结晶信息框架

概述

关于PyCifRW

PyCIFRW提供读写支持CIF(结晶信息格式)使用Python的文件,包括针对DDL字典的有效性测试。它是由澳大利亚同步加速器研究计划(ASRP)运行的澳大利亚国家束线设施(ANBF)开发的,作为一个更大项目的一部分,该项目旨在为数据收集提供CIF输入/输出能力。目前(2009年4月)正在积极开发和测试。

您可以练习PyCIFRW的有效性测试方面联机.

确认和信用

为了实现CIF语法规范,PyCifRW使用雅皮士2解析器生成器由Amit Patel开发,并慷慨地发布给更广泛的社区。《PyCifRW》的其余部分是詹姆斯·海斯特写的。

正在下载

该包以.tar.gz文件的形式提供,可以从在这里。文件“安装”包含安装说明。

一致性

这个IUCr 1.1版工作规范用作参考。

PyCifRW已在IUCr示例CIF陷阱文件,并按照所有11个测试的预期读取失败或成功,但测试5除外,该测试包含不再可接受的垂直制表符和换页字符。CIF输出符合标准,包括线路长度限制。

支持的平台

PyCIFRW完全是用Python编写的。虽然这使得大型CIF文件的解析速度相当慢,但无论Python在哪里运行,它都会运行。它已经在Unix(Linux、Solaris)和Windows XP上的Python2.3下进行了测试。

引用

如果您发现PyCifRW很有用,并希望在论文中包含引文,则规范参考为:

J.R.Hester(2006)“验证CIF解析器:PyCIFRW”,J.应用。克里斯特。 39, 621-625

文件夹

PyCiFRW由以下文件组成:

Cif文件.py 定义Python的CifFile模块
CifFile.nw公司 从中获取CifFile.py的Noweb文件
CifFile.html公司 CifFile的编程说明也源自CifFile.nw
YappsStarParser_1_1.py公司 Yapps2生成的Cif/Star解析器
YappsStarParser.html Yapps2语法输入的编程注释
YappsCifParse.nw公司 Noweb文件
生成文件 如何从.nw文件派生.html和.py文件
yapps编译的rt.py 对Yapps解析器的运行时支持(Yapps2发行版中文件的修改版本)
StarScan.so(仅限linux) 用于快速读取Starfile的编译扩展