 23:15涂鸦
*sh.r:将SHELX.ins文件的Q型原子站点解析为xtal.pek
PIG文件
2003-02-27 02:24涂鸦
*man/sgml/images/:Make.images(1.1)、ax-e12.png(1.1)和ax-e13.png
(1.1)、ozy.jpg(1.1)和surfin.png(1.1):为添加新数字
xtal3.7.2文件手册
2003-02-27 02:18涂鸦
*man/sgml/images/:book.gif(1.2)、construct.gif(1.2),
questionbook.gif(1.2),rainbow.gif(1.2):删除无关图像
2003-02-27 02:09涂鸦
*man/sgml/docbook/tex/:生成文件(1.1),jadetex.cfg.post(1.1),
jadetex.cfg.pre(1.1):添加生成PDF输出所需的源
从tex到jadetex。
2003-02-27 02:04涂鸦
*man/sgml/docbook/:生成文件(1.1),htmlsymbols.ent(1.1),
tablestyles.ent(1.1)、xtal.dsl(1.1)和xtal.sgml(1.1),
xtalbook.sgml(1.1),xtalweb.sgml(1.1.):添加修订的DocBook
xtal3.7.2手册的源代码和dsssl转换代码
2003-02-26 01:37涂鸦
*src/mx.r(1.2):修复wien2k中的原子标签并重命名密度
文件.3dmap
2003-02-26 01:34涂鸦
*src/ad.r(1.3):传递具有voidflg:/0.0重量和z=0的虚拟原子
2003-02-26 01:32涂鸦
*src/surfin.c(1.2):特定于SOLARIS的编译标志
2003-02-15 22:57涂鸦
*src/os.r(1.4):为SHELXS添加了REM DISP,这显然
不喜欢SHELXL需要的DISP行
2003-02-15 00:07涂鸦
*src/sx.r(1.4):修复虚拟原子类型(Z=0)和f',f''输入标志
2003-02-14 23:53涂鸦
*bin/xtal.sh(1.2):从xtal 3.5中删除多余的遗留脚本
2003-02-14 23:51涂鸦
*bin/xtal(1.2):使用Tcl/Tk存根,我们需要指定Tcl/Tk
要在运行时加载的库
2003-02-14 22:34涂鸦
*lib/:powgen.tcl(1.3),surfin.tcl。
在windows下没有控制台时无法使用
2003-02-14 22:32涂鸦
*lib/xtalpov(1.3):修复povray 3.5
2003-02-13 00:37涂鸦
*bin/xtal.bat(1.1):为MS windows添加驱动程序批处理命令文件
2003-02-13 00:31涂鸦
*src/Makefile.cyg(1.3):更新cygwin下SURFIN的Makefile
2003-02-12 23:02涂鸦
*src/pa.r(1.2):一些修改。希望没有比这更重要的了
现在比以前坏了
2003-02-12 22:53涂鸦
*src/ax.r(1.2):短路非积分hkl孪生贡献
至fcal
2003-02-12 22:46涂鸦
*src/ed.r(1.3):添加公差参数以从低平滑过渡
到高symm
2003-02-12 22:23涂鸦
*src/os.r(1.3):修复.hkl文件中错误的西格玛
2003-02-12 22:20涂鸦
*src/dd.r(1.3):修复RAP文件格式错误
2003年2月12日02时01分
*src/Makefile.lnx(1.4):针对SURFIN更新
2003-02-12 01:53涂鸦
*src/XMACRO(1.3):删除冗余
2003-02-12 01:46涂鸦
*lib/surfin.tcl(1.1)、src/aa.r(1.6)、srg/sf.r(1.1,
src/surfin.c(1.1),src/tklib.c(1.3),src/tklib.h(1.3),
src/togl号。许可证(1.1)、src/togl.c(1.1)和src/toll.h(1.1
