概述
关于PyCifRW
PyCIFRW提供读写支持CIF(结晶信息格式)使用Python的文件,包括针对DDL字典的有效性测试。它是由澳大利亚同步加速器研究计划(ASRP)运行的澳大利亚国家束线设施(ANBF)开发的,作为一个更大项目的一部分,该项目旨在为数据收集提供CIF输入/输出能力。目前(2009年4月)正在积极开发和测试。您可以练习PyCIFRW的有效性测试方面联机.
确认和信用
为了实现CIF语法规范,PyCifRW使用雅皮士2解析器生成器由Amit Patel开发,并慷慨地发布给更广泛的社区。《PyCifRW》的其余部分是詹姆斯·海斯特写的。
正在下载
该包以.tar.gz文件的形式提供,可以从在这里。文件“安装”包含安装说明。
一致性
这个IUCr 1.1版工作规范用作参考。
PyCifRW已在IUCr示例CIF陷阱文件,并按照所有11个测试的预期读取失败或成功,但测试5除外,该测试包含不再可接受的垂直制表符和换页字符。CIF输出符合标准,包括线路长度限制。
支持的平台
PyCIFRW完全是用Python编写的。虽然这使得大型CIF文件的解析速度相当慢,但无论Python在哪里运行,它都会运行。它已经在Unix(Linux、Solaris)和Windows XP上的Python2.3下进行了测试。
引用
如果您发现PyCifRW很有用,并希望在论文中包含引文,则规范参考为:
J.R.Hester(2006)“验证CIF解析器:PyCIFRW”,J.应用。克里斯特。 39, 621-625
文件夹
PyCiFRW由以下文件组成:
Cif文件.py |
定义Python的CifFile模块 |
CifFile.nw公司 |
从中获取CifFile.py的Noweb文件 |
CifFile.html公司 |
CifFile的编程说明也源自CifFile.nw |
YappsStarParser_1_1.py公司 |
Yapps2生成的Cif/Star解析器 |
YappsStarParser.html |
Yapps2语法输入的编程注释 |
YappsCifParse.nw公司 |
Noweb文件 |
生成文件 |
如何从.nw文件派生.html和.py文件 |
yapps编译的rt.py |
对Yapps解析器的运行时支持(Yapps2发行版中文件的修改版本) |
StarScan.so(仅限linux) |
用于快速读取Starfile的编译扩展 |