基于Tcl/Tk/Togl/OpenGL的程序-SURFIN-用于3D等值面
致使
2003-02-12 01:26涂鸦
*src/xmacro.r(1.2):3.7.2版本之前的次要修改
2003-02-12 01:19涂鸦
*src/sx.r(1.3):为atomtype.cif的使用添加了额外的检查
2003-01-29 01:01涂鸦
*src/:ar.r(1.4),sr.r(1.2):存储晶体类唯一
反射,即使打包,也不是劳厄唯一反射
数字,即refln数据包的数量。正确需要
CIF上xabs的反射数。
2003-01-29 00:53涂鸦
*lib/atomtype.cif(1.1):S.Sasaki的多波长数据
STARTX/sx.r的CIF格式的其他原子信息
2003-01-29 00:49涂鸦
*src/sx.r(1.2):将中的所有内置数据表外部化
atomtype.cif以及Sasaki的多波长支持。现在它
初始化速度稍慢。
2003-01-29 00:43涂鸦
*src/:Makefile.lnx(1.3),XMACRO(1.2),pg.f(1.2):删除
冗余文件
2003-01-08 01:15涂鸦
*src/Makefile.cyg(1.2):源代码列表中缺少dm.r
2003-01-07 23:16涂鸦
*dev/:pw.man(1.1)、rt.man(2.1):手册页可能很有用!
2003年1月7日22时38分
*src/:生成文件(1.2)、生成文件.cra(1.2)和生成文件.cvx(1.2),
makefile.dec(1.2)、makefile.hp(1.2)和makefile.ibm(1.2,
makefile.lnx(1.2)、makefile.sgi(1.2)、makefile.sny(1.2),
makefile.sun(1.2):删除多余的古代原始3.4
生成与新文件冲突的文件。
2003-01-03 01:15涂鸦
*dev/readme(1.1):一些最终需要捆绑的杂散端。
2003-01-03 01:12涂鸦
*dev/xtal_arc.dic(1.1):关于xtal归档CIF的思考
词典
2003-01-03 01:10涂鸦
*dev/xtal.h(1.1):只考虑mem数据中的持久性
结构
2003-01-03 01:08涂鸦
*dev/pa-II.r(1.1):未完成的第二次赤平摄影尝试
重建
2003-01-03 01:07涂鸦
*dev/:pa-I.dat(1.1),pa-I.r(1.1):添加了多方位镜
晶体重构程序和数据
2003-01-03 01:04涂鸦
*dev/:rigby.r(1.1),rigby.dat(1.1):添加rigby刚体TSL
振动分析程序和数据
2003-01-03 01:01涂鸦
*dev/:ed.pow(1.1),ed.dat(1.1):添加测试示例数据
RIETVD公司
2003-01-03 01:00涂鸦
*dev/:rt.r(1.1),pw.r(1.1):添加G的RIETVD和PLTPAT源。
Kruger等人。
2003-01-03 00:42涂鸦
*lib/ciftbx(1.2):删除冗余
2003-01-03 00:40涂鸦
*lib/xtalps(1.2):将默认字体编码修改为手动
添加安哥拉\342符号
2003-01-03 00:38涂鸦
*lib/xtalpov(1.2):将头顶照明偏离中心,以避免
单位细胞反射
2003-01-03 00:36涂鸦
*lib/xerror(1.2):为DYNAMO添加错误列表
2003-01-03 00:35涂鸦
*lib/powgen.tcl(1.2):错误修复
2003年1月3日00:27 doobs
*src/Makefile.lnx(1.2):为新程序和tcl/tk更新了Makefile
树桩
2003年1月3日00:17 doobs
*src/:生成文件(1.2)、生成文件.cyg(1.1)、xtal.rc(1.1):
针对MS windows的cygwin构建环境的附加功能
2003-01-02 23:53涂鸦
*src/:ciftbx.f(1.2)、ciftbx-sys(1.2)和hashfunc.f(1.2
至ciftbx 2.6.3
2003年1月2日23时43分
*src/:tklib.c(1.2),tklib.h(1.2
独立性-使用存根+捕获标准输出
2003-01-02 23:34涂鸦
*src/fs.r(1.2):修改为使用DYNAMO Fmd相位集
2003-01-02 23:26涂鸦
*src/:aa.r(1.5),mx.r(1.1):添加新程序MAPXCH以读入
Wien2k和ABINIT密度图。
2003-01-02 23:15涂鸦
*src/:aa.r(1.4),cm.r(1.1):将新程序SCATOM添加到
从结构因子信息中反褶积原子形状因子
2003年1月2日23时10分
*src/:aa.r(1.3),dm.r(1.1):将新程序DYNAMO添加到
计算平均分子动力学结构因子
2003-01-02 22:53涂鸦
*src/sh.r(1.3):修复了.ins中缺少FVAR行的另一个错误
文件,MOLE上的触发器
2003-01-02 22:50涂鸦
*src/pp.r(1.2):打印最短harker-origin向量距离
2003-01-02 22:41涂鸦
*src/po.r(1.3):粗略缩放和固定计算的Frel模式
(单晶)
2003-01-02 22:37涂鸦
*src/os.r(1.2):修复了错误的宏
2003-01-02 22:35涂鸦
*src/fd.r(1.2):去除多余的空注释
2003-01-02 22:35涂鸦
*src/fc.r(1.2):添加了可疑(可选)功能
2003-01-02 22:30涂鸦
*src/ed.r(1.2):增加了场地匹配距离公差
2003-01-02 22:27涂鸦
*src/ar.r(1.3):分数hkl的修正处理
转换指数
2003-01-02 22:26涂鸦
*src/ap.r(1.2):阅读另一种模糊的粉末文件格式
2002-11-20 01:28涂鸦
*src/aa.r(1.2):Nucleus调用EXPAND/OUTSRC。修改的打印文件
选项
2002年11月20日01:20 doobs
*src/os.r(1.1):OUTSRC导出refln和atom信息的新程序
至SHELX/VALRAY/XD
2002-11-20 01:16涂鸦
*src/ed.r(1.1):EXPAND新程序以扩展/收缩lratom:for
从属站点
2002-11-20 00:22涂鸦
*src/cn.r(1.2):选择绘制原子键并部分修复
发散轮廓。
2002-11-19 23:46涂鸦
*src/sh.r(1.2):启用新的SHELX文件访问逻辑
2002-11-19 23:44涂鸦
*src/dd.r(1.2):针对硬件故障的.tu文件平滑+读取
SHELX.hkl文件
2002-11-19 23:26涂鸦
*src/ad.r(1.2):重写lratom:存档传输逻辑
2002-11-19 23:23涂鸦
*src/cf.r(1.2):修改的cifreq模板使用
2002-11-19 23:22涂鸦
*src/pg.r(1.2):优化错误修复
2002-11-19 23:20涂鸦
*src/px.r(1.2):写入compid.ps之外的指定文件
2002-11-19 23:13涂鸦
*src/pv.r(1.2):错误修复可重入流
2002-11-19 23:11涂鸦
*src/rv.r(1.2):展开可能的绘图字段
2002-11-19 23:09涂鸦
*src/po.r(1.2):根据测量频率计算图案
2002-11-19 23:07涂鸦
*src/xt.r(1.2):打印同步辐射,修复错误
2002-11-19 23:06涂鸦
*src/ge.r(1.2):去掉多余的注释
2002年11月19日23时04分
*src/fb.r(1.2):rfourr存档写入错误修复
2002-11-19 23:02涂鸦
*src/cp.r(1.2):voidflg的错误修复:evals-kills fourier calcn
2002-11-19 23:00涂鸦
*src/cb.r(1.2):将计算出的衍射仪角度相加以存档
2002年11月19日22时58分
*src/ar.r(1.2):添加了打印dval晶格间距选项
2002-11-19 22:56涂鸦
*src/Makefile.dec(1.2):修复了损坏的Makefile